Mapa de calor
A ferramenta HeatMap acepta un ficheiro de datos de matriz como entrada e permite aos usuarios filtrar, normalizar e clúster os datos. O caso de uso principal para os mapas de calor é a análise do clúster do nivel de expresión xénica entre diferentes mostras.
Anotación xénica
A ferramenta de anotación de xenes realiza anotación de xenes baseada no aliñamento de secuencias de ficheiros FASTA de entrada contra varias bases de datos.
Ferramenta básica de busca de aliñamento local (explosión)
A ferramenta Blast é unha versión integrada BMKCloud de NCBI Blast e pódese usar para realizar as mesmas funcións mediante datos cargados na conta BMKCloud.
Predición CDS_UTR
A ferramenta de predición CDS_UTR está deseñada para predecir rexións de codificación (CDS) e rexións non codificantes (UTR) en secuencias de transcrición dadas baseadas en resultados de explosión con bases de datos de proteínas coñecidas e resultados de predición ORF.
Parcela de Manhattan
A ferramenta argumental de Manhattan permite a visualización de experimentos de alta mostra e úsase habitualmente en estudos de asociación en todo o xenoma (GWAS).
Diagrama de circos
A ferramenta do diagrama de circos proporciona unha visualización eficiente de como se distribúen a característica xenómica a través do xenoma. As características comúns inclúen loci cuantitativos, SNPs, indels, variantes de número estrutural e de copia.
Enriquecemento da ontoloxía xénica (GO)
A ferramenta de enriquecemento GO proporciona análise de enriquecemento funcional. O software principal desta ferramenta é o paquete TopGo-Bioconductor, que inclúe análise de expresión diferencial, análise de enriquecemento e visualización dos resultados.
Análise de rede de co-expresión de xenes ponderada (WGCNA)
WGCNA é un método de minería de datos moi utilizado para descubrir módulos de coexpresión de xenes. É aplicable a varios conxuntos de datos de expresión, incluíndo datos de expresión xénica de microarray e NGS.
Interproscan
A ferramenta Interproscan proporciona análise e clasificación de secuencias de proteínas interpro.
GO Enriquecemento de KEGG
A ferramenta de enriquecemento GO KEGG é un deseño para xerar un histograma de enriquecemento GO, histograma de enriquecemento de KEGG e vía de enriquecemento de KEGG baseada nun conxunto de xenes proporcionado e anotación correspondente.