Xenética evolutiva
Vantaxes do servizo
Takagi et al.,O diario das plantas, 2013
●Análise bioinformática integral:permitindo a estimación da diversidade xenética, que reflicte o potencial evolutivo das especies, e revelando unha relación filoxenética fiable entre especies cunha influencia minimizada da evolución converxente e da evolución paralela.
●Análise personalizada opcional: como a estimación do tempo e da velocidade de diverxencia en función das variacións a nivel de nucleótidos e aminoácidos.
●Amplia experiencia e rexistros de publicacións: BMKGene acumula unha gran experiencia en proxectos de xenética evolutiva e poboacional durante máis de 15 anos, abranguendo miles de especies, etc. e contribuíu a máis de 1000 proxectos de alto nivel publicados en Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Equipo de bioinformática altamente cualificado e ciclo curto de análise: con gran experiencia en análise xenómica avanzada, o equipo de BMKGene ofrece análises completas cun tempo de resposta rápido.
● Soporte posvenda:O noso compromiso vai máis aló da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para resolver calquera dúbida relacionada cos resultados.
Especificacións e requisitos do servizo
| Tipo de secuenciación | Escala de poboación recomendada | Estratexia de secuenciación | Requisitos de nucleótidos |
| Secuenciación do xenoma completo | ≥ 30 individuos, con ≥ 10 individuos de cada subgrupo
| 10x | Concentración: ≥ 1 ng/µL Cantidade total ≥ 30 ng Degradación ou contaminación limitada ou nula |
| Fragmento amplificado de locus específico (SLAF) | Profundidade da etiqueta: 10x Número de etiquetas: <400 Mb: recoméndase WGS <1Gb: 100K etiquetas 1 Gb > 2 Gb: 300K etiquetas Máximo 500k etiquetas | Concentración ≥ 5 ng/µL Importe total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Xel de agarosa: degradación ou contaminación nula ou limitada
|
Fluxo de traballo do servizo
Deseño de experimentos
Entrega da mostra
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda
O servizo inclúe análise da estrutura da poboación (árbore filoxenética, PCA, gráfica de estratificación da poboación), diversidade poboacional e selección de poboación (desequilibrio de enlace, selección selectiva de varrido de sitios vantaxosos). O servizo tamén pode incluír análises personalizadas (por exemplo, tempo de diverxencia, fluxo xenético).
*Os resultados de demostración que se mostran aquí son todos de xenomas publicados con BMKGENE
1.A análise da evolución contén a construción da árbore filoxenética, a estrutura da poboación e a PCA baseada en variacións xenéticas.
A árbore filoxenética representa relacións taxonómicas e evolutivas entre especies cun antepasado común.
A PCA ten como obxectivo visualizar a proximidade entre subpoboacións.
A estrutura da poboación mostra a presenza de subpoboacións xeneticamente distintas en termos de frecuencias alelosas.
Chen, et. al.,PNAS, 2020
2.Varrido selectivo
O varrido selectivo refírese a un proceso polo cal se selecciona un sitio vantaxoso e aumentan as frecuencias de sitios neutros vinculados e diminúen as dos sitios sen vincular, o que resulta na redución do rexional.
A detección de todo o xenoma en rexións de varrido selectivo procédese calculando o índice xenético da poboación (π，Fst, D de Tajima) de todos os SNP dentro dunha xanela deslizante (100 Kb) nun determinado paso (10 Kb).
Diversidade de nucleótidos (π)
Tajima D
Índice de fixación (Fst)
Wu, et. al.,Planta Molecular, 2018
3. Fluxo xenético
Wu, et. al.,Planta Molecular, 2018
4.Historia demográfica
Zhang, et. al.,Natureza Ecoloxía e Evolución, 2021
5.Tempo de diverxencia
Zhang, et. al.,Natureza Ecoloxía e Evolución, 2021
Explore os avances facilitados polos servizos de xenética evolutiva de BMKGene a través dunha colección de publicacións seleccionada:
Hassanyar, AK et al. (2023) "Descubrimento de marcadores moleculares SNP e xenes candidatos asociados á resistencia ao virus Sacbrood en larvas de Apis cerana cerana mediante a secuenciación de todo o xenoma",Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) "O descubrimento dunha salamandra xigante chinesa salvaxe e xeneticamente pura crea novas oportunidades de conservación".Investigación Zoolóxica, 2022, Vol. 43, número 3, páxinas: 469-480, 43(3), páxinas 469-480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) "Patrón filoxeográfico e historia da evolución da poboación de Elymus sibiricus L. indíxena na meseta Qinghai-Tibetan",Fronteiras na Ciencia Vexetal, 13, páx. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) "Insights xenómicos sobre a evolución dos longans a partir dun conxunto de xenomas a nivel de cromosomas e xenómica de poboacións de accesos de longans",Investigación en Horticultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
