Nanopore Transcriptoma de lonxitude completa

A secuenciación do transcriptoma de nanoporos é un método poderoso para secuenciar ADNc de lonxitude completa, identificando e cuantificando con precisión as isoformas de transcrición. O BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline está deseñado para analizar os datos de ARN-Seq xerados na plataforma Nanopore contra un xenoma de referencia de alta calidade e ben anotado, proporcionando análise cualitativa e cuantitativa tanto a nivel xenético como de transcrición. Despois do control de calidade, obtéñense secuencias non quiméricas de lonxitude completa (FLNC) e as secuencias consenso son mapeadas ao xenoma de referencia para eliminar as transcricións redundantes. A partir deste conxunto de transcricións, cuantificase a expresión e identifícanse e anotáronse funcionalmente os xenes e as transcricións expresados ​​diferencialmente. O pipeline tamén inclúe análise de poliadenilación alternativa (APA), análise de empalme alternativo, análise de repetición de secuencia simple (SSR), predición de lncRNA e dianas correspondentes, predición de secuencias codificantes (CDS), análise de familias de xenes, análise de factores de transcrición, predición de novos xenes. e anotación funcional das transcricións.