Secuenciación de ARNm eucariotas-NGS
Características
● Captura de ARNm poli antes da preparación da biblioteca
● Preparación opcional da biblioteca de ARNm direccional para permitir a obtención de datos de secuenciación específicos da cadea
● Análise bioinformática da expresión xénica e da estrutura da transcrición
Vantaxes
●Amplia experiencia: O noso equipo procesou máis de 600.000 mostras en BMKgene, que abarcan diversos tipos de mostras, como cultivos celulares, tecidos e fluídos corporais. Aportamos unha gran experiencia a cada proxecto e completamos con éxito máis de 100.000 proxectos de mRNA-Seq en varios dominios de investigación.
●Control de Calidade Riguroso: Implementamos puntos de control básicos en todas as etapas, desde a preparación de mostras e bibliotecas ata a secuenciación e a bioinformática. Este seguimento minucioso garante a entrega de resultados de alta calidade constantemente, garantindo que o seu proxecto está en mans fiables.
●Anotación Integral: Usamos varias bases de datos para anotar funcionalmente os xenes expresados de forma diferencial (DEG) e realizar as correspondentes análises de enriquecemento. Este enfoque integral proporciona información sobre os procesos celulares e moleculares subxacentes á resposta do transcriptoma, garantindo que estea plenamente informado sobre os resultados do seu proxecto.
●Soporte posvenda: O noso compromiso vai máis aló da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para resolver calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos de mostra e entrega
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Poli A enriquecido | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Requisitos de mostra:
Nucleótidos:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade | |
| Biblioteca estándar | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN no xel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animais: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación de referencia limitada ou nula |
| Biblioteca Direccional | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN no xel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animais: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación de referencia limitada ou nula |
● Plantas:
Raíz, talo ou pétalo: 450 mg
Folla ou semente: 300 mg
Froita: 1,2 g
●Animal:
Corazón ou Intestino: 300 mg
Vísceras ou cerebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Ósos, cabelo ou pel: 1 g
● Artrópodos:
Insectos: 6 g
Crustáceos: 300 mg
● Sangue enteiro: 1 tubo
● Células: 106 células
Entrega de mostra recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda papel de aluminio)
Etiquetaxe da mostra: grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3....
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben ser embaladas en bolsas e enterradas en xeo seco.
2. Tubos de mesa de ARN: as mostras de ARN pódense secar nun tubo de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
Deseño de experimentos
Entrega da mostra
extracción de ARN
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda
Bioinformática
Eucariota Fluxo de traballo de análise de secuenciación de ARNm
Bioinformática
ØControl de calidade dos datos brutos
ØAliñación do xenoma de referencia
ØAnálise da estrutura da transcrición
ØCuantificación de expresións
ØAnálise da expresión diferencial
ØAnotación e enriquecemento de funcións
Aliñamento do xenoma de referencia
Saturación de datos
Correlación de mostras e valoración de réplicas biolóxicas
Xenes expresados de forma diferencial (DEG)
Anotación funcional dos DEG
Enriquecemento funcional dos DEG
Explore os avances facilitados polos servizos de secuenciación de ARNm de NGS eucariotas de BMKGene a través dunha colección de publicacións seleccionada.
Huang, L. et al. (2023) "O triclosán e o triclocarban debilitan a capacidade olfativa dos peixes dourados ao limitar o recoñecemento de cheiros, perturbar a transdución do sinal olfativo e perturbar o procesamento da información olfativa", Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) "Aspergillus fumigatus secuestra a p11 humana para redirixir os fagosomas que conteñen fungos a unha vía non degradativa", Cell Host & Microbe, 31(3), pp. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP Transcription Factors Involved in Shoot Development of Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, p. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) "O xenoma de Chrysanthemum lavandulifolium e o mecanismo molecular subxacente a diversos tipos de capitulum", Horticulture Research, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) "Un nanorreactor en cascada para mellorar a terapia sonodinámica no cancro colorrectal mediante o aumento sinérxico de ROS e o bloqueo da autofagia", Nano Today, 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
