Análise de ARNm eucariota (Opcións baseadas en referencia e de novo dispoñibles)
Este pipeline usa datos de ARN-seq NGS como entrada e produce resultados de múltiples análises descendentes, incluíndo pero non limitado a: secuenciar a avaliación da calidade de datos,de novoAnotación do sitio de transcrición, análise de splicing variable, análise de expresión diferencial, anotación de funcións e análise de enriquecemento.
Análise de ARN non codificante
Os ARN longos que non codifican (LNCRNA) son transcricións que non codifican con lonxitudes superiores a 200 NT e coñecen papeis na organización e regulación da cromatina. As tecnoloxías de secuenciación de alto rendemento e bioinformáticas capacitaron as nosas secuencias de comprensión de LNCRNA e a información de posicionamento para identificar LNCRNA con funcións reguladoras cruciais. Este pipeline proporciona análises de LNCRNA ademais das análises mencionadas no pipeline de análise de ARNm eucariota.
16S/18S/A súa secuenciación de amplicón
O pipeline de análise de diversidade microbiana de secuenciación de amplicon foi desenvolvido en función de anos de experiencia na análise de proxectos de diversidade microbiana. O gasoduto contén análises básicas normalizadas, que abarca o contido de análise principal da investigación microbiana actual e a análise personalizada. O informe de análise é rico e completo, coa opción de realizar unha análise persoal diversa. Ademais, as mostras e grupos pódense modificar sobre a marcha para unha personalización e control adicionais.
Análise de metagenómica de escopeta
O pipeline de análise metagenómica de escopeta usa datos NGS de materiais xenómicos mixtos extraídos de mostras ambientais. As análises incluídas proporcionan información detallada sobre a diversidade e abundancia de especies, a estrutura da poboación, a relación filoxenética, os xenes funcionais e as redes de correlación con factores ambientais.
Análise da variante NGS-WGS
A análise da variante NGS-WGS é un gasoduto integrado de detección de variantes que realiza control de calidade de datos, aliñamento de secuencias, anotación e análise de mutación xénica. O pipeline segue as mellores prácticas de GATK para a detección de SNP e Indel e usa Manta para chamadas de variante estruturais.
Estudo da asociación de xenoma (GWAS)
O gasoduto GWAS é unha análise descendente que toma os ficheiros VCF xerados anteriormente e os datos do fenotipo correspondentes para unha cohorte de individuos como entrada. Usando metodoloxías estatísticas específicas, GWAS pretende descubrir variacións de nucleótidos en todo o xenoma correlacionados con diferenzas fenotípicas. Xoga un papel crucial na exploración de xenes funcionais asociados a enfermidades humanas complexas e trazos complexos en plantas e animais.
Análise de segregación a granel (BSA)
A análise de BSA consiste en agrupar individuos con trazos fenotípicos extremos dunha poboación segregada. Comparando loci diferencial entre as mostras combinadas, este enfoque identifica rapidamente marcadores moleculares estreitamente ligados asociados a xenes diana. Amplamente usado no mapeo xenético de plantas e animais, é unha valiosa ferramenta para a cría asistida por marcadores.
Análise da xenética evolutiva
O fluxo de traballo de análise de xenética evolutiva aproveita a ampla experiencia de BMKGene en proxectos de evolución xenética e inclúe a construción de árbores filoxenética, a análise de desequilibrio de ligazón, a avaliación da diversidade xenética, a identificación selectiva do barrido, a análise de parentesco, a análise de compoñentes principais e a caracterización da estrutura de poboación.
