-
Xenómica comparada
A xenómica comparada implica o exame e comparación de secuencias e estruturas xenómicas completas entre diferentes especies. Este campo busca dar a coñecer a evolución das especies, decodificar as funcións dos xenes e dilucidar os mecanismos reguladores xenéticos mediante a identificación de estruturas e elementos de secuencias conservadas ou diverxentes en varios organismos. Un estudo exhaustivo de xenómica comparativa abarca análises como as familias de xenes, o desenvolvemento evolutivo, os eventos de duplicación do xenoma completo e o impacto das presións selectivas.
-
Xenética evolutiva
A plataforma de análise xenética poboacional e evolutiva establécese sobre a base da enorme experiencia acumulada no equipo de I+D de BMK durante anos. É unha ferramenta fácil de usar especialmente para investigadores que non se especializan en bioinformática. Esta plataforma permite análises básicas relacionadas coa xenética evolutiva básica, incluíndo construción de árbores filoxenéticas, análise de desequilibrio de enlaces, avaliación da diversidade xenética, análise de varrido selectivo, análise de parentesco, PCA, análise da estrutura da poboación, etc.
-
Ensamblaxe do xenoma baseado en Hi-C
Hi-C é un método deseñado para capturar a configuración cromosómica combinando interaccións baseadas na sondaxe de proximidade e secuenciación de alto rendemento. Crese que a intensidade destas interaccións está correlacionada negativamente coa distancia física nos cromosomas. Polo tanto, os datos Hi-C úsanse para guiar a agrupación, ordenación e orientación de secuencias ensambladas nun xenoma borrador e ancoralas nun determinado número de cromosomas. Esta tecnoloxía potencia un conxunto de xenomas a nivel cromosómico en ausencia dun mapa xenético baseado na poboación. Cada xenoma necesita un Hi-C.
-
Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
De NovoA secuenciación refírese á construción do xenoma completo dunha especie mediante tecnoloxías de secuenciación en ausencia dun xenoma de referencia. A introdución e adopción xeneralizada da secuenciación de terceira xeración, con lecturas máis longas, melloraron significativamente a ensamblaxe do xenoma ao aumentar a superposición entre as lecturas. Esta mellora é particularmente pertinente cando se trata de xenomas desafiantes, como aqueles que presentan alta heterocigosidade, unha alta proporción de rexións repetitivas, poliploides e rexións con elementos repetitivos, contidos anormais de GC ou alta complexidade que normalmente están mal ensamblados usando secuencias de lectura curta. só.
A nosa solución integral ofrece servizos de secuenciación integrados e análises bioinformáticas que ofrecen un xenoma ensamblado de novo de alta calidade. Unha enquisa do xenoma inicial con Illumina proporciona estimacións do tamaño e da complexidade do xenoma, e esta información úsase para guiar o seguinte paso da secuenciación de lectura longa con PacBio HiFi, seguido dede novomontaxe de contigs. O uso posterior do ensamblaxe HiC permite ancorar os contigs ao xenoma, obtendo un ensamblaxe a nivel cromosómico. Finalmente, o xenoma é anotado mediante a predición de xenes e a secuenciación de xenes expresados, recorrendo a transcriptomas con lecturas curtas e longas.
-
Secuenciación do exoma total humano
A secuenciación do exoma humano enteiro (hWES) é amplamente recoñecida como un enfoque de secuenciación potente e rendible para identificar mutacións que causan enfermidades. A pesar de constituír só un 1,7% de todo o xenoma, os exóns xogan un papel crucial ao reflectir directamente o perfil das funcións das proteínas totais. Notablemente, no xenoma humano, máis do 85% das mutacións relacionadas con enfermidades maniféstanse nas rexións codificantes de proteínas. BMKGENE ofrece un servizo completo e flexible de secuenciación de exomas humanos completos con dúas estratexias de captura de exóns diferentes dispoñibles para cumprir varios obxectivos de investigación.
-
Secuenciación de fragmentos amplificados de locus específicos (SLAF-Seq)
O xenotipado de alto rendemento, especialmente en poboacións a gran escala, é un paso fundamental nos estudos de asociación xenética e proporciona unha base xenética para o descubrimento de xenes funcionais, a análise evolutiva, etc. En lugar dunha re-secuenciación profunda do xenoma completo,Secuenciación do xenoma de representación reducida (RRGS)úsase a miúdo nestes estudos para minimizar o custo de secuenciación por mostra mantendo unha eficiencia razoable no descubrimento de marcadores xenéticos. RRGS conségueo dixerindo o ADN con encimas de restrición e centrándose nun intervalo de tamaño de fragmento específico, secuenciando así só unha fracción do xenoma. Entre as diversas metodoloxías RRGS, a secuenciación de fragmentos amplificados por locus específicos (SLAF) é un enfoque personalizable e de alta calidade. Este método, desenvolvido de forma independente por BMKGene, optimiza o conxunto de encimas de restrición para cada proxecto. Isto garante a xeración dun número substancial de etiquetas SLAF (rexións de 400-500 bps do xenoma que se está a secuenciar) que se distribúen uniformemente polo xenoma, evitando de xeito efectivo as rexións repetitivas, asegurando así o mellor descubrimento de marcadores xenéticos.
-
Bibliotecas prefabricadas de Illumina
A tecnoloxía de secuenciación de Illumina, baseada na secuenciación por síntese (SBS), é unha innovación de NGS adoptada a nivel mundial, responsable de xerar máis do 90% dos datos de secuenciación do mundo. O principio de SBS implica a obtención de imaxes de terminadores reversibles marcados con fluorescencia a medida que se engade cada dNTP, e posteriormente escindida para permitir a incorporación da seguinte base. Cos catro dNTP reversibles unidos ao terminador presentes en cada ciclo de secuenciación, a competencia natural minimiza o sesgo de incorporación. Esta tecnoloxía versátil admite bibliotecas de lectura única e de pares, atendendo a unha variedade de aplicacións xenómicas. As capacidades de alto rendemento e a precisión da secuenciación de Illumina sitúana como pedra angular na investigación xenómica, o que permite aos científicos desentrañar as complejidades dos xenomas cun detalle e unha eficiencia inigualables.
O noso servizo de secuenciación de bibliotecas prefabricados permite aos clientes preparar bibliotecas de secuenciación de diversas fontes (ARNm, xenoma completo, amplicón, bibliotecas 10x, entre outras). Posteriormente, estas bibliotecas pódense enviar aos nosos centros de secuenciación para o control de calidade e a secuenciación nas plataformas Illumina.
