Representación reducida Secuenciación de bisulfito (RRBs)
A secuenciación de bisulfitos de representación reducida (RRBs) xurdiu como unha alternativa rendible e eficiente á secuenciación de bisulfito de xenoma enteiro (WGBS) na investigación de metilación do ADN. Aínda que WGBS ofrece información completa examinando todo o xenoma a resolución de base única, o seu elevado custo pode ser un factor limitante. RRBS mitiga estratexicamente este reto analizando de xeito selectivo unha porción representativa do xenoma. Esta metodoloxía depende do enriquecemento das rexións ricas en illa CPG mediante fenda de MSPI seguida da selección de tamaño de 200-500/600 BPS. Por conseguinte, só se secuencian as rexións proximas ás illas CPG, mentres que as que teñen illas CPG distantes están excluídas da análise. Este proceso, combinado coa secuenciación de bisulfito, permite a detección de alta resolución da metilación do ADN e o enfoque de secuenciación, PE150, céntrase específicamente nos extremos das insercións en lugar do medio, aumentando a eficiencia do perfilado de metilación. O RRBS é unha ferramenta inestimable que permite a investigación de metilación de ADN rendible e avanza o coñecemento dos mecanismos epixenéticos.
Características do servizo
● Necesita un xenoma de referencia.
● O ADN lambda úsase para controlar a eficiencia de conversión de bisulfito.
● Tamén se monitoriza a eficiencia da dixestión MSPI.
● Dixestión dobre encima para mostras de plantas.
● Secuenciación en Illumina Novaseq.
Vantaxes do servizo
●Alternativa rendible e eficiente aos WGB: habilitando a análise a realizarse a un custo máis baixo e con menores requisitos de mostra.
●Plataforma completa:Ofrece un excelente servizo de procesamento de mostras, construción de bibliotecas e secuenciación á análise de bioinformática.
●Ampla experiencia: Con proxectos de secuenciación de RRBS completados con éxito en diversas especies, BMKGene trae máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido integral e excelente soporte post-venda.
Especificacións de servizo
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Saída de datos recomendada | Control de calidade |
| MSPI dixerida e biblioteca tratada con bisulfito | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Conversión de bisulfito> 99% Eficiencia de corte MSPI> 95% |
Requisitos da mostra
| Concentración (ng/µl) | Cantidade total (µg) |
| |
| ADN xenómico | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradación ou contaminación limitada |
Fluxo de traballo de servizo
Entrega de mostra
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos despois da venda
Inclúe a seguinte análise:
● Control de calidade de secuenciación en bruto;
● Mapeo para o xenoma de referencia;
● Detección de bases metiladas de 5mc e identificación de motivos;
● Análise da distribución de metilación e comparación de mostras;
● Análise de rexións metiladas diferencialmente (DMRs);
● anotación funcional de xenes asociados a DMRs.
Control de calidade: eficiencia da dixestión (no mapeo do xenoma)
Control de calidade: conversión de bisulfito (en extracción de información de metilación)
Mapa de metilación: Distribución de 5mc de metilación en todo o xenoma
Comparación de mostras: análise de compoñentes principais
Análise de rexións metiladas de forma diferente (DMRS): Mapa de calor
Explora os avances da investigación facilitados polos servizos de secuenciación de bisulfitos do xenoma de BMKGene a través dunha colección curada de publicacións.
Li, Z. et al. (2022) "Reprogramación de alta fidelidade en células similares a Leydig mediante activación CRISPR e factores paracrinos",PNAS Nexus, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pgac179.
Tian, H. et al. (2023) 'Análise de metilación de ADN en todo o xenoma da composición corporal nos xemelgos monozigotos chineses',Revista Europea de Investigación Clínica, 53 (11), p. E14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'Metilación do ADN e relación cintura-cadeira: un estudo de asociación en todo o epigenoma en xemelgos monozigotos chineses',Revista de investigación endocrinolóxica, 45 (12), pp. 2365–2376. doi: 10.1007/s40618-022-01878-4.
