Secuenciación de fragmentos amplificados de locus específico (SLAF-Seq)
Fluxo de traballo
Esquema técnico
Características do servizo
● Secuenciación en NovaseQ con PE150.
● Preparación da biblioteca con codificación dobre de barras, permitindo a agrupación de máis de 1000 mostras.
● Esta técnica pódese usar con ou sen xenoma de referencia, con diferentes canalizacións bioinformáticas para cada caso:
Con xenoma de referencia: SNP e Indel Discovery
Sen xenoma de referencia: agrupación de mostras e descubrimento de SNP
● Noen silicoAs combinacións de enzimas de restrición múltiple de pre-deseño son seleccionadas para atopar as que xeran unha distribución uniforme de etiquetas SLAF ao longo do xenoma.
● Durante o pre-experimento, tres combinacións de enzimas son probadas en 3 mostras para xerar 9 bibliotecas SLAF, e esta información úsase para escoller a combinación de enzimas de restrición óptima para o proxecto.
Vantaxes do servizo
●Descubrimento de marcadores xenéticos elevados: A integración dun sistema de código de barras de alto rendemento permite a secuenciación simultánea de grandes poboacións e a amplificación específica do locus aumenta a eficiencia, asegurando que os números de etiquetas cumpran os diversos requisitos de diversas cuestións de investigación.
● Baixa dependencia do xenoma: Pódese aplicar a especies con ou sen xenoma de referencia.
●Deseño de esquemas flexibles: Pódense seleccionar todos os enzima, a dixestión de dobre enzima, a dixestión multi-enzima e varios tipos de encimas para atender a diferentes obxectivos ou especies de investigación. Oen silicoO pre-deseño realízase para garantir un deseño de encima óptimo.
● Alta eficiencia na dixestión enzimática: A condución dunen silicoO pre-deseño e un pre-experimento aseguraron un deseño óptimo con distribución uniforme de etiquetas SLAF no cromosoma (1 etiqueta SLAF/4KB) e unha secuencia repetitiva reducida (<5%).
●Ampla experiencia: O noso equipo achega unha ampla experiencia a todos os proxectos, cun historial de pechar máis de 5000 proxectos SLAF-Seq en centos de especies, incluíndo plantas, mamíferos, aves, insectos e organismos acuáticos.
● Fluxo de traballo bioinformático autodesenvolgado: BMKGene desenvolveu un fluxo de traballo bioinformático integrado para SLAF-Seq para garantir a fiabilidade e precisión da saída final.
Especificacións de servizo
| Tipo de análise | Escala de poboación recomendada | Estratexia de secuenciación | |
| Profundidade de secuenciación de etiquetas | Número de etiqueta | ||
| Mapas xenéticos | 2 pais e> 150 descendencia | Pais: 20x WGS Despedido: 10x | Tamaño do xenoma: <400 MB: recoméndase WGS <1GB: etiquetas 100k 1-2GB :: etiquetas de 200k > 2 GB: etiquetas de 300k Etiquetas máximas de 500k |
| Estudos de asociación en todo o xenoma (GWAS) | ≥200 mostras | 10x | |
| Evolución xenética | ≥30 mostras, con> 10 mostras de cada subgrupo | 10x | |
Requisitos de servizo
Concentración ≥ 5 ng/µl
Cantidade total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Xel de agarosa: non degradación ou contaminación limitada
Entrega de mostra recomendada
Contedor: tubo de centrífuga de 2 ml
(Para a maioría das mostras, recomendamos non preservar o etanol)
Etiquetado de mostra: as mostras deben ser claramente etiquetadas e idénticas ao formulario de información de mostra enviado.
Envío: xeo seco: as mostras deben ser envasadas en bolsas primeiro e enterradas en xeo seco.
Fluxo de traballo de servizo
Mostra QC
Experimento piloto
Experimento SLAF
Preparación da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos despois da venda
Inclúe a seguinte análise:
- Datos de secuenciación QC
- Desenvolvemento de etiquetas SLAF
Mapeo ao xenoma de referencia
Sen xenoma de referencia: agrupación
- Análise de etiquetas SLAF.: Estatísticas, distribución a través do xenoma
- Descubrimento de marcadores: SNP, Indel, SNV, CV e anotación
Distribución de etiquetas SLAF en cromosomas:
Distribución de SNP en cromosomas:
Anotación SNP
| Ano | Diario | IF | Título | Aplicacións |
| 2022 | Comunicacións da natureza | 17.694 | Bases xenómicas dos giga-cromosomas e do xenoma giga da peonia das árbores Paeonia Ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novo fitólogo | 7.433 | Pegadas de domesticación ancoran rexións xenómicas de importancia agronómica en soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Introgresións artificiais de todo o xenoma de Gossypium Barbadense en G. hirsutum revelar loci superiores para mellorar simultáneas da calidade e rendemento da fibra de algodón trazos | Xenética evolutiva SLAF |
| 2019 | Planta molecular | 10.81 | A análise xenómica da poboación e a asemblea de novo revelan a orixe de Weedy Arroz como xogo evolutivo | Xenética evolutiva SLAF |
| 2019 | Xenética da natureza | 31.616 | Secuencia do xenoma e diversidade xenética da carpa común, Cyprinus carpio | Mapa de enlace SLAF |
| 2014 | Xenética da natureza | 25.455 | O xenoma do cacahuete cultivado proporciona unha visión dos cariotipos de legumes, poliploide Evolución e domesticación dos cultivos. | Mapa de enlace SLAF |
| 2022 | Xornal de biotecnoloxía vexetal | 9.803 | A identificación de ST1 revela unha selección que implica o autopista da morfoloxía das sementes e contido en aceite durante a domesticación de soia | Desenvolvemento do marcador SLAF |
| 2022 | Revista Internacional de Ciencias Moleculares | 6.208 | Identificación e desenvolvemento de marcadores de ADN para un Wheat -ymus Mollis 2ns (2D) Substitución disomica de cromosomas | Desenvolvemento do marcador SLAF |
| Ano | Diario | IF | Título | Aplicacións |
| 2023 | Fronteiras na ciencia das plantas | 6.735 | Mapping qTL e análise transcriptoma do contido de azucre durante a maduración de froitas de Pyrus Pyrifolia | Mapa xenético |
| 2022 | Xornal de biotecnoloxía vexetal | 8.154 | A identificación de ST1 revela unha selección que implica o autopista da morfoloxía de sementes e o contido de aceite durante a domesticación de soia
| Chamadas SNP |
| 2022 | Fronteiras na ciencia das plantas | 6.623 | A asociación en todo o xenoma mapeo de hulless apenas fenotipos no ambiente de seca.
| Gwas |
