સંપૂર્ણ જીનોમ
સાર્સ-કોવ -2 ની જીનોમિક્સ મોનિટરિંગ એનએસપી 1 ડિલીશન વેરિઅન્ટને શોધી કા .ે છે જે પ્રકાર I ઇન્ટરફેરોન પ્રતિસાદને મોડ્યુલેટ કરે છે
નેનોપોર | ઇલુમિના | આખા જીનોમ સંશોધન | મેટાજેનોમિક્સ | આરએનએ-સેક | તડક
બાયોમાર્કર ટેક્નોલોજીઓએ આ અભ્યાસમાં નમૂનાના અનુક્રમણિકા પર તકનીકી સહાય પૂરી પાડી.
વિશેષતા
1.SARS-COV-2 જિનોમ સિક્વન્સીંગ અને ફાયલોગ્નેટીક વિશ્લેષણ 31 એસ.એન.પી. અને 4 ઇન્ડેલ્સ સહિત 35 રિકરન્ટ પરિવર્તનને ઓળખે છે.
2. 117 ક્લિનિકલ ફિનોટાઇપ્સ સાથેની એસોસિએશન સંભવિત રીતે પ્રગટ કરે છે
મહત્વપૂર્ણ પરિવર્તન.
NS500-532 એનએસપી 1 કોડિંગ ક્ષેત્રમાં નીચલા વાયરલ સાથે સંકળાયેલ છે
3. લોડ અને સીરમ આઈએફએન- β.
4.500-532 પરિવર્તન સાથે વાયરલ આઇસોલેટ્સ નીચલા આઇએફએન-આઇ
ચેપગ્રસ્ત કોષોમાં પ્રતિસાદ.
પ્રાયોગિક રચના
સિદ્ધિઓ
1. કોવિડ -19 રોગચાળા અને જીનોમિક સર્વેલન્સ
સિચુઆન પ્રાંત, ચાઇનામાં 22 મી જાન્યુઆરી, 2020 થી 20 ફેબ્રુઆરી, 2020, 2020 ના રોજ ફાટી નીકળવાના સમયગાળા દરમિયાન, ક્લિનિકલ ડેટા એકત્રિત કરવામાં આવ્યો હતો. સિચુઆનમાં ક્યુપીસીઆર પરીક્ષણો દ્વારા કુલ 538 કોવિડ -19 કેસની પુષ્ટિ કરવામાં આવી હતી, જેમાંથી 28.8% પ્રાંતના હતા. મૂડી. સિચુઆનમાં પુષ્ટિ થયેલા કેસો ઝડપથી વધ્યા, 30 મી જાન્યુઆરીએ પીકિંગ. ઉપરાંત, ડેટાને ટેકો આપ્યો હતો કે વાયરસના ફેલાવોને રોકવા માટે સામાજિક અંતર એ મુખ્ય પરિબળ હોઈ શકે છે.
આકૃતિ 1. સિચુઆન પ્રાંત, ચીનના કોવિડ -19 નો રોગચાળા અભ્યાસ
2. સાર્સ-કોવ -2 જિનોમ બાંધકામ અને ચલોની ઓળખ
મલ્ટિપ્લેક્સ પીસીઆર એમ્પ્લીફિકેશન પછી નેનોપોર સિક્વન્સીંગ, 248 દર્દીઓમાંથી કુલ 310 નજીક અથવા આંશિક-પૂર્ણ જિનોમ લગભગ સાથે ઉત્પન્ન થયા હતા. 10 રીડ્સ દ્વારા આવરી લેવામાં આવેલા 80% જીનોમ્સ (સરેરાશ depth ંડાઈ: નમૂના દીઠ 0.39 મી વાંચે છે).
