-
Hi-C આધારિત ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા
હાઇ-સી એ પ્રોબિંગ પ્રોક્સિમિટી-આધારિત ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ અને ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગને સંયોજિત કરીને જીનોમિક રૂપરેખાંકન મેળવવા માટે રચાયેલ પદ્ધતિ છે. આ પદ્ધતિ ફોર્માલ્ડિહાઇડ સાથે ક્રોમેટિન ક્રોસલિંકિંગ પર આધારિત છે, ત્યારબાદ પાચન અને રિ-લિગેશન એવી રીતે થાય છે કે જે ટુકડાઓ સહસંયોજક રીતે જોડાયેલા હોય તે જ લિગેશન પ્રોડક્ટ્સ બનાવે છે. આ લિગેશન પ્રોડક્ટ્સને ક્રમબદ્ધ કરીને, જીનોમના 3D સંગઠનનો અભ્યાસ કરવો શક્ય છે. હાઈ-સી જીનોમના ભાગોના વિતરણનો અભ્યાસ કરવા સક્ષમ બનાવે છે જે હળવા પેક (એ કમ્પાર્ટમેન્ટ્સ, યુક્રોમેટિન) અને ટ્રાન્સક્રિપ્શનલી સક્રિય હોવાની શક્યતા વધુ હોય છે, અને તે વિસ્તારો કે જે વધુ ચુસ્તપણે ભરેલા હોય છે (બી કમ્પાર્ટમેન્ટ, હેટરોક્રોમેટિન). Hi-C નો ઉપયોગ ટોપોલોજીકલી એસોસિએટેડ ડોમેન્સ (TADs), જીનોમના વિસ્તારો કે જેમાં ફોલ્ડ સ્ટ્રક્ચર્સ હોય છે અને સમાન અભિવ્યક્તિ પેટર્ન હોય છે, અને ક્રોમેટિન લૂપ્સ, ડીએનએ વિસ્તારોને ઓળખવા માટે પણ વાપરી શકાય છે જે પ્રોટીન દ્વારા એકસાથે લંગરાયેલા હોય છે અને તે છે. ઘણીવાર નિયમનકારી તત્વોમાં સમૃદ્ધ. BMKGene ની Hi-C સિક્વન્સિંગ સેવા સંશોધકોને જીનોમિક્સના અવકાશી પરિમાણોની શોધ કરવા માટે સક્ષમ બનાવે છે, જેનોમ નિયમન અને આરોગ્ય અને રોગમાં તેની અસરોને સમજવા માટે નવા માર્ગો ખોલે છે.
-
ક્રોમેટિન ઇમ્યુનોપ્રિસિપિટેશન સિક્વન્સિંગ (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) એ એક તકનીક છે જે ડીએનએ-બંધનકર્તા પ્રોટીન અને તેમના અનુરૂપ જીનોમિક્સ લક્ષ્યોને પસંદગીયુક્ત રીતે સમૃદ્ધ બનાવવા માટે એન્ટિબોડીઝનો લાભ લે છે. એનજીએસ સાથે તેનું એકીકરણ હિસ્ટોન ફેરફાર, ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળો અને અન્ય ડીએનએ-બંધનકર્તા પ્રોટીન સાથે સંકળાયેલા ડીએનએ લક્ષ્યોની જીનોમ-વ્યાપી પ્રોફાઇલિંગને સક્ષમ કરે છે. આ ગતિશીલ અભિગમ વિવિધ પ્રકારના કોષો, પેશીઓ અથવા પરિસ્થિતિઓમાં બંધનકર્તા સાઇટ્સની તુલનાને સક્ષમ કરે છે. ChIP-Seq ની એપ્લિકેશનો ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ રેગ્યુલેશન અને ડેવલપમેન્ટલ પાથવેઝના અભ્યાસથી લઈને રોગની પદ્ધતિને સ્પષ્ટ કરવા સુધીની છે, જે તેને જીનોમિક રેગ્યુલેશન લેન્ડસ્કેપ્સને સમજવા અને રોગનિવારક આંતરદૃષ્ટિને આગળ વધારવા માટે અનિવાર્ય સાધન બનાવે છે.
પ્લેટફોર્મ: Illumina NovaSeq
-
આખા જીનોમ બિસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ (WGBS)
આખા જીનોમ બિસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ (WGBS) એ ડીએનએ મેથિલેશનના ઊંડાણપૂર્વક સંશોધન માટે સુવર્ણ-માનક પદ્ધતિ તરીકે છે, ખાસ કરીને સાયટોસિન (5-mC) માં પાંચમું સ્થાન, જે જનીન અભિવ્યક્તિ અને સેલ્યુલર પ્રવૃત્તિનું મુખ્ય નિયમનકાર છે. WGBS અંતર્ગત સિદ્ધાંતમાં બિસલ્ફાઇટ ટ્રીટમેન્ટનો સમાવેશ થાય છે, જેમાં મેથાઈલેટેડ સાયટોસાઈન્સને યથાવત છોડીને યુરેસીલ (C થી U) માં રૂપાંતર થાય છે. આ ટેકનિક સિંગલ-બેઝ રિઝોલ્યુશન ઓફર કરે છે, જે સંશોધકોને મેથાલોમની વ્યાપક તપાસ કરવા અને વિવિધ પરિસ્થિતિઓ, ખાસ કરીને કેન્સર સાથે સંકળાયેલ અસામાન્ય મેથિલેશન પેટર્નને ઉજાગર કરવાની મંજૂરી આપે છે. WGBS નો ઉપયોગ કરીને, વૈજ્ઞાનિકો જીનોમ-વ્યાપી મેથિલેશન લેન્ડસ્કેપ્સમાં અપ્રતિમ આંતરદૃષ્ટિ મેળવી શકે છે, જે વિવિધ જૈવિક પ્રક્રિયાઓ અને રોગોને અંતર્ગત એપિજેનેટિક મિકેનિઝમ્સની ઝીણવટભરી સમજ પૂરી પાડે છે.
