નેનોપોર ફુલ-લેન્થ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ

નેનોપોર ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટમ સિક્વન્સિંગ એ પૂર્ણ-લંબાઈના સીડીએનએને અનુક્રમિત કરવા, ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ આઇસોફોર્મ્સને ચોક્કસ રીતે ઓળખવા અને પ્રમાણિત કરવા માટે એક શક્તિશાળી પદ્ધતિ છે. BMKCloud નેનોપોર ફુલ-લેન્થ ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ પાઇપલાઇન નેનોપોર પ્લેટફોર્મ પર જનરેટ થયેલ RNA-Seq ડેટાને ઉચ્ચ-ગુણવત્તાની સારી-એનોટેટેડ સંદર્ભ જીનોમ સામે વિશ્લેષણ કરવા માટે ડિઝાઇન કરવામાં આવી છે, જે જનીન અને ટ્રાન્સક્રિપ્ટ બંને સ્તરે ગુણાત્મક અને માત્રાત્મક વિશ્લેષણ પ્રદાન કરે છે. ગુણવત્તા નિયંત્રણ પછી, ફુલ-લેન્થ નોન-કાઇમરિક (FLNC) સિક્વન્સ મેળવવામાં આવે છે અને બિનજરૂરી ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સને દૂર કરવા માટે સંદર્ભ જીનોમ સાથે સર્વસંમતિ સિક્વન્સને મેપ કરવામાં આવે છે. આ ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ સમૂહમાંથી, અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણ નક્કી કરવામાં આવે છે અને વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત જનીનો અને ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સને ઓળખવામાં આવે છે અને કાર્યાત્મક રીતે ટીકા કરવામાં આવે છે. આ પાઈપલાઈનમાં વૈકલ્પિક પોલિએડેનિલેશન (APA) વિશ્લેષણ, વૈકલ્પિક સ્પ્લિસિંગ વિશ્લેષણ, સરળ સિક્વન્સ રિપીટ (SSR) વિશ્લેષણ, lncRNA અને અનુરૂપ લક્ષ્યોનું અનુમાન, કોડિંગ સિક્વન્સ (CDS) ની આગાહી, જનીન કુટુંબ વિશ્લેષણ, ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળ પૃથ્થકરણ, નોવેલજેન પ્રીડિક્શન નો સમાવેશ થાય છે. અને કાર્યાત્મક એનોટેશન ટ્રાન્સક્રિપ્ટ