Exclusive Agency for Korea

Produtos

Secuenciación de ARNm de lonxitude completa -PacBio

Secuenciación de ARNm de lonxitude completa - Imaxe destacada de PacBio

Aínda que a secuenciación de ARNm baseada en NGS é unha ferramenta versátil para cuantificar a expresión xénica, a súa dependencia de lecturas curtas restrinxe o seu uso en análises transcriptómicas complexas. Por outra banda, a secuenciación PacBio (Iso-Seq) emprega tecnoloxía de lectura longa, que permite a secuenciación de transcricións de ARNm de lonxitude total. Este enfoque facilita unha exploración integral do empalme alternativo, as fusións de xenes e a poliadenilación. Non obstante, hai outras opcións para a cuantificación da expresión xénica debido á gran cantidade de datos necesarios. A tecnoloxía de secuenciación PacBio depende da secuenciación en tempo real dunha soa molécula (SMRT), proporcionando unha vantaxe distinta na captura de transcricións de ARNm de lonxitude total. Este enfoque innovador implica o uso de guías de onda de modo cero (ZMW) e pozos microfabricados que permiten a observación en tempo real da actividade da ADN polimerase durante a secuenciación. Dentro destes ZMW, a ADN polimerase de PacBio sintetiza unha cadea complementaria de ADN, xerando lecturas longas que abarcan a totalidade das transcricións de ARNm. A operación de PacBio no modo de secuenciación de consenso circular (CCS) mellora a precisión ao secuenciar repetidamente a mesma molécula. As lecturas HiFi xeradas teñen unha precisión comparable á NGS, o que contribúe aínda máis a unha análise completa e fiable de características transcriptómicas complexas.

Plataforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio

Contacta connosco

Detalles do servizo

Bioinformática

Resultados da demostración

Publicacións destacadas

Características

● Síntese de ADNc a partir de ARNm poli-A seguido da preparación de bibliotecas

● Secuenciación en modo CCS, xerando lecturas HiFi

● Secuenciación das transcricións completas

● A análise non precisa dun xenoma de referencia; non obstante, pódese empregar

● A análise bioinformática permite a análise das transcricións da isoforma do lncRNA, as fusións de xenes, a poliadenilación e a estrutura dos xenes.

Vantaxes do servizo

●Alta precisión: HiFi le con precisión > 99,9 % (Q30), comparable a NGS

● Análise de empalme alternativo: a secuenciación de todas as transcricións permite a identificación e caracterización das isoformas

●Amplia experiencia: cun historial de completar máis de 1100 proxectos de transcriptoma completo de PacBio e procesar máis de 2300 mostras, o noso equipo aporta unha gran experiencia a cada proxecto.

●Soporte posvenda: o noso compromiso vai máis aló da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para resolver calquera dúbida relacionada cos resultados.

Requisitos de mostra e entrega

Biblioteca

Estratexia de secuenciación

Datos recomendados

Control de calidade

Biblioteca CCS de ARNm enriquecida con PolyA

PacBio Sequel II

PacBio Revio

20/40 Gb

5/10 M CCS

Q30≥85%

Requisitos de mostra:

Nucleótidos:

● Plantas:

Raíz, talo ou pétalo: 450 mg

Folla ou semente: 300 mg

Froita: 1,2 g

● Animal:

Corazón ou Intestino: 300 mg

Vísceras ou cerebro: 240 mg

Músculo: 450 mg

Ósos, cabelo ou pel: 1 g

● Artrópodos:

Insectos: 6 g

Crustáceos: 300 mg

● Sangue enteiro: 1 tubo

● Células: 10⁶células

Conc. (ng/μl)

Cantidade (μg)

Pureza

Integridade

≥ 100

≥ 1,0

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN no xel.

Para plantas: RIN≥7,5;

Para animais: RIN≥8,0;

5,0≥ 28S/18S≥1,0;

elevación de referencia limitada ou nula

Entrega de mostra recomendada

Recipiente: Tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda papel de aluminio)

Etiquetaxe da mostra: grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Envío:

1. Xeo seco: as mostras deben ser embaladas en bolsas e enterradas en xeo seco.

2. Tubos RNAstable: as mostras de ARN pódense secar nun tubo de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.

Fluxo de traballo do servizo

Deseño de experimentos

Entrega da mostra

extracción de ARN

Construción da biblioteca

Secuenciación

Análise de datos

Servizos posvenda

Anterior: Secuenciación de ARNm eucariotas-NGS

Seguinte: Secuenciación de ARNm de lonxitude completa-Nanopore

Inclúe a seguinte análise:

● Control de calidade dos datos brutos

● Análise de poliadenilación alternativa (APA)

● Análise de transcricións de fusión

● Análise de empalme alternativo

● Análise de Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).

● Análise de transcrición novedosa: predición de secuencias codificantes (CDS) e anotación funcional

● Análise de lncRNA: predición de lncRNA e dianas

● Identificación microsatélite (SSR)

Análise BUSCO

Análise de empalme alternativo

Análise de poliadenilación alternativa (APA)

Anotación funcional de transcricións noveles

Explore os avances facilitados polos servizos de secuenciación de ARNm de lonxitude completa Nanopore de BMKGene nesta publicación destacada.

Ma, Y. et al. (2023) "Análise comparativa dos métodos de secuenciación de ARN PacBio e ONT para a identificación do veleno de Nemopilema Nomurai", Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) "A dinámica do desenvolvemento do transcriptoma do tronco de Populus", Plant Biotechnology Journal, 17 (1), pp. 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) "Cambios dinámicos no contido de ácido ascórbico durante o desenvolvemento da froita e a maduración de Actinidia latifolia (unha colleita de froitas ricas en ascorbato) e os mecanismos moleculares asociados", International Journal of Molecular Sciences, 23 (10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) "Predicción efectiva dos xenes da vía biosintética implicados en polifilinas bioactivas en polyphylla de París", Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) "Análise combinada de PacBio Iso-Seq e Illumina ARN-Seq dos xenes do transcriptoma e do citocromo P450 de Tuta absoluta (Meyrick)", Insectos, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'A survey of transcriptome complexity using PacBio single-molecule analysis in time real combined with Illumina RNA sequencing for a better understanding of ricinoleic acid biosynthesis in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.