Pacbio Transcriptoma completo

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, permite unha identificación precisa das isoformas de transcrición, arroxando luz sobre a poliadenilación e empalme alternativos e levando a unha análise máis precisa da expresión xénica. O pipeline BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome está deseñado para analizar bibliotecas de ADNc secuenciadas en modo Circular Consensus Sequencing (CCS) e identifica secuencias Full-Length Non-Quimeric (FLNC), que despois se agrupan en transcricións non redundantes. Unha análise BUSCO posterior avalía a integridade do conxunto do transcriptoma. A partir do transcriptoma ensamblado, realízanse múltiples análises: splicing alternativo, repetición de secuencia simple (SSR), predición do lncRNA e dos xenes diana correspondentes, predición de xenes novos, análise de familias de xenes, análise de factores de transcrición e anotación funcional das transcricións.