Asemblea do xenoma de fungos de novo
BMKGENE ofrece solucións versátiles para os xenomas de fungos, atendendo a diversas necesidades de investigación e a integridade do xenoma desexado. Utilizar só a secuenciación de Illumina de lectura curta permite a xeración dun xenoma borrador. As lecturas curtas e a secuenciación de lecturas longas mediante Nanopore ou Pacbio combínanse para obter un xenoma de fungos máis refinado con contigs máis longos. Ademais, a integración da secuenciación Hi-C mellora aínda máis as capacidades, permitindo a obtención dun xenoma completo a nivel cromosómico.
Características do servizo
Con tres opcións posibles para escoller dependendo do grao de integridade do xenoma desexado:
● Borrador de opción de xenoma: secuenciación de lectura curta con Illumina NovaSeq PE150.
● Opción de xenoma fino de fungos:
Enquisa de xenoma: Illumina NovaSeq PE150.
Asemblea do xenoma: PacBio Revio (lecturas HiFi) ou Nanopore PromethION 48.
● Xenoma de fungos a nivel cromosómico:
Enquisa de xenoma: Illumina NovaSeq PE150.
Asemblea do xenoma: PacBio Revio (lecturas HiFi) ou Nanopore PromethION 48.
Anclaxe contig con montaxe Hi-C.
Vantaxes do servizo
●Múltiples estratexias de secuenciación dispoñibles: Para diferentes obxectivos de investigación e requisitos de integridade do xenoma
●Fluxo de traballo completo de bioinformática:Isto inclúe a montaxe do xenoma e a predición de múltiples elementos xenómicos, a anotación funcional de xenes e o ancoraxe contig.
●Amplia experiencia: Con máis de 12.000 xenomas microbianos reunidos, aportamos máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido completo e excelente soporte posvenda.
●Soporte posvenda:O noso compromiso vai máis aló da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para resolver calquera dúbida relacionada cos resultados.
Especificacións do servizo
| Servizo | Estratexia de secuenciación | Control de calidade |
| Borrador do xenoma | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Xenoma fino | Enquisa xenómica: Illumina PE150 50 x Montaxe: PacBio HiFi 30x ou Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicelular） contig N50 ≥2Mb (ONT Unicelular) contig N50 ≥500kb (Outros) |
| Xenoma a nivel cromosómico | Enquisa xenómica: Illumina PE150 50 x Montaxe: PacBio HiFi 30x ou Nanopore 100x Montaxe Hi-C 100x | Relación de ancoraxe contig>90%
|
Requisitos do servizo
| Concentración (ng/µL) | Cantidade total (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanoporo | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1,0-3,0 |
| Ilumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Fungo unicelular: ≥3,5x1010 células
Macro fungo: ≥10 g
Fluxo de traballo do servizo
Entrega da mostra
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
Enquisa do xenoma:
- Control de calidade dos datos de secuenciación
- Estimación do xenoma: tamaño, heterocigosidade, elementos repetitivos
Asemblea do xenoma fino:
- Control de calidade de datos de secuenciación
- De novoAsemblea
- Análise de compoñentes xenómicos: predición de CDS e elementos xenómicos múltiples
- Anotación funcional con múltiples bases de datos xerais (GO, KEGG, etc.) e bases de datos avanzadas (CARD, VFDB, etc.)
Montaxe Hi-C:
- Avaliación da biblioteca Hi-C.
- Contigs ancorando agrupación, ordenación e orientación
- Avaliación da montaxe HI-C: baseada no xenoma de referencia e no mapa térmico
Enquisa do xenoma: distribución k-mer
Ensamblaxe do xenoma: anotación homóloga de xenes (base de datos NR)
Ensamblaxe do xenoma: anotación xenética funcional (GO)
Explore os avances facilitados polos servizos de montaxe de xenomas de fungos de BMKGene a través dunha colección de publicacións seleccionada.
Hao, J. et al. (2023) "Perfil ómico integrado do cogomelo medicinal Inonotus obliquus baixo condicións mergulladas",BMC Genomics, 24 (1), páxs 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURAS/3.
Lu, L. et al. (2023) "A secuenciación do xenoma revela a evolución e os mecanismos patóxenos do patóxeno da mancha ocular afiada do trigo Rhizoctonia cerealis",O diario de cultivos, 11(2), páxinas 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) "Recursos do xenoma para catro especies de Clarireedia que causan manchas de dólares en céspedes diversos",Enfermidade das plantas, 107(3), páxinas 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) "Evidencia xenética e molecular dun sistema de apareamento tetrapolar no cogomelo comestible Grifola frondosa",Revista de Fungos, 9 (10), páx. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
