-
Secuenciación de ARN de núcleo único
O desenvolvemento de técnicas de captura unicélula e de construción de bibliotecas personalizadas, xunto coa secuenciación de alto rendemento, revolucionou os estudos de expresión xénica a nivel celular. Este avance permite unha análise máis profunda e completa das poboacións celulares complexas, superando as limitacións asociadas coa expresión media dos xenes en todas as células e preservando a verdadeira heteroxeneidade dentro destas poboacións. Aínda que a secuenciación de ARN unicelular (scRNA-seq) ten vantaxes innegables, atópase con retos en certos tecidos nos que a creación dunha suspensión unicelular resulta difícil e require mostras novas. En BMKGene, abordamos este obstáculo ofrecendo a secuenciación de ARN dun só núcleo (snRNA-seq) utilizando a tecnoloxía 10X Genomics Chromium de última xeración. Este enfoque amplía o espectro de mostras susceptibles de análise de transcriptoma a nivel de célula única.
O illamento dos núcleos realízase a través do innovador chip 10X Genomics Chromium, que presenta un sistema de microfluídica de oito canles con dobres cruzamentos. Dentro deste sistema, as perlas de xel que incorporan códigos de barras, cebadores, encimas e un só núcleo están encapsuladas en gotas de aceite do tamaño dun nanolitro, formando Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Despois da formación do GEM, a lise celular e a liberación do código de barras ocorren dentro de cada GEM. Posteriormente, as moléculas de ARNm pasan a transcrición inversa en cDNA, incorporando códigos de barras 10X e identificadores moleculares únicos (UMI). Estes ADNc son entón sometidos á construción de bibliotecas de secuenciación estándar, o que facilita unha exploración robusta e completa dos perfís de expresión xénica a nivel unicelular.
Plataforma: plataforma 10× Genomics Chromium e Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
A transcriptómica espacial é unha tecnoloxía de vangarda que permite aos investigadores investigar patróns de expresión xénica dentro dos tecidos preservando o seu contexto espacial. Unha plataforma poderosa neste dominio é 10x Genomics Visium xunto coa secuenciación Illumina. O principio de 10X Visium reside nun chip especializado cunha zona de captura designada onde se colocan seccións de tecido. Esta área de captura contén puntos con código de barras, cada un correspondente a unha localización espacial única dentro do tecido. As moléculas de ARN capturadas do tecido son entón etiquetadas con identificadores moleculares únicos (UMI) durante o proceso de transcrición inversa. Estes puntos de código de barras e UMI permiten un mapeo espacial preciso e a cuantificación da expresión xénica cunha resolución unicélula. A combinación de mostras con código de barras espacial e UMI garante a precisión e especificidade dos datos xerados. Ao usar esta tecnoloxía de transcriptómica espacial, os investigadores poden obter unha comprensión máis profunda da organización espacial das células e das complexas interaccións moleculares que ocorren nos tecidos, ofrecendo información inestimable sobre os mecanismos subxacentes aos procesos biolóxicos en múltiples campos, incluíndo a oncoloxía, a neurociencia, a bioloxía do desenvolvemento e a inmunoloxía. , e estudos botánicos.
Plataforma: 10X Genomics Visium e Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de ARNm de lonxitude completa-Nanopore
Aínda que a secuenciación de ARNm baseada en NGS é unha ferramenta versátil para cuantificar a expresión xénica, a súa dependencia de lecturas curtas restrinxe a súa eficacia nas análises transcriptómicas complexas. Por outra banda, a secuenciación de nanoporos emprega tecnoloxía de lectura longa, que permite a secuenciación de transcricións de ARNm de lonxitude completa. Este enfoque facilita unha exploración integral do empalme alternativo, as fusións de xenes, a poliadenilación e a cuantificación de isoformas de ARNm.
A secuenciación de nanoporos, un método que se basea en sinais eléctricos en tempo real dunha soa molécula de nanoporos, proporciona resultados en tempo real. Guiado por proteínas motoras, o ADN de dobre cadea únese a proteínas de nanoporos incrustadas nunha biopelícula, desenrolando ao atravesar a canle de nanoporos baixo unha diferenza de voltaxe. Os distintivos sinais eléctricos xerados por diferentes bases na cadea de ADN son detectados e clasificados en tempo real, facilitando a secuenciación de nucleótidos precisa e continua. Este enfoque innovador supera as limitacións de lectura curta e proporciona unha plataforma dinámica para análises xenómicas complexas, incluíndo estudos transcriptómicos complexos, con resultados inmediatos.
