BMKMANU S3000_Spatial Transscriptome
BMKMANU S3000 સ્પેશિયલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ટેકનિકલ સ્કીમ
લક્ષણો
- રીઝોલ્યુશન: 3.5 µM
- સ્પોટ વ્યાસ: 2.5 µM
- સ્થળોની સંખ્યા: આશરે 4 મિલિયન
- 3 સંભવિત કેપ્ચર એરિયા ફોર્મેટ: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm અથવા 15 mm * 20 mm
- દરેક બારકોડેડ મણકો 4 વિભાગોથી બનેલા પ્રાઇમર્સથી લોડ થયેલ છે:
• mRNA પ્રાઈમિંગ અને cDNA સંશ્લેષણ માટે પોલી(ડીટી) પૂંછડી,
એમ્પ્લીફિકેશન બાયસ સુધારવા માટે યુનિક મોલેક્યુલર આઇડેન્ટિફાયર (UMI).
• અવકાશી બારકોડ
• આંશિક રીડ 1 સિક્વન્સિંગ પ્રાઈમરનો બંધનકર્તા ક્રમ
- H&E અને વિભાગોના ફ્લોરોસન્ટ સ્ટેનિંગ
- સેલ સેગમેન્ટેશન ટેક્નોલોજીનો ઉપયોગ કરવાની સંભાવના: H&E સ્ટેનિંગ, ફ્લોરોસન્ટ સ્ટેનિંગ અને RNA સિક્વન્સિંગનું એકીકરણ દરેક કોષની સીમાઓ નક્કી કરવા અને દરેક કોષને યોગ્ય રીતે જનીન અભિવ્યક્તિ સોંપવા માટે. સેલ બિન પર આધારિત ડાઉનસ્ટ્રીમ અવકાશી પ્રોફાઇલિંગ વિશ્લેષણની પ્રક્રિયા.
- મલ્ટિલેવલ રિઝોલ્યુશન એનાલિસિસ હાંસલ કરવા માટે શક્ય: 100um થી 3.5 um સુધીનું ફ્લેક્સિબલ મલ્ટિ-લેવલ વિશ્લેષણ શ્રેષ્ઠ રિઝોલ્યુશન પર વિવિધ પેશીઓના લક્ષણોને ઉકેલવા માટે.
BMKMANU S3000 ના ફાયદા
-કેપ્ચર સ્પોટને બમણું કરીને 4 મિલિયન: 3.5 uM ના સુધારેલ રીઝોલ્યુશન સાથે, જે કોષ દીઠ ઉચ્ચ જનીન અને UMI શોધ તરફ દોરી જાય છે. આના પરિણામે ટ્રાંસક્રિપ્શનલ રૂપરેખાઓ પર આધારિત કોષોના ક્લસ્ટરિંગમાં સુધારો થાય છે, જેમાં પેશીઓની રચના સાથે મેળ ખાતી ઝીણી વિગતો હોય છે.
- સબ-સેલ્યુલર રિઝોલ્યુશન:દરેક કેપ્ચર એરિયામાં 2.5 µm વ્યાસ સાથે 2 મિલિયન અવકાશી બારકોડેડ સ્પોટ અને સ્પોટ સેન્ટરો વચ્ચે 5 µmનું અંતર હોય છે, જે સબ-સેલ્યુલર રિઝોલ્યુશન (5 µm) સાથે અવકાશી ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ વિશ્લેષણને સક્ષમ કરે છે.
-મલ્ટિ-લેવલ રિઝોલ્યુશન વિશ્લેષણ:100 μm થી 5 μm સુધીનું લવચીક મલ્ટિ-લેવલ વિશ્લેષણ શ્રેષ્ઠ રિઝોલ્યુશન પર વિવિધ પેશીઓની વિશેષતાઓને ઉકેલવા માટે.
-"ત્રણ એક સ્લાઇડમાં" કોષ વિભાજન તકનીકનો ઉપયોગ કરવાની સંભાવના:એક જ સ્લાઇડ પર ફ્લોરોસેન્સ સ્ટેનિંગ, H&E સ્ટેનિંગ અને RNA સિક્વન્સિંગને સંયોજિત કરીને, અમારું "થ્રી-ઇન-વન" વિશ્લેષણ અલ્ગોરિધમ અનુગામી સેલ-આધારિત ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ માટે સેલ સીમાઓની ઓળખને સશક્ત બનાવે છે.
-બહુવિધ સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ સાથે સુસંગત: બંને NGS અને લાંબા-વાંચિત સિક્વન્સિંગ ઉપલબ્ધ છે.
-1-8 સક્રિય કેપ્ચર વિસ્તારની લવચીક ડિઝાઇન: કેપ્ચર વિસ્તારનું કદ લવચીક છે, 3 ફોર્મેટ (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm અને 15 mm * 20 mm) નો ઉપયોગ કરવાનું શક્ય છે.
