BMKMANU S1000 સ્પેશિયલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ
BMKMANU S1000 સ્પેશિયલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ટેકનિકલ સ્કીમ
લક્ષણો
● રીઝોલ્યુશન: 5 µM
● સ્પોટ વ્યાસ: 2.5 µM
● સ્થળોની સંખ્યા: આશરે 2 મિલિયન
● 3 સંભવિત કેપ્ચર એરિયા ફોર્મેટ: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm અથવા 15 mm * 20 mm
● દરેક બારકોડેડ મણકો 4 વિભાગોના બનેલા પ્રાઇમર્સથી લોડ થયેલ છે:
mRNA પ્રાઈમિંગ અને cDNA સંશ્લેષણ માટે પોલી(ડીટી) પૂંછડી
એમ્પ્લીફિકેશન બાયસ સુધારવા માટે યુનિક મોલેક્યુલર આઇડેન્ટિફાયર (UMI).
અવકાશી બારકોડ
આંશિક રીડ 1 સિક્વન્સિંગ પ્રાઈમરનો બંધનકર્તા ક્રમ
● H&E અને વિભાગોના ફ્લોરોસન્ટ સ્ટેનિંગ
● ઉપયોગ કરવાની શક્યતાસેલ સેગમેન્ટેશન ટેકનોલોજી: H&E સ્ટેનિંગ, ફ્લોરોસન્ટ સ્ટેનિંગ અને RNA સિક્વન્સિંગનું એકીકરણ દરેક કોષની સીમાઓ નક્કી કરવા અને દરેક કોષને યોગ્ય રીતે જનીન અભિવ્યક્તિ સોંપવા માટે.
BMKMANU S1000 ના ફાયદા
●સબ સેલ્યુલર રિઝોલ્યુશન: દરેક કેપ્ચર એરિયામાં 2.5 µm વ્યાસ સાથે 2 મિલિયન અવકાશી બારકોડેડ સ્પોટ અને સ્પોટ સેન્ટરો વચ્ચે 5 µmનું અંતર હોય છે, જે સબ-સેલ્યુલર રિઝોલ્યુશન (5 µm) સાથે અવકાશી ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ વિશ્લેષણને સક્ષમ કરે છે.
●મલ્ટી-લેવલ રિઝોલ્યુશન વિશ્લેષણ:100 μm થી 5 μm સુધીનું લવચીક મલ્ટિ-લેવલ વિશ્લેષણ શ્રેષ્ઠ રિઝોલ્યુશન પર વિવિધ પેશીઓની વિશેષતાઓને ઉકેલવા માટે.
● "ત્રણ એક સ્લાઇડમાં" સેલ સેગ્મેન્ટેશન ટેકનોલોજીનો ઉપયોગ કરવાની સંભાવના:એક જ સ્લાઇડ પર ફ્લોરોસેન્સ સ્ટેનિંગ, H&E સ્ટેનિંગ અને RNA સિક્વન્સિંગને સંયોજિત કરીને, અમારું "થ્રી-ઇન-વન" વિશ્લેષણ અલ્ગોરિધમ અનુગામી સેલ-આધારિત ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ માટે કોષની સીમાઓની ઓળખને સશક્ત બનાવે છે.
●બહુવિધ સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ્સ સાથે સુસંગત: બંને NGS અને લાંબા-વાંચિત સિક્વન્સિંગ ઉપલબ્ધ છે.
●1-8 સક્રિય કેપ્ચર વિસ્તારની લવચીક ડિઝાઇન: કેપ્ચર એરિયાનું કદ લવચીક છે, 3 ફોર્મેટ (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm અને 15 mm * 20 mm) વાપરવાનું શક્ય છે.
●વન-સ્ટોપ સેવા: તે ક્રાયો-સેક્શનિંગ, સ્ટેનિંગ, ટિશ્યુ ઑપ્ટિમાઇઝેશન, અવકાશી બારકોડિંગ, લાઇબ્રેરી તૈયારી, સિક્વન્સિંગ અને બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ સહિત તમામ અનુભવ અને કૌશલ્ય-આધારિત પગલાંને એકીકૃત કરે છે.
●વ્યાપક બાયોઇન્ફોર્મેટિક્સ અને પરિણામોનું વપરાશકર્તા મૈત્રીપૂર્ણ વિઝ્યુલાઇઝેશન:પેકેજમાં સેલ સ્પ્લિટિંગ અને સ્પોટ ક્લસ્ટરિંગને વિઝ્યુઅલાઈઝ કરવા અને કસ્ટમાઈઝ કરવા માટે ઇનહાઉસ વિકસિત સૉફ્ટવેરના ઉપયોગ સાથે 29 વિશ્લેષણ અને 100+ ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા આંકડાઓનો સમાવેશ થાય છે.
●કસ્ટમાઇઝ્ડ ડેટા એનાલિસિસ અને વિઝ્યુલાઇઝેશન: વિવિધ સંશોધન વિનંતીઓ માટે ઉપલબ્ધ
●ઉચ્ચ કુશળ ટેકનિકલ ટીમ: માનવ, ઉંદર, સસ્તન પ્રાણી, માછલી અને છોડ સહિત 250 થી વધુ પેશીના પ્રકારો અને 100+ પ્રજાતિઓમાં અનુભવ સાથે.
●સમગ્ર પ્રોજેક્ટ પર રીઅલ-ટાઇમ અપડેટ્સ: પ્રાયોગિક પ્રગતિના સંપૂર્ણ નિયંત્રણ સાથે.
●સિંગલ-સેલ mRNA સિક્વન્સિંગ સાથે વૈકલ્પિક સંયુક્ત વિશ્લેષણ
સેવા વિશિષ્ટતાઓ
|
નમૂના જરૂરીયાતો
| પુસ્તકાલય |
સિક્વન્સિંગ વ્યૂહરચના
| ડેટા ભલામણ કરેલ | ગુણવત્તા નિયંત્રણ |
| OCT- એમ્બેડેડ ક્રાયો નમૂનાઓ, નમૂના દીઠ 3 બ્લોક્સ | S1000 cDNA લાઇબ્રેરી | Illumina PE150 (અન્ય પ્લેટફોર્મ ઉપલબ્ધ છે) | 100 uM દીઠ 100K PE રીડ (60-150 જીબી) | RIN>7 |
નમૂના તૈયારી માર્ગદર્શન અને સેવા કાર્યપ્રવાહ પર વધુ વિગતો માટે, કૃપા કરીને અસંકોચ સાથે વાત કરોBMKGENE નિષ્ણાત
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
નમૂનાની તૈયારીના તબક્કામાં, ઉચ્ચ-ગુણવત્તાવાળા આરએનએ મેળવી શકાય તેની ખાતરી કરવા માટે પ્રારંભિક બલ્ક આરએનએ નિષ્કર્ષણ ટ્રાયલ કરવામાં આવે છે. ટીશ્યુ ઓપ્ટિમાઇઝેશન સ્ટેજમાં વિભાગો સ્ટેઇન્ડ અને વિઝ્યુઅલાઈઝ થાય છે અને પેશીમાંથી mRNA રીલીઝ માટે અભેદ્યતાની સ્થિતિઓ ઓપ્ટિમાઇઝ કરવામાં આવે છે. ઑપ્ટિમાઇઝ પ્રોટોકોલ પછી લાઇબ્રેરીના નિર્માણ દરમિયાન લાગુ કરવામાં આવે છે, ત્યારબાદ સિક્વન્સિંગ અને ડેટા વિશ્લેષણ કરવામાં આવે છે.
સંપૂર્ણ સર્વિસ વર્કફ્લોમાં રિસ્પોન્સિવ ફીડબેક લૂપ જાળવવા માટે રીઅલ-ટાઇમ અપડેટ્સ અને ક્લાયન્ટ કન્ફર્મેશન્સનો સમાવેશ થાય છે, પ્રોજેક્ટના સરળ અમલીકરણની ખાતરી.
