BMKCloud લૉગ ઇન કરો
1

સંદર્ભ જીનોમ સાથે mRNA-seq (NGS).

百迈客云网站-11

સંદર્ભ જીનોમ સાથે mRNA-seq (NGS).

આરએનએ-સેક એ સમગ્ર જીવન અને પાક વિજ્ઞાનમાં પ્રમાણભૂત સાધન છે, જે જીનોમ અને પ્રોટીઓમ વચ્ચેના અંતરને દૂર કરે છે. તેની શક્તિ નવી પ્રતિલિપિઓ શોધવામાં અને તેમની અભિવ્યક્તિને એક જ અભ્યાસમાં માપવામાં રહેલી છે. તેનો વ્યાપકપણે તુલનાત્મક ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક અભ્યાસો માટે ઉપયોગ થાય છે, વિવિધ લક્ષણો અથવા ફેનોટાઇપ્સથી સંબંધિત જનીનો પર પ્રકાશ પાડવો, જેમ કે મ્યુટન્ટ્સની જંગલી-પ્રકાર સાથે સરખામણી કરવી અથવા ચોક્કસ પરિસ્થિતિઓમાં જનીન અભિવ્યક્તિને જાહેર કરવી. BMKCloud mRNA(સંદર્ભ) APP અભિવ્યક્તિ પ્રમાણીકરણ, વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ (DEG), અને અનુક્રમ માળખું વિશ્લેષણને mRNA-seq(NGS) બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ પાઇપલાઇનમાં એકીકૃત કરે છે અને સમાન સૉફ્ટવેરની શક્તિઓને એકીકૃત કરે છે, સુવિધા અને વપરાશકર્તા-મિત્રતાની ખાતરી કરે છે. વપરાશકર્તાઓ તેમના RNA-seq ડેટાને ક્લાઉડ પર અપલોડ કરી શકે છે, જ્યાં એપ્લિકેશન વ્યાપક, વન-સ્ટોપ બાયોઇન્ફોર્મેટીક વિશ્લેષણ ઉકેલ પ્રદાન કરે છે. વધુમાં, તે ગ્રાહકના અનુભવને પ્રાધાન્ય આપે છે, વપરાશકર્તાઓની ચોક્કસ જરૂરિયાતોને અનુરૂપ વ્યક્તિગત કામગીરી ઓફર કરે છે. વપરાશકર્તાઓ પરિમાણો સેટ કરી શકે છે અને પાઇપલાઇન મિશન જાતે સબમિટ કરી શકે છે, ઇન્ટરેક્ટિવ રિપોર્ટ તપાસી શકે છે, ડેટા/આકૃતિઓ જોઈ શકે છે અને સંપૂર્ણ ડેટા માઇનિંગ કરી શકે છે, જેમ કે: લક્ષ્ય જનીન પસંદગી, કાર્યાત્મક ક્લસ્ટરિંગ, ડાયાગ્રામિંગ વગેરે.

ડેમો પરિણામો
ડેટા માઇનિંગ
આયાત જરૂરિયાત
મુખ્ય વિશ્લેષણ
સંદર્ભ
ડેમો પરિણામો

ડેટા માઇનિંગ

આયાત જરૂરિયાત

પ્લેટફોર્મ:ઈલુમિના, એમજીઆઈ
વ્યૂહરચના:RNA-Seq
લેઆઉટ: પેરીડ, ક્લીન-ડેટા.
પુસ્તકાલયનો પ્રકાર:fr-unstranded, fr-firststrand અથવા fr-secondstrand
વાંચો લંબાઈ:150 બીપી
ફાઇલ પ્રકાર:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz અથવા *.fq.gz. તંત્ર કરશે.fastq ફાઇલોને તેના ફાઇલ નામો અનુસાર આપોઆપ જોડી દો,દા.ત. *_1.fastq ને *._2.fastq સાથે જોડી.
નમૂનાઓની સંખ્યા:સંખ્યા પર કોઈ નિયંત્રણો નથીનમૂનાઓની સંખ્યા તરીકે, પરંતુ વિશ્લેષણનો સમય વધશેનમૂનાઓ વધે છે.
ભલામણ કરેલ ડેટા રકમ:નમૂના દીઠ 6G