Plataforma: Nanopore PromethION 48
-
Secuenciación de ARNm de lonxitude completa -PacBio
Aínda que a secuenciación de ARNm baseada en NGS é unha ferramenta versátil para cuantificar a expresión xénica, a súa dependencia de lecturas curtas restrinxe o seu uso en análises transcriptómicas complexas. Por outra banda, a secuenciación PacBio (Iso-Seq) emprega tecnoloxía de lectura longa, que permite a secuenciación de transcricións de ARNm de lonxitude total. Este enfoque facilita unha exploración integral do empalme alternativo, as fusións de xenes e a poliadenilación. Non obstante, hai outras opcións para a cuantificación da expresión xénica debido á gran cantidade de datos necesarios. A tecnoloxía de secuenciación PacBio depende da secuenciación en tempo real dunha soa molécula (SMRT), proporcionando unha vantaxe distinta na captura de transcricións de ARNm de lonxitude total. Este enfoque innovador implica o uso de guías de onda de modo cero (ZMW) e pozos microfabricados que permiten a observación en tempo real da actividade da ADN polimerase durante a secuenciación. Dentro destes ZMW, a ADN polimerase de PacBio sintetiza unha cadea complementaria de ADN, xerando lecturas longas que abarcan a totalidade das transcricións de ARNm. A operación de PacBio no modo de secuenciación de consenso circular (CCS) mellora a precisión ao secuenciar repetidamente a mesma molécula. As lecturas HiFi xeradas teñen unha precisión comparable á NGS, o que contribúe aínda máis a unha análise completa e fiable de características transcriptómicas complexas.
Plataforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Secuenciación de ARNm eucariotas-NGS
A secuenciación de ARNm, unha tecnoloxía versátil, permite o perfil completo de todas as transcricións de ARNm dentro das células en condicións específicas. Coas súas amplas aplicacións, esta ferramenta de vangarda revela intrincados perfís de expresión xénica, estruturas xénicas e mecanismos moleculares asociados a diversos procesos biolóxicos. Amplamente adoptada na investigación fundamental, diagnóstico clínico e desenvolvemento de fármacos, a secuenciación de ARNm ofrece información sobre as complejidades da dinámica celular e da regulación xenética, provocando curiosidade polo seu potencial en varios campos.
Plataforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Secuenciación de ARNm baseada non en referencia-NGS
A secuenciación do ARNm permite o perfil completo de todos os transcritos de ARNm dentro das células en condicións específicas. Esta tecnoloxía de vangarda serve como unha potente ferramenta, revelando perfís de expresión xénica complexos, estruturas xenéticas e mecanismos moleculares asociados a diversos procesos biolóxicos. Amplamente adoptada na investigación fundamental, diagnóstico clínico e desenvolvemento de fármacos, a secuenciación de ARNm ofrece información sobre as complejidades da dinámica celular e da regulación xenética.
Plataforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Secuenciación longa non codificante-Illumina
Os ARN longos non codificantes (ARNlnc) son máis longos que 200 nucleótidos que posúen un potencial de codificación mínimo e son elementos fundamentais dentro do ARN non codificante. Atopados no núcleo e no citoplasma, estes ARN desempeñan un papel crucial na regulación epixenética, transcripcional e post-transcripcional, o que subliña a súa importancia na configuración dos procesos celulares e moleculares. A secuenciación do LncRNA é unha poderosa ferramenta na diferenciación celular, ontoxénese e enfermidades humanas.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de ARN pequeno-Illumina
As moléculas de ARN pequenos (ARNs) inclúen microARN (miRNAs), pequenos ARN interferentes (siRNAs) e ARNs que interactúan con piwi (piRNAs). Entre estes, os miARN, duns 18-25 nucleótidos de lonxitude, destacan especialmente polas súas funcións reguladoras fundamentais en varios procesos celulares. Con patróns de expresión específicos do tecido e do estadio, os miARN presentan unha alta conservación en diferentes especies.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de CircRNA-Illumina
A secuenciación de ARN circular (circRNA-seq) consiste en perfilar e analizar ARN circulares, unha clase de moléculas de ARN que forman bucles pechados debido a eventos de empalme non canónicos, proporcionando a este ARN unha maior estabilidade. Aínda que se demostrou que algúns circRNA actúan como esponxas de microARN, secuestrando os microARN e impedindo que regulen os seus ARNm obxectivo, outros circRNA poden interactuar coas proteínas, modular a expresión xénica ou ter funcións nos procesos celulares. A análise da expresión do circRNA proporciona información sobre os papeis reguladores destas moléculas e a súa importancia en diversos procesos celulares, etapas de desenvolvemento e condicións de enfermidade, contribuíndo a unha comprensión máis profunda da complexidade da regulación do ARN no contexto da expresión xénica.
-
Secuenciación de transcriptomas completos - Illumina
A secuenciación de transcriptomas completos ofrece un enfoque completo para perfilar diversas moléculas de ARN, que abarca ARN codificantes (ARNm) e non codificantes (ARNlnc, circRNA e miARN). Esta técnica captura todo o transcriptoma de células específicas nun momento dado, o que permite unha comprensión holística dos procesos celulares. Tamén coñecido como "secuenciación de ARN total", ten como obxectivo revelar redes reguladoras intrincadas a nivel de transcriptoma, que permiten análises en profundidade como o ARN endóxeno competidor (ARNce) e a análise conxunta de ARN. Isto marca o paso inicial cara á caracterización funcional, particularmente no desenredo das redes reguladoras que implican interaccións de ceRNA baseadas en circRNA-miRNA-mRNA.