આકૃતિ 2. સિચુઆન સમૂહમાં દરેક ચલોની આવર્તન
સાર્સ-કોવ -2 જિનોમમાંથી કુલ 104 એસ.એન.પી. અને 18 ઇન્ડેલ્સની ઓળખ કરવામાં આવી હતી, જેમાં 31 એસ.એન.પી. અને 4 ઇન્ડેલ્સને રિકરન્ટ આનુવંશિક પ્રકારો તરીકે ઓળખવામાં આવી હતી. વુહાનના 169 નમૂનાઓ સાથે અને જીઆઇએસએઆઈડીમાં 81,391 ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા પબ્લિચ જીનોમ સિક્વન્સ સાથે તેમની તુલના કરીને, અન્ય ખંડોમાં હાજર 35 ચલોમાંથી 29. નોંધપાત્ર રીતે, ∆500-532, એસીસી 18108AT, ∆729-737 અને ટી 13243 સી સહિતના ચાર પ્રકારો, ફક્ત સિચુઆન અને વુહાનમાં હાજર હોવાનું અને જીઆઈએસએઆઇડી ડેટામાં ગેરહાજર હોવાનું જણાયું હતું, જે દર્શાવે છે કે આ પ્રકારો વુહાનથી પ્રભાવિત થવાની સંભાવના છે, જે આ પ્રકારો છે, જે વુહાનથી પ્રભાવિત થઈ શકે છે, જે આ પ્રકારોથી પૂરા થાય છે, જે આ પ્રકારો વુહાનથી પ્રભાવિત થઈ શકે છે, જે આ પ્રકારો છે, જે વુહાનથી પ્રભાવિત થઈ શકે છે, જે આ પ્રકારો વુહાનથી પ્રભાવિત થઈ શકે છે, જે વુહાનથી પ્રભાવિત થઈ શકે છે, દર્દીઓના મુસાફરી રેકોર્ડ.
મહત્તમ સંભાવના (એમએલ) પદ્ધતિ અને બેએશિયન મોલેક્યુલર ઘડિયાળ અભિગમો સાથેના ઉત્ક્રાંતિ વિશ્લેષણ પર 88 નવા વાયરસ એસએફઆરએમ સિચુઆન અને અન્ય પ્રદેશોના 250 ક્યુરેટેડ જિનોમ પર પ્રક્રિયા કરવામાં આવી હતી. From500-532૨ (એનએસપી 1 કોડિંગ ક્ષેત્રમાં કા tions ી નાખવા) સાથેનો જીનોમ ફાયલોજેનેટિક વૃક્ષમાં ભાગ્યે જ વિતરિત જોવા મળ્યો હતો. એનએસપી 1 વેરિએન્ટ્સ પરના હેપ્લોટાઇપ વિશ્લેષણમાં તેમાંથી 5 બહુવિધ શહેરોમાંથી ઓળખાય છે. આ પરિણામો સૂચવે છે કે ∆500-532 બહુવિધ શહેરોમાં થાય છે અને વુહાનથી ઘણી વખત આયાત કરવામાં આવી શકે છે.
આકૃતિ 2. સાર્સ-કોવ -2 જિનોમમાં રિકરન્ટ આનુવંશિક પ્રકારો અને ફાયલોજેનેટિક વિશ્લેષણ
3. ક્લિનિકલ અસરો સાથે પુનરાવર્તિત આનુવંશિક પ્રકારોનું જોડાણ
117 ક્લિનિકલ ફેનોટાઇપ્સ કોવિડ -19 ગંભીરતા સાથે સંકળાયેલા હતા, જ્યાં 19 ગંભીરતા સંબંધિત ફિનોટાઇપ્સને ગંભીર અને બિન-ગંભીર લક્ષણોમાં વર્ગીકૃત કરવામાં આવી હતી. આ લક્ષણો અને 35 પુનરાવર્તિત આનુવંશિક પ્રકારો વચ્ચેના સંબંધને દ્વિ-ક્લસ્ટર હીટમેપમાં વાઇઅલાઇઝ કરવામાં આવ્યા હતા. જીએસઇએ જેવા ક્રમાંકિત સંવર્ધન વિશ્લેષણમાં બતાવવામાં આવ્યું છે કે લોહીમાં ઇએસઆર, સીરમ આઇએફએન- β અને સીડી 3+ સીડી 8+ ટી સેલ ગણતરીઓ સાથે નકારાત્મક રીતે સંકળાયેલ છે. તદુપરાંત, ક્યુપીસીઆર પરીક્ષણો દર્શાવે છે કે વાયરસથી ચેપ લગાવેલા દર્દીઓ ∆500-532 માં સૌથી વધુ સીટી મૂલ્ય ધરાવે છે, એટલે કે સૌથી નીચો વાયરલ લોડ.
