Montaxe do xenoma T2T, xenoma sen brecha
1stDous xenomas de arroz1
Título: Asemblea e validación de dous xenomas de referencia sen fendas para o arroz Xian/Indica revela información sobre a arquitectura de centrómeros vexetais
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Publicado Tempo: 01 de xaneiro de 2021.
Instituto: Universidade Agrícola de Huazhong, China
Materiais
O. Sativa Xian/IndicaVariedades de arroz 'Zhenshan 97 (ZS97)' e 'Minghui 63 (MH63)
Estratexia de secuenciación
NGS Reads + Hifi Reads + CLR Reads + Bionano + Hi-C
Datos:
ZS97: 8,34 GB （~ 23x） HiFi Reads + 48,39 GB (~ 131X) CLR Reads + 25 GB (~ 69X) NGS + 2 Bionano Irys Cells
MH63: 37,88 GB (~ 103X) HIFI Lea + 48,97 GB (~ 132X) CLR LERS + 28 GB (~ 76X) NGS + 2 BIONANO IRYS células
Figura 1 Dous xenomas de arroz sen fendas (MH63 e ZS97)
2ndXenoma de plátano2
Título: Telómero a telómeros cromosomas sen telómero de plátano mediante secuenciación de nanoporos
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Publicado hora: 17 de abril de 2021.
Instituto: Université Paris-Saclay, Francia
Materiais
Dobre haploideMusa acuminatasppmalaccensis(Dh-pahang)
Estratexia e datos de secuenciación:
Modo HiseQ2500 PE250+ Minion/ Prometion (93 GB, ~ 200x)+ Mapa óptico (DLE-1+ BSPQ1)
Táboa 1 Comparación de conxuntos do xenoma de Musa Acuminata (DH-Pahang)
Figura 2 Comparación de arquitectura de xenomas de Musa
3rdXenoma de phaeodactylum tricornutum3
Título: Monificación do xenoma de telómero a telómero deP
Haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Tempo publicado: 04 de maio de 2021
Instituto: Universidade occidental, Canadá
Materiais
Phaeodactylum tricornutum(Colección de cultura de algas e protozoos CCAP 1055/1)
Estratexia e datos de secuenciación:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 parellas de punta de media saída NEXTSEQ 550 RUN
Figura 3 Fluxo de traballo para a montaxe do xenoma de telómero a telómeros
4thXenoma CHM13 humano4
Título: A secuencia completa dun xenoma humano
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Tempo publicado: 27 de maio de 2021
Instituto: Institutos Nacionais de Saúde (NIH), EUA
Materiais: liña celular CHM13
Estratexia e datos de secuenciación:
Secuenciación de consenso circular de 30 × Pacbio (HIFI), secuenciación de lectura ultrapor de 120 × Oxford Nanopore, secuenciación de 100 × Illumina sen PCR (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), mapas ópticos ópticos, bionano,, bionano,, e Strand-seq
Táboa 2 Comparación de conxuntos de xenoma humanos GRCH38 e T2T-CHM13
Referencia
1. ENTREGA NURK et al. A secuencia completa dun xenoma humano. BIORXIV 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Os cromosomas de plátano de Telómero-Telómero sen secuenciación de nanopore. BIORXIV 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Montaxe do xenoma de telómero a telómero de Phaeodactylum tricornutum. BIORXIV 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. A montaxe e a validación de dous xenomas de referencia libres de GAP para o arroz Xian/Indica revela ideas sobre a arquitectura de centrómeros vexetais. BIORXIV 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Tempo de publicación: xaneiro-06-2022