PacBio 2+3 પૂર્ણ-લંબાઈનું mRNA સોલ્યુશન
લક્ષણો
● અભ્યાસ ડિઝાઇન:
ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ આઇસોફોર્મ્સને ઓળખવા માટે PacBio સાથે ક્રમબદ્ધ નમૂનાનું પૂલ
સાથે અનુક્રમિત અલગ નમૂનાઓ (પ્રતિકૃતિઓ અને પરીક્ષણ કરવાની શરતો)ટ્રાન્સક્રિપ્ટ અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણ નક્કી કરવા માટે NGS
● CCS મોડમાં PacBio સિક્વન્સિંગ, HiFi રીડ જનરેટ કરે છે
● પૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટનો ક્રમ
● પૃથ્થકરણ માટે સંદર્ભ જીનોમની આવશ્યકતા નથી; જો કે, તે કાર્યરત થઈ શકે છે
● બાયોઇન્ફોર્મેટીક પૃથ્થકરણમાં માત્ર જનીન અને આઇસોફોર્મ-સ્તર પર અભિવ્યક્તિ જ નહીં પરંતુ lncRNA, જનીન ફ્યુઝન, પોલી-એડીનીલેશન અને જનીન માળખુંનું વિશ્લેષણ પણ સામેલ છે.
ફાયદા
● ઉચ્ચ ચોકસાઈ: HiFi ચોકસાઈ સાથે વાંચે છે >99.9% (Q30), NGS સાથે તુલનાત્મક
● વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ: તમામ ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સને અનુક્રમિત કરવાથી આઇસોફોર્મ ઓળખ અને પાત્રાલેખન સક્ષમ બને છે.
● PacBio અને NGS શક્તિઓનું સંયોજન: આઇસોફોર્મ સ્તરે અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણીકરણ સક્ષમ કરવું, સમગ્ર જનીન અભિવ્યક્તિનું વિશ્લેષણ કરતી વખતે માસ્ક કરી શકાય તેવા ફેરફારનું અનાવરણ કરવું
● વ્યાપક નિપુણતા: 1100 PacBio પૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ પ્રોજેક્ટ્સ અને 2300 થી વધુ નમૂનાઓ પર પ્રક્રિયા કરવાના ટ્રેક રેકોર્ડ સાથે, અમારી ટીમ દરેક પ્રોજેક્ટમાં અનુભવનો ભંડાર લાવે છે.
● પોસ્ટ-સેલ્સ સપોર્ટ: અમારી પ્રતિબદ્ધતા 3-મહિનાના વેચાણ પછીની સેવા અવધિ સાથે પ્રોજેક્ટ પૂર્ણ થયા પછી વિસ્તરે છે. આ સમય દરમિયાન, અમે પરિણામોથી સંબંધિત કોઈપણ પ્રશ્નોને સંબોધવા માટે પ્રોજેક્ટ ફોલો-અપ, મુશ્કેલીનિવારણ સહાય અને પ્રશ્ન અને જવાબ સત્રો ઓફર કરીએ છીએ.
નમૂના જરૂરિયાતો અને ડિલિવરી
| પુસ્તકાલય | સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના | ડેટા ભલામણ કરેલ | ગુણવત્તા નિયંત્રણ |
| PolyA સમૃદ્ધ mRNA CCS લાઇબ્રેરી | PacBio સિક્વલ II PacBio Revio | 20/40 જીબી 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| પોલી એ સમૃદ્ધ | ઇલુમિના PE150 | 6-10 જીબી | Q30≥85% |
ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ
|
| કોન્ક.(ng/μl) | રકમ (μg) | શુદ્ધતા | અખંડિતતા |
| ઇલુમિના લાઇબ્રેરી | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 જેલ પર દર્શાવેલ મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ નથી. | છોડ માટે: RIN≥4.0; પ્રાણીઓ માટે: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; મર્યાદિત અથવા કોઈ આધારરેખા એલિવેશન નથી |
| PacBio પુસ્તકાલય | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 જેલ પર દર્શાવેલ મર્યાદિત અથવા કોઈ પ્રોટીન અથવા ડીએનએ દૂષણ નથી. | છોડ: RIN≥7.5 પ્રાણીઓ: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; મર્યાદિત અથવા કોઈ આધારરેખા એલિવેશન નથી |
ભલામણ કરેલ નમૂના ડિલિવરી
કન્ટેનર: 2 મિલી સેન્ટ્રીફ્યુજ ટ્યુબ (ટીન ફોઇલની ભલામણ કરવામાં આવતી નથી)
નમૂના લેબલીંગ: જૂથ+પ્રતિકૃતિ દા.ત. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
શિપમેન્ટ:
1. ડ્રાય-બરફ:નમૂનાઓને બેગમાં પેક કરીને ડ્રાય-બરફમાં દફનાવવાની જરૂર છે.