આકૃતિ.
4. વાયરલ પરિવર્તન સાથે સંકળાયેલ ક્લિનિકલ ફીનોટાઇપ્સ પર માન્યતા
એનએસપી 1 ફંક્શન્સ પર ∆500-532 ની અસરને સમજવા માટે, એચ.કે. પીસીએ વિશ્લેષણ માટે દરેક સારવાર કરાયેલ એચ.કે. મ્યુટન્ટ્સમાં નોંધપાત્ર રીતે અપગ્રેટેડ જનીનો મુખ્યત્વે "પેપ્ટાઇડ બાયોસિન્થેટીક/મેટાબોલિક પ્રક્રિયા", "રિબોન્યુક્લિયોપ્રોટીન કોમ્પ્લેક્સ બાયોજેનેસિસ", "પ્રોટીન ટાર્ગેટિંગ ટૂ મેમ્બ્રેન/ઇઆર", વગેરેમાં સમૃદ્ધ બનાવવામાં આવ્યા હતા, ઉપરાંત, બે કા tions ી નાખવાથી ડબ્લ્યુટીમાંથી એક અલગ એક્સપ્રેસશન પેટર્ન બતાવવામાં આવી હતી.
આકૃતિ 4. ડબ્લ્યુટી એનએસપી 1 દ્વારા સંક્રમિત એચ.કે.
આઇએફએન -1 પ્રતિભાવ પર કા tions ી નાખવાની અસર પણ અતિશય પ્રભાવિત અભ્યાસમાં પરીક્ષણ કરવામાં આવી હતી. ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટમ સ્તર અને પ્રોટીન સ્તર બંને પર ટ્રાન્સફેક્ટેડ એચ.કે. રસપ્રદ વાત એ છે કે કા tions ી નાખવાના નોંધપાત્ર ડાઉન-રેગ્યુલેટેડ જનીનોને "વાયરસના સંરક્ષણ પ્રતિસાદ", "વાયરલ જીનોમ પ્રતિકૃતિ", "આરએનએ પોલિમરેઝ II દ્વારા ટ્રાંસ્ક્રિપ્શનનું નિયમન" અને "પ્રકાર I ઇન્ટરફેરોનનો પ્રતિસાદ" માં સમૃદ્ધ બનાવવામાં આવ્યા હતા.
આકૃતિ 5. ∆500-532 મ્યુટન્ટમાં ઇન્ટરફેરોન સિગ્નલિંગ માર્ગોનું ડાઉન રેગ્યુલેશન
આ અધ્યયનમાં, વાયરસ પર આ કા tions ી નાખવાની અસરને વાયરલ ચેપ અભ્યાસ દ્વારા વધુ પુષ્ટિ મળી હતી. અમુક મ્યુટન્ટ્સવાળા વાયરસને ક્લિનિકલ નમૂનાઓથી અલગ કરવામાં આવ્યા હતા અને CALU-3 કોષોમાં ચેપ લાગ્યો હતો. વાયરલ ચેપ અભ્યાસ પરના વિગતવાર પરિણામો કાગળમાં વાંચી શકાય છે.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
સંદર્ભ
લિન જે, તાંગ સી, વી એચ, એટ અલ. સાર્સ-કોવ -2 ની જીનોમિક મોનિટરિંગ એનએસપી 1 ડિલીશન વેરિઅન્ટને શોધી કા .ે છે જે પ્રકાર I ઇન્ટરફેરોન પ્રતિસાદ [જે] ને મોડ્યુલેટ કરે છે. સેલ હોસ્ટ અને માઇક્રોબ, 2021.
સમાચાર અને હાઇલાઇટ્સ બાયોમાર્કર ટેક્નોલોજીઓ સાથે નવીનતમ સફળ કેસો શેર કરવા, નવલકથા વૈજ્ .ાનિક સિદ્ધિઓ તેમજ અભ્યાસ દરમિયાન લાગુ અગ્રણી તકનીકોને કબજે કરવાના લક્ષ્યો.
પોસ્ટ સમય: જાન્યુ -06-2022