-
ઉચ્ચ થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ (ATAC-seq) સાથે ટ્રાન્સપોસેઝ-ઍક્સેસિબલ ક્રોમેટિન માટે પરીક્ષા
ATAC-seq એ ઉચ્ચ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ તકનીક છે જેનો ઉપયોગ જીનોમ-વ્યાપી ક્રોમેટિન એક્સેસિબિલિટી વિશ્લેષણ માટે થાય છે. તેનો ઉપયોગ જનીન અભિવ્યક્તિ પર વૈશ્વિક એપિજેનેટિક નિયંત્રણની જટિલ પદ્ધતિઓની ઊંડી સમજ પૂરી પાડે છે. સિક્વન્સિંગ એડેપ્ટર્સ દાખલ કરીને ઓપન ક્રોમેટિન વિસ્તારોને એકસાથે ફ્રેગમેન્ટ અને ટેગ કરવા માટે પદ્ધતિ અતિસક્રિય Tn5 ટ્રાન્સપોસેઝનો ઉપયોગ કરે છે. અનુગામી પીસીઆર એમ્પ્લીફિકેશન સિક્વન્સિંગ લાઇબ્રેરીના નિર્માણમાં પરિણમે છે, જે ચોક્કસ અવકાશ-સમયની પરિસ્થિતિઓ હેઠળ ખુલ્લા ક્રોમેટિન પ્રદેશોની વ્યાપક ઓળખ માટે પરવાનગી આપે છે. ATAC-seq એ સુલભ ક્રોમેટિન લેન્ડસ્કેપ્સનો સર્વગ્રાહી દૃષ્ટિકોણ પ્રદાન કરે છે, પદ્ધતિઓથી વિપરીત કે જે ફક્ત ટ્રાન્સક્રિપ્શન ફેક્ટર બંધનકર્તા સાઇટ્સ અથવા ચોક્કસ હિસ્ટોન-સંશોધિત પ્રદેશો પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે. આ ખુલ્લા ક્રોમેટિન પ્રદેશોને અનુક્રમ કરીને, ATAC-seq સક્રિય નિયમનકારી સિક્વન્સ અને સંભવિત ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળ બંધનકર્તા સાઇટ્સની શક્યતા ધરાવતા પ્રદેશોને દર્શાવે છે, જે સમગ્ર જીનોમમાં જનીન અભિવ્યક્તિના ગતિશીલ મોડ્યુલેશનમાં મૂલ્યવાન આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે.
-
રિડ્યુસ્ડ રિપ્રેઝન્ટેશન બિસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ (RRBS)
રિડ્યુસ્ડ રિપ્રેઝન્ટેશન બિસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ (RRBS) ડીએનએ મેથિલેશન સંશોધનમાં હોલ જીનોમ બિસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ (WGBS) ના ખર્ચ-અસરકારક અને કાર્યક્ષમ વિકલ્પ તરીકે ઉભરી આવ્યું છે. જ્યારે WGBS સમગ્ર જીનોમને સિંગલ બેઝ રિઝોલ્યુશન પર તપાસીને વ્યાપક આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે, ત્યારે તેની ઊંચી કિંમત મર્યાદિત પરિબળ બની શકે છે. RRBS વ્યૂહાત્મક રીતે જીનોમના પ્રતિનિધિ ભાગનું પસંદગીપૂર્વક વિશ્લેષણ કરીને આ પડકારને ઓછો કરે છે. આ પદ્ધતિ MspI ક્લીવેજ દ્વારા CpG ટાપુ-સમૃદ્ધ પ્રદેશોના સંવર્ધન પર આધાર રાખે છે અને ત્યારબાદ 200-500/600 bps ટુકડાઓના કદની પસંદગી દ્વારા. પરિણામે, માત્ર CpG ટાપુઓની નજીકના વિસ્તારોને અનુક્રમિત કરવામાં આવે છે, જ્યારે દૂરના CpG ટાપુઓ ધરાવતા વિસ્તારોને વિશ્લેષણમાંથી બાકાત રાખવામાં આવે છે. આ પ્રક્રિયા, બાયસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ સાથે જોડાયેલી, ડીએનએ મેથિલેશનની ઉચ્ચ-રિઝોલ્યુશન શોધ માટે પરવાનગી આપે છે, અને સિક્વન્સિંગ અભિગમ, PE150, ખાસ કરીને મધ્યને બદલે ઇન્સર્ટ્સના છેડા પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે, જે મેથિલેશન પ્રોફાઇલિંગની કાર્યક્ષમતામાં વધારો કરે છે. આરઆરબીએસ એ એક અમૂલ્ય સાધન છે જે ખર્ચ-અસરકારક ડીએનએ મેથિલેશન સંશોધનને સક્ષમ કરે છે અને એપિજેનેટિક મિકેનિઝમ્સના જ્ઞાનને આગળ ધપાવે છે.
