Secuenciación de ADN/ARN -Pacbio secuenciador
Características
Dous modos de secuenciación no secuenciador de Pacbio: lectura longa continua (CLR) e consenso circular (CCS)
| Modo de secuenciación | Tamaño da biblioteca | Datos teóricosRendemento (por cela) | Base únicaPrecisión | Aplicacións |
| Clr | 20kb, 30kb, etc. | 80 GB a 130 GB | Aprox. 85% | De novo, Chamadas SV, etc. |
| CCS | 15-20 kb | 14 a 40 GB/cela (secuela II) De 70 a 110 GB/Cell (Revio) Depende das mostras | Aprox. 99% | De novo, SNP/Indel/SV Calling, ISO-seq, |
Comparación do rendemento e características de Revio e Secuela II
| Termos | Sistema de secuela II | Sistema Revio | Aumento |
| Maior densidade | 8 millóns de ZMWs | 25 millóns de ZMWs | 3x |
| Etapas independentes | 1 | 4 | 4x |
| Tempos de execución máis curtos | 30 horas | 24 horas | 1.25x |
| 30x xenomas humanos hifi / ano | 88 | 1.300 | 15x en xeral |
Vantaxes do servizo
● Máis de 8 anos de experiencia na plataforma de secuenciación de PacBio con miles de proxectos pechados con varias especies.
● Totalmente equipado coas últimas plataformas de secuenciación de PacBio, Revio para garantir o rendemento de secuenciación suficiente.
● Tempo de xiro máis rápido, maior rendemento de datos e datos máis precisos.
● Contribuíu en centos de publicacións baseadas en PacBio de alto impacto.
Requisitos da mostra
| Tipo de mostra | Cantidade | Concentración （qubit®） | Volume | Pureza | Outros |
| ADN xenómico | Depende do requisito de datos | ≥50 ng/µl | ≥15 ml | OD260/280 = 1,7-2,2; OD260/230 = 1,8-2,5 ； Pico claro a 260 nm ，Sen contaminacións | A concentración debe medirse por qubit e qubit/nanopor = 0,8-2,5 |
| ARN total | ≥1,2 μg | ≥120 ng/µl | ≥15 ml | OD260/280 = 1,7-2,5; OD260/230 = 0,5-2,5 ；Sen contaminacións | Valor RIN ≥7,5 5≥28s/18S≥1 |
Fluxo de traballo de servizo
Preparación da mostra
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Entrega do proxecto
1. Rendemento de datos na casa
Datos xerados a partir de 63 células CCS (a partir de 26 especies)
| Datos-Pacbio-CCS-15 KB | Media | Máx | Min | Mediana |
| Rendemento - subcreos (GB) | 421.12 | 544.27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS (GB) | 25,93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimerase N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Subeads n50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Lonxitude media-polimerase | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Os subreads de lonxitude media | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| CC de lonxitude media | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Datos xerados a partir de 16 células CLR (a partir de 76 especies)
| Data-PacBio-CLR-30KB | Media | Máx | Min | Mediana |
| Rendemento - subcreos (GB) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Polimerase N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Subeads n50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Lonxitude media-polimerase | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Os subreads de lonxitude media | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2.Data QC - DemoEstatísticas sobre o rendemento de datos
| Mostra | CCS le num | Total de bases CCS (BP) | CCS le N50 (BP) | CCS Lonxitude media (BP) | CCS máis longa lectura (BP) | Bases de subcontratación (BP) | Tarifa CCS (%) |
| PB_BMKXXX | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
