Solución de ARNm de lonxitude completa PacBio 2+3
Características
● Deseño do estudo:
Mostra agrupada secuenciada con PacBio para identificar isoformas de transcrición
Mostras separadas (réplicas e condicións para ser probadas) secuenciadasNGS para cuantificar a expresión da transcrición
● Secuenciación PacBio en modo CCS, xerando lecturas HiFi
● Secuenciación das transcricións completas
● A análise non precisa dun xenoma de referencia; non obstante, pódese empregar
● A análise bioinformática inclúe non só a expresión a nivel de xenes e isoformas, senón tamén a análise do ARNlc, as fusións de xenes, a poliadenilación e a estrutura dos xenes.
Vantaxes
● Alta precisión: HiFi le con precisión > 99,9 % (Q30), comparable a NGS
● Análise de empalme alternativo: a secuenciación de todas as transcricións permite a identificación e caracterización de isoformas.
● Combinación de PacBio e NGS Fortalezas: permite a cuantificación da expresión a nivel de isoformas, revelando cambios que poden enmascararse ao analizar toda a expresión xénica
● Ampla experiencia: cun historial de completar máis de 1100 proxectos de transcriptoma completo de PacBio e procesar máis de 2300 mostras, o noso equipo aporta unha gran experiencia a cada proxecto.
● Soporte posvenda: o noso compromiso vaise máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para resolver calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos de mostra e entrega
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Biblioteca CCS de ARNm enriquecida con PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poli A enriquecido | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleótidos
|
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| Biblioteca Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN no xel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animais: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación de referencia limitada ou nula |
| Biblioteca PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN no xel. | Plantas: RIN≥7,5 Animais: RIN≥8,0 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación de referencia limitada ou nula |
Entrega de mostra recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda papel de aluminio)
Etiquetaxe da mostra: grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco:As mostras deben ser embaladas en bolsas e enterradas en xeo seco.
2. Tubos RNAstable: as mostras de ARN pódense secar nun tubo de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.
Inclúe a seguinte análise:
Control de calidade dos datos brutos
Análise de poliadenilación alternativa (APA)
Análise da transcrición de fusión
Análise de empalme alternativo
Análise de Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Análise de transcrición novedosa: predición de secuencias codificantes (CDS) e anotación funcional
Análise de lncRNA: predición de lncRNA e dianas
Identificación microsatélite (SSR)
Análise de transcricións expresadas diferencialmente (DET).
Análise de xenes expresados diferencialmente (DEG).
Anotación funcional de DEG e DET
Análise BUSCO
Análise de empalme alternativo
Análise de poliadenilación alternativa (APA)
Xenes expresados diferencialmente (DEG) e transcricións (análise DETs9
Redes de interacción proteína-proteína de DET e DEG
Explore os avances facilitados pola secuenciación de ARNm de lonxitude completa PacBio 2+3 de BMKGene a través dunha colección de publicacións seleccionada.
Chao, Q. et al. (2019) "A dinámica do desenvolvemento do transcriptoma do tronco de Populus", Plant Biotechnology Journal, 17 (1), pp. 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) "Cambios dinámicos no contido de ácido ascórbico durante o desenvolvemento da froita e a maduración de Actinidia latifolia (unha colleita de froitas ricas en ascorbato) e os mecanismos moleculares asociados", International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) "Predicción efectiva dos xenes da vía biosintética implicados en polifilinas bioactivas en polyphylla de París", Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) "Análise combinada de PacBio Iso-Seq e Illumina ARN-Seq dos xenes do transcriptoma e do citocromo P450 de Tuta absoluta (Meyrick)", Insectos, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'A survey of transcriptome complexity using PacBio single-molecule analysis in time real combined with Illumina RNA sequencing for a better understanding of ricinoleic acid biosynthesis in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURAS/7.