BMKMANU S1000 દ્વારા જનરેટ કરવામાં આવેલ ડેટાનું વિશ્લેષણ "BSTMatrix" સોફ્ટવેરનો ઉપયોગ કરીને કરવામાં આવે છે, જે BMKGENE દ્વારા સ્વતંત્ર રીતે ડિઝાઇન કરવામાં આવ્યું છે, જે જીન એક્સપ્રેશન મેટ્રિક્સ જનરેટ કરે છે. ત્યાંથી, એક માનક અહેવાલ જનરેટ થાય છે જેમાં ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ, આંતરિક-નમૂના વિશ્લેષણ અને આંતર-જૂથ વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે.
● ડેટા ગુણવત્તા નિયંત્રણ:
ડેટા આઉટપુટ અને ગુણવત્તા સ્કોર વિતરણ
સ્થળ દીઠ જનીન શોધ
પેશી કવરેજ
● આંતરિક-નમૂના વિશ્લેષણ:
જનીન સમૃદ્ધિ
સ્પોટ ક્લસ્ટરિંગ, ઘટાડેલા પરિમાણ વિશ્લેષણ સહિત
ક્લસ્ટરો વચ્ચે વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ: માર્કર જનીનોની ઓળખ
માર્કર જનીનોની કાર્યાત્મક ટીકા અને સંવર્ધન
● આંતર-જૂથ વિશ્લેષણ:
બંને નમૂનાઓમાંથી ફોલ્લીઓનું ફરીથી સંયોજન (દા.ત. રોગગ્રસ્ત અને નિયંત્રણ) અને ફરીથી ક્લસ્ટર
દરેક ક્લસ્ટર માટે માર્કર જનીનોની ઓળખ
માર્કર જનીનોની કાર્યાત્મક ટીકા અને સંવર્ધન
જૂથો વચ્ચે સમાન ક્લસ્ટરની વિભેદક અભિવ્યક્તિ
વધુમાં, BMKGENE એ વિકસાવેલ “BSTViewer” એ એક વપરાશકર્તા-મૈત્રીપૂર્ણ સાધન છે જે વપરાશકર્તાને જનીન અભિવ્યક્તિ અને સ્પોટ ક્લસ્ટરિંગને વિવિધ રીઝોલ્યુશન પર વિઝ્યુઅલાઈઝ કરવા સક્ષમ બનાવે છે.
BMKGene વપરાશકર્તા મૈત્રીપૂર્ણ વિઝ્યુલાઇઝેશન માટે સોફ્ટવેર વિકસાવ્યું
મલ્ટિ-લેવલ રિઝોલ્યુશન પર BSTViewer સ્પોટ ક્લસ્ટરિંગ
BSTCellViewer: ઓટોમેટિક અને મેન્યુઅલ સેલ સ્પ્લિટિંગ
આંતરિક-નમૂના વિશ્લેષણ
સ્પોટ ક્લસ્ટરિંગ:
માર્કર જનીનોની ઓળખ અને અવકાશી વિતરણ:
આંતર-જૂથ વિશ્લેષણ
બંને જૂથો અને ફરીથી ક્લસ્ટરમાંથી ડેટા સંયોજન:
નવા ક્લસ્ટરના માર્કર જનીનો:
આ વૈશિષ્ટિકૃત પ્રકાશનમાં BMKManu S1000 ટેક્નોલોજી સાથે BMKGene ની અવકાશી ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ સેવાઓ દ્વારા સુવિધાયુક્ત પ્રગતિઓનું અન્વેષણ કરો:
ગીત, એક્સ. એટ અલ. (2023) 'અવકાશી ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક્સ પ્રકાશ-પ્રેરિત ક્લોરેન્ચાઇમા કોષો દર્શાવે છે જે ટમેટા કોલસમાં શૂટ રિજનરેશનને પ્રોત્સાહન આપે છે',યુનાઈટેડ સ્ટેટ્સ ઑફ અમેરિકાની નેશનલ એકેડેમી ઑફ સાયન્સની કાર્યવાહી, 120(38), પૃષ્ઠ. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
તમે, વાય. એટ અલ. (2023) 'સિક્વન્સિંગ-આધારિત અવકાશી ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક પદ્ધતિઓની પદ્ધતિસરની સરખામણી',bioRxiv, પી. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