-વન-સ્ટોપ સેવા: ક્રાયો-સેક્શનિંગ, સ્ટેનિંગ, ટિશ્યુ ઑપ્ટિમાઇઝેશન, અવકાશી બારકોડિંગ, લાઇબ્રેરી તૈયારી, સિક્વન્સિંગ અને બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સહિત તમામ અનુભવ અને કૌશલ્ય-આધારિત પગલાંને એકીકૃત કરે છે.
-વ્યાપક બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અને પરિણામોનું વપરાશકર્તા મૈત્રીપૂર્ણ વિઝ્યુલાઇઝેશન:પેકેજમાં સેલ સ્પ્લિટિંગ અને સ્પોટ ક્લસ્ટરિંગને વિઝ્યુઅલાઈઝ કરવા અને કસ્ટમાઈઝ કરવા માટે ઇનહાઉસ વિકસિત સૉફ્ટવેરના ઉપયોગ સાથે 29 વિશ્લેષણ અને 100+ ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા આંકડાઓનો સમાવેશ થાય છે.
-કસ્ટમાઇઝ્ડ ડેટા વિશ્લેષણ અને વિઝ્યુલાઇઝેશન: વિવિધ સંશોધન વિનંતીઓ માટે ઉપલબ્ધ
-ઉચ્ચ કુશળ તકનીકી ટીમ: માનવ, ઉંદર, સસ્તન પ્રાણી, માછલી અને છોડ સહિત 250 થી વધુ પેશીના પ્રકારો અને 100+ પ્રજાતિઓમાં અનુભવ સાથે.
-સમગ્ર પ્રોજેક્ટ પર રીઅલ-ટાઇમ અપડેટ્સ: પ્રાયોગિક પ્રગતિના સંપૂર્ણ નિયંત્રણ સાથે.
-સિંગલ-સેલ mRNA સિક્વન્સિંગ સાથે વૈકલ્પિક સંયુક્ત વિશ્લેષણ
સેવા વિશિષ્ટતાઓ
| નમૂના જરૂરીયાતો | પુસ્તકાલય | સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના | ડેટા ભલામણ કરેલ | ગુણવત્તા નિયંત્રણ |
| OCT- એમ્બેડેડ ક્રાયો નમૂનાઓ (શ્રેષ્ઠ વ્યાસ: આશરે. 6×6×6 mm³) નમૂના દીઠ 2 બ્લોક્સ પ્રયોગ માટે 1, બેકઅપ માટે 1 | S3000 cDNA લાઇબ્રેરી | ઇલુમિના PE150 | 160K PE રીડ પ્રતિ 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
નમૂના તૈયારી માર્ગદર્શન અને સેવા કાર્યપ્રવાહ પર વધુ વિગતો માટે, કૃપા કરીને અસંકોચ સાથે વાત કરોBMKGENE નિષ્ણાત
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
નમૂનાની તૈયારીના તબક્કામાં, ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા આરએનએ મેળવી શકાય તેની ખાતરી કરવા માટે પ્રારંભિક બલ્ક આરએનએ નિષ્કર્ષણ ટ્રાયલ કરવામાં આવે છે. ટીશ્યુ ઓપ્ટિમાઇઝેશન સ્ટેજમાં વિભાગો સ્ટેઇન્ડ અને વિઝ્યુઅલાઈઝ થાય છે અને પેશીમાંથી mRNA રીલીઝ માટે અભેદ્યતાની સ્થિતિઓ ઓપ્ટિમાઇઝ કરવામાં આવે છે. ઑપ્ટિમાઇઝ પ્રોટોકોલ પછી લાઇબ્રેરીના નિર્માણ દરમિયાન લાગુ કરવામાં આવે છે, ત્યારબાદ સિક્વન્સિંગ અને ડેટા વિશ્લેષણ કરવામાં આવે છે.
સંપૂર્ણ સર્વિસ વર્કફ્લોમાં રિસ્પોન્સિવ ફીડબેક લૂપ જાળવવા માટે રીઅલ-ટાઇમ અપડેટ્સ અને ક્લાયન્ટ કન્ફર્મેશન્સનો સમાવેશ થાય છે, પ્રોજેક્ટના સરળ અમલીકરણની ખાતરી.
BMKMANU S3000 દ્વારા જનરેટ કરવામાં આવેલ ડેટાનું વિશ્લેષણ સોફ્ટવેર “BSTMatrix” નો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવે છે, જે BMKGENE દ્વારા સ્વતંત્ર રીતે ડિઝાઇન કરવામાં આવ્યું છે, જે સેલ લેવલ અને મલ્ટિલેવલ રિઝોલ્યુશન જીન એક્સપ્રેશન મેટ્રિક્સ જનરેટ કરે છે. ત્યાંથી, એક માનક અહેવાલ જનરેટ થાય છે જેમાં ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ, આંતરિક-નમૂના વિશ્લેષણ અને આંતર-જૂથ વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે.
- ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ:
- ડેટા આઉટપુટ અને ગુણવત્તા સ્કોર વિતરણ
- સ્થળ દીઠ જનીન શોધ
- પેશી કવરેજ
- આંતરિક-નમૂના વિશ્લેષણ:
- જનીન સમૃદ્ધિ
- સ્પોટ ક્લસ્ટરિંગ, ઘટાડેલા પરિમાણ વિશ્લેષણ સહિત
- ક્લસ્ટરો વચ્ચે વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ: માર્કર જનીનોની ઓળખ
- માર્કર જનીનોનું કાર્યાત્મક ટીકા અને સંવર્ધન
- આંતર-જૂથ વિશ્લેષણ
- બંને નમૂનાઓમાંથી ફોલ્લીઓનું ફરીથી સંયોજન (દા.ત. રોગગ્રસ્ત અને નિયંત્રણ) અને ફરીથી ક્લસ્ટર
- દરેક ક્લસ્ટર માટે માર્કર જનીનોની ઓળખ
- માર્કર જનીનોનું કાર્યાત્મક ટીકા અને સંવર્ધન
- જૂથો વચ્ચે સમાન ક્લસ્ટરની વિભેદક અભિવ્યક્તિ
વધુમાં, BMKGene વિકસાવેલ “BSTViewer” એ એક વપરાશકર્તા-મૈત્રીપૂર્ણ સાધન છે જે વપરાશકર્તાને જનીન અભિવ્યક્તિ અને સ્પોટ ક્લસ્ટરિંગને વિવિધ રીઝોલ્યુશન પર વિઝ્યુઅલાઈઝ કરવા સક્ષમ બનાવે છે.
BMKGene ચોક્કસ સિંગલ-સેલ રિઝોલ્યુશન (સેલ બિન અથવા 100um થી 3.5um સુધીના મલ્ટિલેવલ સ્ક્વેર બિન પર આધારિત) પર અવકાશી પ્રોફાઇલિંગ સેવાઓ પ્રદાન કરે છે.
S3000 સ્લાઇડ પર પેશી વિભાગોમાંથી અવકાશી પ્રોફાઇલિંગ ડેટા નીચેની જેમ સારું પ્રદર્શન કરે છે.
કેસ સ્ટડી 1: માઉસ મગજ
S3000 સાથે માઉસના મગજ વિભાગના વિશ્લેષણના પરિણામે ~94,000 કોષોની ઓળખ થઈ, જેમાં કોષ દીઠ ~2000 જનીનોનો મધ્યવર્તી ક્રમ હતો. 3.5 uM ના સુધારેલ રીઝોલ્યુશનને કારણે કોષોના ક્લસ્ટરો મગજની ભિન્નતાવાળી રચનાઓની નકલ કરતા, ટ્રાંસ્ક્રિપ્શનલ પેટર્ન પર આધારિત કોષોના ખૂબ જ વિગતવાર ક્લસ્ટરિંગમાં પરિણમ્યા. ઓલિગોડેન્ડ્રોસાઇટ્સ અને માઇક્રોગ્લિયા કોષો તરીકે ક્લસ્ટર થયેલા કોષોના વિતરણની કલ્પના કરીને આ સરળતાથી અવલોકન કરવામાં આવે છે, જે અનુક્રમે ગ્રે અને સફેદ દ્રવ્યમાં લગભગ વિશિષ્ટ રીતે સ્થિત છે.
કેસ સ્ટડી 2: માઉસ એમ્બ્રીયો
S3000 સાથેના માઉસ એમ્બ્રીયો સેક્શનના પૃથ્થકરણના પરિણામે ~2200 000 કોષોની ઓળખ થઈ, જેમાં કોષ દીઠ ~1600 જનીનોનો મધ્યવર્તી ક્રમ હતો. 3.5 uM ના સુધારેલા રિઝોલ્યુશનના પરિણામે ટ્રાંસક્રિપ્શનલ પેટર્ન પર આધારિત કોશિકાઓના ખૂબ જ વિગતવાર ક્લસ્ટરિંગમાં પરિણમ્યું, જેમાં આંખના વિસ્તારમાં 12 ક્લસ્ટરો અને મગજના વિસ્તારમાં 28 ક્લસ્ટરો છે.
આંતરિક-નમૂના વિશ્લેષણ સેલ ક્લસ્ટરિંગ:
માર્કર જનીનોની ઓળખ અને અવકાશી વિતરણ:
- ઉચ્ચ સબ-સેલ્યુલર રિઝોલ્યુશન: S1000 સ્લાઇડની તુલનામાં, S3000 ના દરેક કેપ્ચર એરિયામાં 2.5 µm વ્યાસ સાથે 4 મિલિયન અવકાશી બારકોડેડ સ્પોટ અને સ્પોટ સેન્ટર્સ વચ્ચે 3.5 µm અંતર છે, ઉચ્ચ સબ-સેલ્યુલર રિઝોલ્યુશન સાથે અવકાશી ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ વિશ્લેષણને સક્ષમ કરે છે. (ચોરસ ડબ્બો: 3.5 µm).
- ઉચ્ચ કેપ્ચર કાર્યક્ષમતા: S1000 સ્લાઇડની સરખામણીમાં, Median_UMI 30% થી 70% સુધી વધે છે, Median_Gene 30% થી 60% સુધી વધે છે
S1000 ચિપની યોજના:
S3000 ચિપની યોજના:
