Secuenciación de xenomas enteiros de planta/animal
Características do servizo
● A preparación da biblioteca pode ser estándar ou sen PCR
● Dispoñible en 4 plataformas de secuenciación: Illumina NovaseQ, MGI T7, Nanopore Prometion P48 ou Pacbio Revio.
● Análise bioinformática centrada na detección de variantes: SNP, Indel, SV e CNV
Vantaxes do servizo
●Extensos coñecementos e rexistros de publicación: A experiencia acumulada na secuenciación do xenoma para máis de 1000 especies deu lugar a máis de 1000 casos publicados cun factor de impacto acumulado de máis de 5000.
●Análise bioinformática completa: Incluíndo a chamada de variación e a anotación da función.
● Soporte post-venda:O noso compromiso esténdese máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posterior a 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos un seguimento do proxecto, asistencia de solución de problemas e sesións de Q&A para abordar as consultas relacionadas cos resultados.
●Anotación completa: Empregamos varias bases de datos para anotar funcionalmente os xenes con variacións identificadas e realizar a correspondente análise de enriquecemento, proporcionando información sobre múltiples proxectos de investigación.
Especificacións de servizo
| Variantes a identificar | Estratexia de secuenciación | Profundidade recomendada |
| SNP e Indel | Illumina Novaseq PE150 ou MGI T7 | 10x |
| SV e CNV (menos precisos) | 30x | |
| SV e CNV (máis precisos) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPS, Indels, SV e CNV | Pacbio Revio | 10x |
Requisitos da mostra
| Tecido ou ácidos nucleicos extraídos | Illumina/MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Vísceras animais | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Músculo animal | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Sangue de mamíferos | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Avicultura/sangue de peixe | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Planta- folla fresca | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Células cultivadas |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insectos tecidos brandos/individuais | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| ADN extraído
| Concentración: ≥ 1 ng/ µl Cantidade: ≥ 30 ng Degradación ou contaminación limitada ou sen
| Concentración Cantidade
OD260/280
OD260/230
Degradación ou contaminación limitada ou sen
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/célula de fluxo/mostra
1.7-2.2
≥1,5 | Concentración Cantidade
OD260/280
OD260/230
Degradación ou contaminación limitada ou sen | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/célula/mostra de fluxo
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Preparación da biblioteca sen PCR: Concentración≥ 40 ng/ µl Cantidade se 500 ng | |||||
Fluxo de traballo de servizo
Entrega de mostra
Extracción de ADN
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Entrega de datos
Inclúe a seguinte análise:
- Control de calidade de datos en bruto
- Estatísticas de aliñamento ao xenoma de referencia
- Identificación da variante: SNP, Indel, SV e CNV
- Anotación funcional de variantes
Estatísticas de aliñamento ao xenoma de referencia: secuenciación da distribución de profundidade
SNP chamando entre varias mostras
Identificación de Indel: estatísticas da lonxitude de Indel na rexión do CDS e na rexión do xenoma
Distribución de variantes a través do xenoma - trama de circos
Anotación funcional de xenes con variantes identificadas - ontoloxía xénica
Chai, Q. et al. (2023) 'A Glutathione S -transferase GHTT19 determina a pigmentación de pétalos de flores mediante regulación da acumulación de antocianina en algodón', Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) "O xenoma de Hevea Brasiliensis a nivel de cromosoma proporciona novas ferramentas para a cría asistida xenómica e os valiosos loci para elevar o rendemento de caucho ', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), pp. 1058-1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) "Xenoma da Oyster da ría proporciona información sobre o impacto climático e a plasticidade adaptativa", Bioloxía de comunicacións 2021 4: 1, 4 (1), pp. 1-12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) "A análise de cambios de xenoma e metilación nas galiñas indíxenas chinesas ao longo do tempo proporciona información sobre a conservación das especies", Bioloxía de comunicacións, 5 (1), pp. 1-12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
