-
Secuenciación metaxenómica -NGS
Un metaxenoma é unha colección do material xenético total dunha comunidade mixta de organismos, como os metaxenomas ambientais e humanos. Contén xenomas de microorganismos cultivables e non cultivables. A secuenciación metaxenómica de escopeta con NGS permite o estudo destas paisaxes xenómicas intrincadas incrustadas en mostras ambientais proporcionando algo máis que un perfís taxonómicos, proporcionando tamén información granular sobre a diversidade de especies, a dinámica da abundancia e as estruturas poboacionais complexas. Ademais dos estudos taxonómicos, a metaxenómica de escopetas tamén ofrece unha perspectiva da xenómica funcional, que permite a exploración de xenes codificados e os seus papeis putativos nos procesos ecolóxicos. Finalmente, o establecemento de redes de correlación entre elementos xenéticos e factores ambientais contribúe a unha comprensión holística da intrincada interacción entre as comunidades microbianas e os seus antecedentes ecolóxicos. En conclusión, a secuenciación metaxenómica eríxese como un instrumento fundamental para desvelar as complejidades xenómicas de diversas comunidades microbianas, iluminando as relacións multifacéticas entre a xenética e a ecoloxía dentro destes ecosistemas complexos.
Plataformas: Illumina NovaSeq e DNBSEQ-T7
-
Secuenciación metagenómica-TGS
Un metaxenoma é unha colección de material xenético dunha comunidade mixta de organismos, como os metaxenomas ambientais e humanos. Contén xenomas de microorganismos cultivables e non cultivables. A secuenciación metaxenómica permite o estudo destas intrincadas paisaxes xenómicas incrustadas en mostras ecolóxicas proporcionando algo máis que un perfil taxonómico. Tamén ofrece unha perspectiva da xenómica funcional explorando os xenes codificados e os seus papeis putativos nos procesos ambientais. Aínda que os enfoques tradicionais de escopeta con secuenciación Illumina foron amplamente utilizados nos estudos metaxenómicos, a chegada da secuenciación de lectura longa de Nanopore e PacBio cambiou o campo. A tecnoloxía Nanopore e PacBio melloran as análises bioinformáticas posteriores, especialmente a ensamblaxe do metaxenoma, garantindo montaxes máis continuas. Os informes indican que a metaxenómica baseada en Nanopore e PacBio xeraron con éxito xenomas bacterianos completos e pechados a partir de microbiomas complexos (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). A integración das lecturas de Nanopore coas lecturas de Illumina proporciona un enfoque estratéxico para a corrección de erros, mitigando a baixa precisión inherente de Nanopore. Esta combinación sinérxica aproveita os puntos fortes de cada plataforma de secuenciación, ofrecendo unha solución robusta para superar as limitacións potenciais e avanzar na precisión e fiabilidade das análises metaxenómicas.
Plataforma: Nanopore PromethION 48, Illumia e PacBio Revio
-
Secuenciación de bisulfito do xenoma completo (WGBS)
A secuenciación de bisulfito do xenoma completo (WGBS) é a metodoloxía estándar de ouro para a exploración en profundidade da metilación do ADN, concretamente a quinta posición na citosina (5-mC), un regulador fundamental da expresión xénica e da actividade celular. O principio subxacente ao WGBS implica o tratamento con bisulfito, que induce a conversión de citosinas non metiladas en uracilo (C a U), mentres deixan as citosinas metiladas sen cambios. Esta técnica ofrece unha resolución de base única, o que permite aos investigadores investigar exhaustivamente o metiloma e descubrir patróns anormais de metilación asociados a varias condicións, especialmente o cancro. Ao empregar WGBS, os científicos poden obter coñecementos incomparables sobre as paisaxes de metilación de todo o xenoma, proporcionando unha comprensión matizada dos mecanismos epixenéticos que subxacen a diversos procesos biolóxicos e enfermidades.