2. RNAstable ટ્યુબ: RNA સેમ્પલને RNA સ્ટેબિલાઈઝેશન ટ્યુબમાં સૂકવી શકાય છે (દા.ત. RNAstable®) અને ઓરડાના તાપમાને મોકલી શકાય છે.
નીચેના વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે:
કાચો ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ
વૈકલ્પિક પોલિઆડેનીલેશન એનાલિસિસ (APA)
ફ્યુઝન ટ્રાન્સક્રિપ્ટ વિશ્લેષણ
વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ
બેન્ચમાર્કિંગ યુનિવર્સલ સિંગલ-કોપી ઓર્થોલોગ્સ (BUSCO) વિશ્લેષણ
નવલકથા ટ્રાન્સક્રિપ્ટ વિશ્લેષણ: કોડિંગ સિક્વન્સ (સીડીએસ) અને કાર્યાત્મક એનોટેશનની આગાહી
lncRNA વિશ્લેષણ: lncRNA અને લક્ષ્યોની આગાહી
માઇક્રોસેટલાઇટ આઇડેન્ટિફિકેશન (SSR)
ડિફરન્શિયલ એક્સપ્રેસ્ડ ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સ (ડીઇટી) વિશ્લેષણ
વિભેદક રીતે વ્યક્ત જનીનો (DEGs) વિશ્લેષણ
DEGs અને DETs ની કાર્યાત્મક ટીકા
BUSCO વિશ્લેષણ
વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ
વૈકલ્પિક પોલિઆડેનીલેશન એનાલિસિસ (APA)
ડિફરન્શિયલ એક્સપ્રેસ્ડ જીન્સ (DEGs) અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટ્સ (DETs9 વિશ્લેષણ
ડીઇટી અને ડીઇજીના પ્રોટીન-પ્રોટીન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા નેટવર્ક
પ્રકાશનોના ક્યુરેટેડ સંગ્રહ દ્વારા BMKGene ના PacBio 2+3 પૂર્ણ-લંબાઈના mRNA સિક્વન્સિંગ દ્વારા સુવિધા આપવામાં આવેલી પ્રગતિઓનું અન્વેષણ કરો.
ચાઓ, પ્ર. એટ અલ. (2019) 'ધ ડેવલપમેન્ટલ ડાયનેમિક્સ ઓફ ધ પોપ્યુલસ સ્ટેમ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ', પ્લાન્ટ બાયોટેકનોલોજી જર્નલ, 17(1), પૃષ્ઠ 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
ડેંગ, એચ. એટ અલ. (2022) 'એક્ટિનિડિયા લેટિફોલિયા (એક એસ્કોર્બેટ-રિચ ફ્રુટ ક્રોપ) અને એસોસિએટેડ મોલેક્યુલર મિકેનિઝમ્સ, 23(10), પૃષ્ઠ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
હુઆ, એક્સ. એટ અલ. (2022) 'પેરિસ પોલીફિલામાં બાયોએક્ટિવ પોલિફિલિન્સમાં સામેલ બાયોસિન્થેટિક પાથવે જનીનોની અસરકારક આગાહી', કોમ્યુનિકેશન્સ બાયોલોજી 2022 5:1, 5(1), પૃષ્ઠ 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
લિયુ, એમ. એટ અલ. (2023) 'કમ્બાઈન્ડ PacBio Iso-Seq અને Illumina RNA-Seq એનાલિસિસ ઑફ ધ ટુટા એબ્સોલ્યુટા (મેરિક) ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ અને સાયટોક્રોમ P450 જનીનો', જંતુઓ, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
વાંગ, લિજુન એટ અલ. (2019) 'રિસિનસ કોમ્યુનિસમાં રિસિનોલેઇક એસિડ બાયોસિન્થેસિસની વધુ સારી સમજણ માટે ઇલુમિના આરએનએ સિક્વન્સિંગ સાથે સંયુક્ત PacBio સિંગલ-મોલેક્યુલ રીઅલ-ટાઇમ વિશ્લેષણનો ઉપયોગ કરીને ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ જટિલતાનું સર્વેક્ષણ', BMC જીનોમિક્સ, 20(1), પૃષ્ઠ 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
