-
Interacción cromatina baseada en Hi-C
Hi-C é un método deseñado para capturar a configuración xenómica combinando interaccións de sondaxe baseadas na proximidade e secuenciación de alto rendemento. O método baséase na reticulación da cromatina con formaldehido, seguido da dixestión e religadura de forma que só os fragmentos que están ligados covalentemente forman produtos de ligadura. Mediante a secuenciación destes produtos de ligadura, é posible estudar a organización 3D do xenoma. Hi-C permite estudar a distribución das porcións do xenoma que están lixeiramente empaquetadas (compartimentos A, eucromatina) e con máis probabilidade de ser transcripcionalmente activas, e as rexións que están máis compactas (compartimentos B, heterocromatina). Hi-C tamén se pode usar para identificar Dominios Asociados Topoloxicamente (TAD), rexións do xenoma que teñen estruturas pregadas e probablemente teñan patróns de expresión similares, e para identificar bucles de cromatina, rexións de ADN que están ancoradas entre si por proteínas e que son moitas veces enriquecido en elementos normativos. O servizo de secuenciación Hi-C de BMKGene capacita aos investigadores para explorar as dimensións espaciais da xenómica, abrindo novas vías para comprender a regulación do xenoma e as súas implicacións na saúde e na enfermidade.
-
Secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq)
A inmunoprecipitación da cromatina (CHIP) é unha técnica que aproveita os anticorpos para enriquecer selectivamente as proteínas de unión ao ADN e as súas correspondentes dianas xenómicas. A súa integración con NGS permite o perfil de todo o xenoma de dianas de ADN asociadas á modificación de histonas, factores de transcrición e outras proteínas de unión ao ADN. Este enfoque dinámico permite comparacións de sitios de unión en diversos tipos de células, tecidos ou condicións. As aplicacións de ChIP-Seq abarcan desde o estudo da regulación transcripcional e as vías de desenvolvemento ata dilucidar os mecanismos da enfermidade, converténdoo nunha ferramenta indispensable para comprender as paisaxes de regulación xenómica e avanzar no coñecemento terapéutico.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Secuenciación de bisulfito do xenoma completo (WGBS)
A secuenciación de bisulfito do xenoma completo (WGBS) é a metodoloxía estándar de ouro para a exploración en profundidade da metilación do ADN, concretamente a quinta posición na citosina (5-mC), un regulador fundamental da expresión xénica e da actividade celular. O principio subxacente ao WGBS implica o tratamento con bisulfito, que induce a conversión de citosinas non metiladas en uracilo (C a U), mentres deixan as citosinas metiladas sen cambios. Esta técnica ofrece unha resolución de base única, o que permite aos investigadores investigar exhaustivamente o metiloma e descubrir patróns anormais de metilación asociados a varias condicións, especialmente o cancro. Ao empregar WGBS, os científicos poden obter coñecementos incomparables sobre as paisaxes de metilación de todo o xenoma, proporcionando unha comprensión matizada dos mecanismos epixenéticos que subxacen a diversos procesos biolóxicos e enfermidades.
-
Ensaio de cromatina accesible á transposase con secuenciación de alto rendemento (ATAC-seq)
ATAC-seq é unha técnica de secuenciación de alto rendemento que se usa para a análise da accesibilidade da cromatina en todo o xenoma. O seu uso proporciona unha comprensión máis profunda dos complexos mecanismos de control epixenético global sobre a expresión xénica. O método usa unha transposase Tn5 hiperactiva para fragmentar e marcar simultáneamente rexións abertas de cromatina mediante a inserción de adaptadores de secuenciación. A posterior amplificación da PCR dá como resultado a creación dunha biblioteca de secuenciación, que permite a identificación completa de rexións abertas de cromatina baixo condicións espazo-temporais específicas. ATAC-seq ofrece unha visión holística das paisaxes de cromatina accesibles, a diferenza dos métodos que se centran unicamente en sitios de unión de factores de transcrición ou rexións específicas modificadas por histonas. Ao secuenciar estas rexións abertas de cromatina, ATAC-seq revela rexións máis propensas a secuencias reguladoras activas e sitios potenciais de unión do factor de transcrición, o que ofrece información valiosa sobre a modulación dinámica da expresión xénica a través do xenoma.
-
Secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS)
A secuenciación de bisulfito de representación reducida (RRBS) xurdiu como unha alternativa rendible e eficiente á secuenciación de bisulfito de xenoma completo (WGBS) na investigación da metilación do ADN. Aínda que WGBS ofrece unha visión completa examinando todo o xenoma cunha única resolución de base, o seu alto custo pode ser un factor limitante. RRBS mitiga este desafío estratexicamente analizando selectivamente unha porción representativa do xenoma. Esta metodoloxía baséase no enriquecemento das rexións ricas en illas CpG mediante a clivaxe de MspI seguida da selección do tamaño de fragmentos de 200-500/600 bps. En consecuencia, só se secuencian as rexións próximas ás illas CpG, mentres que aquelas con illas CpG distantes quedan excluídas da análise. Este proceso, combinado coa secuenciación de bisulfito, permite a detección de alta resolución da metilación do ADN, e o enfoque de secuenciación, PE150, céntrase especificamente nos extremos das insercións en lugar do medio, aumentando a eficiencia do perfil de metilación. O RRBS é unha ferramenta inestimable que permite a investigación de metilación do ADN rendible e avanza no coñecemento dos mecanismos epixenéticos.