-
Ensaio de cromatina accesible á transposase con secuenciación de alto rendemento (ATAC-seq)
ATAC-seq é unha técnica de secuenciación de alto rendemento que se usa para a análise da accesibilidade da cromatina en todo o xenoma. O seu uso proporciona unha comprensión máis profunda dos complexos mecanismos de control epixenético global sobre a expresión xénica. O método usa unha transposase Tn5 hiperactiva para fragmentar e marcar simultáneamente rexións abertas de cromatina mediante a inserción de adaptadores de secuenciación. A posterior amplificación da PCR dá como resultado a creación dunha biblioteca de secuenciación, que permite a identificación completa de rexións abertas de cromatina baixo condicións espazo-temporais específicas. ATAC-seq ofrece unha visión holística das paisaxes de cromatina accesibles, a diferenza dos métodos que se centran unicamente en sitios de unión de factores de transcrición ou rexións específicas modificadas por histonas. Ao secuenciar estas rexións abertas de cromatina, ATAC-seq revela rexións máis propensas a secuencias reguladoras activas e sitios potenciais de unión do factor de transcrición, o que ofrece información valiosa sobre a modulación dinámica da expresión xénica a través do xenoma.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Os xenes de ARNr 16S e 18S, xunto coa rexión Internal Transcribed Spacer (ITS), serven como marcadores de pegadas moleculares fundamentais debido á súa combinación de rexións altamente conservadas e hipervariables, o que os converte en ferramentas inestimables para caracterizar organismos procariotas e eucariotas. A amplificación e secuenciación destas rexións ofrecen un enfoque libre de illamento para investigar a composición e diversidade microbiana en varios ecosistemas. Aínda que a secuenciación de Illumina adoita dirixirse a rexións hipervariables curtas como V3-V4 de 16S e ITS1, demostrouse que se pode conseguir unha anotación taxonómica superior secuenciando a lonxitude total de 16S, 18S e ITS. Este enfoque integral dá lugar a maiores porcentaxes de secuencias clasificadas con precisión, conseguindo un nivel de resolución que se estende á identificación de especies. A plataforma de secuenciación en tempo real de moléculas únicas (SMRT) de PacBio destaca por ofrecer lecturas longas (HiFi) moi precisas que cobren os amplicóns de lonxitude total, rivalizando coa precisión da secuenciación de Illumina. Esta capacidade permite aos investigadores acadar unha vantaxe inigualable: unha visión panorámica da paisaxe xenética. A cobertura estendida eleva significativamente a resolución na anotación de especies, especialmente dentro das comunidades bacterianas ou fúngicas, o que permite unha comprensión máis profunda das complejidades das poboacións microbianas.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
A secuenciación de amplicóns coa tecnoloxía Illumina, dirixida específicamente aos marcadores xenéticos 16S, 18S e ITS, é un método poderoso para descubrir a filoxenia, a taxonomía e a abundancia de especies dentro das comunidades microbianas. Este enfoque implica a secuenciación das rexións hipervariables dos marcadores xenéticos domésticos. Orixinalmente introducido como unha pegada dixital molecular porWoeses et alen 1977, esta técnica revolucionou o perfil do microbioma ao permitir análises sen illamento. A través da secuenciación de 16S (bacterias), 18S (fungos) e Internal Transcrited Spacer (ITS, fungos), os investigadores poden identificar non só especies abundantes senón tamén raras e non identificadas. Amplamente adoptada como unha ferramenta fundamental, a secuenciación de amplicóns converteuse en fundamental para discernir composicións microbianas diferenciais en diversos ambientes, incluíndo a boca humana, os intestinos, as feces e máis aló.
-
Re-secuenciación do xenoma total de bacterias e fungos
Os proxectos de resecuenciación do xenoma completo de bacterias e fungos son fundamentais para avanzar na xenómica microbiana ao permitir a realización e a comparación de xenomas microbianos. Isto facilita a enxeñaría de fermentación, a optimización dos procesos industriais e a exploración das vías secundarias do metabolismo. Ademais, a re-secuenciación de fungos e bacterias é fundamental para comprender a adaptación ambiental, optimizar as cepas e revelar a dinámica da evolución xenética, con amplas implicacións na medicina, a agricultura e a ciencia ambiental.
-
PacBio-Secuenciación de amplicones 16S/18S/ITS de lonxitude completa
A plataforma Amplicon (16S/18S/ITS) desenvólvese con anos de experiencia na análise de proxectos de diversidade microbiana, que contén análise básica estandarizada e análise personalizada: a análise básica abrangue o contido da análise principal da investigación microbiana actual, o contido da análise é rico e completo, e os resultados da análise preséntanse en forma de informes de proxectos; O contido da análise personalizada é diverso. As mostras pódense seleccionar e os parámetros pódense establecer de forma flexible segundo o informe de análise básico e o propósito da investigación, para realizar requisitos personalizados. Sistema operativo Windows, sinxelo e rápido.
-
PacBio-Full-length Transcriptome (non referencia)
Tomando datos de secuenciación de isoformas de Pacific Biosciences (PacBio) como entrada, esta aplicación é capaz de identificar secuencias de transcrición completa (sen montaxe). Ao mapear secuencias de lonxitude completa contra o xenoma de referencia, as transcricións pódense optimizar mediante xenes coñecidos, transcricións, rexións codificantes, etc. Neste caso, pódese conseguir unha identificación máis precisa das estruturas do ARNm, como splicing alternativo, etc. A análise conxunta cos datos de secuenciación do transcriptoma de NGS permite unha anotación máis completa e unha cuantificación máis precisa da expresión a nivel de transcrición, o que beneficia en gran medida á expresión diferencial e á análise funcional posterior.
-
Secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS)
A secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS) xurdiu como unha alternativa rendible e eficiente á secuenciación de bisulfito de xenoma completo (WGBS) na investigación da metilación do ADN. Aínda que WGBS ofrece unha visión completa examinando todo o xenoma cunha única resolución de base, o seu alto custo pode ser un factor limitante. RRBS mitiga este desafío estratexicamente analizando selectivamente unha porción representativa do xenoma. Esta metodoloxía baséase no enriquecemento das rexións ricas en illas CpG mediante a clivaxe de MspI seguida da selección do tamaño de fragmentos de 200-500/600 bps. En consecuencia, só se secuencian as rexións próximas ás illas CpG, mentres que aquelas con illas CpG distantes quedan excluídas da análise. Este proceso, combinado coa secuenciación de bisulfito, permite a detección de alta resolución da metilación do ADN, e o enfoque de secuenciación, PE150, céntrase especificamente nos extremos das insercións en lugar do medio, aumentando a eficiencia do perfil de metilación. O RRBS é unha ferramenta inestimable que permite a investigación de metilación do ADN rendible e avanza no coñecemento dos mecanismos epixenéticos.
-
Secuenciación de ARN procariota
A secuenciación de ARN permite o perfil completo de todos os transcritos de ARN dentro das células en condicións específicas. Esta tecnoloxía de vangarda serve como unha potente ferramenta, revelando perfís de expresión xénica complexos, estruturas xenéticas e mecanismos moleculares asociados a diversos procesos biolóxicos. Amplamente adoptada na investigación fundamental, diagnóstico clínico e desenvolvemento de fármacos, a secuenciación de ARN ofrece información sobre as complejidades da dinámica celular e da regulación xenética. O noso procesamento de mostras de ARN procariota está adaptado para transcriptomas procariotas, que implica o esgotamento do ARNr e a preparación de bibliotecas direccionais.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de metatranscriptomas
Aproveitando a tecnoloxía de secuenciación de Illumina, o servizo de secuenciación de metatranscriptoma de BMKGENE revela a expresión xenética dinámica dunha gran variedade de microbios, que abarca eucariotas ata procariotas e virus, dentro de ambientes naturais como o chan, a auga, o mar, as feces e o intestino. O noso servizo integral permite aos investigadores afondar nos perfís completos de expresión xénica das comunidades microbianas complexas. Ademais da análise taxonómica, o noso servizo de secuenciación de metatranscriptoma facilita a exploración do enriquecemento funcional, arroxando luz sobre os xenes expresados de forma diferencial e os seus papeis. Descubra unha gran cantidade de coñecementos biolóxicos mentres navega polas complexas paisaxes da expresión xénica, a diversidade taxonómica e as dinámicas funcionais dentro destes diversos nichos ambientais.
-
Asemblea do xenoma de fungos de novo
BMKGENE ofrece solucións versátiles para os xenomas de fungos, atendendo a diversas necesidades de investigación e a integridade do xenoma desexado. Utilizar só a secuenciación de Illumina de lectura curta permite a xeración dun xenoma borrador. As lecturas curtas e a secuenciación de lecturas longas mediante Nanopore ou Pacbio combínanse para obter un xenoma de fungos máis refinado con contigs máis longos. Ademais, a integración da secuenciación Hi-C mellora aínda máis as capacidades, permitindo a obtención dun xenoma completo a nivel cromosómico.
