Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Inicie sesión

Produtos

Interacción con cromatina baseada en HI-C

Interacción de cromatina baseada en Hi-C Imaxe destacada

Hi-C é un método deseñado para capturar a configuración xenómica combinando interaccións baseadas na proximidade e secuenciación de alto rendemento. O método está baseado na reticulación de cromatina con formaldehído, seguido da dixestión e a re-ligación dun xeito que só os fragmentos que están ligados covalentemente formarán produtos de ligación. Ao secuenciar estes produtos de ligación, é posible estudar a organización 3D do xenoma. HI-C permite estudar a distribución das porcións do xenoma que están lixeiramente embaladas (un compartimentos, euchromatina) e máis propensos a ser activos transcricionalmente, e as rexións máis axustadas (compartimentos B, heterocromatina). Hi-C tamén se pode usar para identificar dominios asociados topoloxicamente (TADs), rexións do xenoma que teñen estruturas dobradas e é probable que teñan patróns de expresión similares e para identificar bucles de cromatina, rexións de ADN que están ancoradas entre proteínas e que son a miúdo enriquecido en elementos reguladores. O servizo de secuenciación Hi-C de BMKGene habilita aos investigadores para explorar as dimensións espaciais da xenómica, abrindo novas vías para comprender a regulación do xenoma e as súas implicacións na saúde e as enfermidades.

Póñase en contacto connosco

Detalles do servizo

Bioinformática

Resultados de demostración

Publicacións destacadas

Características do servizo

● Secuenciación en Illumina Novaseq con PE150.

● O servizo require mostras de tecido, en lugar de ácidos nucleicos extraídos, para enlace reticulado con formaldehído e conserva as interaccións ADN-proteínas.

● O experimento Hi-C implica restrición e reparación final dos extremos pegajosos con biotina, seguido da circularización dos extremos contundentes resultantes conservando as interaccións. O ADN é entón tirado con perlas de estreptavidina e purificado para a preparación da biblioteca posterior.

Vantaxes do servizo

●Deseño de enzimas de restrición óptima: Para garantir unha alta eficiencia Hi-C en diferentes especies con pares de interacción válidos ata un 93%.

●Extensos coñecementos e rexistros de publicación:BMKGene ten unha ampla experiencia con> 2000 proxectos de secuenciación de Hi-C de 800 especies diferentes e diversas patentes. Máis de 100 casos publicados cun factor de impacto acumulativo de máis de 900.

●Equipo de bioinformática altamente cualificado:con patentes internos e dereitos de autor de software para experimentos de Hi-C e análise de datos e un software de datos de visualización autodenvolvido.

●Soporte post-venda:O noso compromiso esténdese máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posterior a 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos un seguimento do proxecto, asistencia de solución de problemas e sesións de Q&A para abordar as consultas relacionadas cos resultados.

●Anotación completa: Empregamos varias bases de datos para anotar funcionalmente os xenes con variacións identificadas e realizar a correspondente análise de enriquecemento, proporcionando información sobre múltiples proxectos de investigación.

Especificacións de servizo

Biblioteca

Estratexia de secuenciación

Saída de datos recomendada

Resolución de sinal HI-C

Biblioteca Hi-C

Illumina PE150

Loop de cromatina: 150x

Tad: 50x

Loop de cromatina: 10kb

Tad: 40kb

Requisitos de servizo

Tipo de mostra	Cantidade requirida
Tecido animal	≥2g
Sangue enteiro	≥2ml
Fungos	≥1g
Planta- tecido novo	1g/alícuota, 2-4 aliquotas recomendadas
Células cultivadas	≥1x10⁷

Anterior: Kit de ARN de plantas magnéticas intelixentes tguide

Seguinte: Bibliotecas pre-feitas DNBSEQ

Inclúe a seguinte análise:

● Datos brutos QC;

● Mapping and Hi-C Library QC: pares de interacción válidos e interacción Exponentes de decadencia (IDES);

● Perfil de interacción en todo o xenoma: análise cis/trans e mapa de interacción Hi-C;

● Análise da distribución do compartimento A/B;

● Identificación de TADs e bucles de cromatina;

● Análise diferencial sobre elementos de estrutura de cromatina 3D entre mostras e anotación funcional correspondente de xenes asociados.

Distribución de proporcións cis e trans

Mapa de calor das interaccións cromosómicas entre mostras

Distribución en todo o xenoma de compartimentos A/B

Distribución en todo o xenoma de bucles de cromatina

Visualización de TADS

Explora os avances da investigación facilitados polos servizos de secuenciación Hi-C de BMKGene a través dunha colección curada de publicacións.

Meng, T. et al. (2021) "Unha análise integrada de multiomics integrada identifica a CA2 como un obxectivo novo para o acordoma",Neuro-oncoloxía, 23 (10), pp. 1709-1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

Xu, L. et al. (2021) "Desorganización e reordenación do xenoma 3D proporcionan información sobre a patoxénese do NAFLD por Hi-C integrada, nanopor e secuenciación de ARN ',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), pp. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.