મુખ્ય વિશ્લેષણ
mRNA-seq (સંદર્ભ) ના મુખ્ય વિશ્લેષણ અને બાયોઇન્ફોર્મેટીક સાધનોપાઇપલાઇન નીચે મુજબ છે:
1. રાઉડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ:
•નિમ્ન-ગુણવત્તાના સિક્વન્સ, એડેપ્ટર સિક્વન્સને દૂર કરવા,વગેરે;
•ટૂલ્સ: ઇન-હાઉસ વિકસિત પાઇપલાઇન;
2. સંદર્ભ જીનોમ માટે ડેટાનું સંરેખણ:
• સંરેખિત કરવું ની સામે સ્પ્લાઈસ-અવેર એલ્ગોરિધમ સાથે વાંચન કરે છેસંદર્ભ જીનોમ.
• સાધનો:HISAT2, samtools
3. પુસ્તકાલય ગુણવત્તા વિશ્લેષણ:
લંબાઈ વિશ્લેષણ, ક્રમ સંતૃપ્તિ વિશ્લેષણ, વગેરે દાખલ કરો;
• સાધનો:samtools;
4. અનુક્રમ માળખું વિશ્લેષણ:
• વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ, જનીન માળખું ઑપ્ટિમાઇઝેશન,નવલકથા જનીન આગાહી, વગેરે;
• સાધનો:StringTie, gffcompare, GATK,ડાયમંડ, ઇન્ટરપ્રોસ્કેન, અનેHMMER.
5. વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ:
•DEG સ્ક્રીનીંગ, સહ-સંબંધ વિશ્લેષણ, કાર્યાત્મકસંવર્ધન
વિવિધ વિઝ્યુલાઇઝેશન પરિણામો;
RસાથેSEGseq, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
સંદર્ભ
1. કિમ, દહેવાન એટ અલ. “ગ્રાફ-આધારિત જીનોમ ગોઠવણી અનેHISAT2 અને HISAT-જીનોટાઇપ સાથે જીનોટાઇપિંગ."કુદરતબાયોટેકનોલોજી37 (2019): 907 - 915.
2. મેકકેના, એરોન એટ અલ. "જીનોમ એનાલિસિસ ટૂલકીટ: એનેક્સ્ટ જનરેશન ડીએનએના પૃથ્થકરણ માટે MapReduce ફ્રેમવર્કડેટા ક્રમ."જીનોમ સંશોધન20 9 (2010): 1297-303 .
3. લી, હેંગ એટ અલ. “ધી સિક્વન્સ એલાઈનમેન્ટ/નકશા ફોર્મેટ અનેSAMtools."બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ25 (2009): 2078 - 2079.
4. Perțea, Mihaela et al. “StringTie સુધારેલને સક્ષમ કરે છેઆરએનએ-સેકમાંથી ટ્રાન્સક્રિપ્ટમનું પુનર્નિર્માણ વાંચે છે.કુદરતબાયોટેકનોલોજી33 (2015): 290-295.
5. લવ, માઈકલ આઈ. એટ અલ. "ફોલ્ડ ફેરફારનો મધ્યમ અંદાજ અનેDESeq2 સાથે RNA-seq ડેટા માટે વિખેરવું."જીનોમજીવવિજ્ઞાન15 (2014): એન. પેગ
6. એડી, સીન આર.. "એક્સિલરેટેડ પ્રોફાઇલ HMM શોધો."પી.એલ.ઓ.એસ કોમ્પ્યુટેશનલ બાયોલોજી7 (2011): એન. પેગ

એક અવતરણ મેળવો

તમારો સંદેશ અહીં લખો અને અમને મોકલો

તમારો સંદેશ અમને મોકલો: