Xenómica comparativa
Vantaxes do servizo
●Extensos coñecementos e rexistros de publicación: Con acumulado, BMKGene completou máis de 90 proxectos de xenómica comparativa, cun factor de impacto acumulado alcanzou os 900.
●Análise bioinformática completa: O paquete de análises contén as oito análises máis necesarias, proporcionando figuras listas para publicar ben ben deseñadas e permitindo unha fácil interpretación dos resultados
●Equipo de bioinformática altamente cualificado e ciclo de análise curta: Con gran experiencia na análise de xenómica comparativa, o equipo de BMKGene cumpre diversas demandas de análise personalizadas nun tempo curto
●Soporte post-venda:O noso compromiso esténdese máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posterior a 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos un seguimento do proxecto, asistencia de solución de problemas e sesións de Q&A para abordar as consultas relacionadas cos resultados.
Especificacións de servizo
| Tempo de xiro estimado | Número de especies | Análises |
| 30 días hábiles | 6 - 12 | Clustering da familia de xenes Expansión e contracción da familia de xenes Construción de árbores filoxenéticas Estimación de tempo de diverxencia (necesaria calibración de fósiles) Tempo de inserción LTR (para plantas) Duplicación do xenoma enteiro (para plantas) Presión selectiva Análise de sintenia |
Análises de bioinformática
● Familia de xenes
● Filoxenética
● Tempo de diverxencia
● Presión selectiva
● Análise de sintenia
Requisitos de mostra e entrega
Requisitos da mostra:
Tecido ou ADN para secuenciación e montaxe do xenoma
Para o tecido
| Especie | Tecido | Enquisa | Pacbio CCS |
| Animal | Tecido visceral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Tecido muscular | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Sangue de mamíferos | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Avicultura/sangue de peixe | |||
| Planta | Folla fresca | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Pétalo/talo | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Raíz/semente | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Células | Célula cultivada | - | ≥ 1 x 108 |
Datos
Arquivos de secuencia de xenoma (.fasta) e ficheiros de anotación (.gff3) de especies estreitamente relacionadas
Fluxo de traballo de servizo
Deseño de experimentos
Entrega de mostra
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos despois da venda
*Os resultados da demostración que se amosan aquí son de xenomas publicados con Biomarker Technologies
1. LTR Inserir o tempo Estimación: a figura mostrou unha distribución bimodal única nos tempos de inserción de LTR-RTS no xenoma de centeo en comparación con outras especies. O pico máis recente apareceu hai uns 0,5 millóns de anos.
Li Guang et al.,Xenética da natureza, 2021
2. Filoxenia e análise familiar de xenes sobre Chayote (Sechium edule): analizando o chayote e as outras 13 especies relacionadas na familia de xenes, Chayote atopouse máis relacionada coa calabaza de serpe (Trichosanthes Anguina). O chayote derivado da cabaza de serpe en arredor de 27-45 Mya e a duplicación do xenoma enteiro (WGD) foi observada en Chayote en 25 ± 4 Mya, que é o terceiro evento WGD en Cucuibitaceae.
Fu A et al.,Investigación en horticultura, 2021
3. Análise de Synteny: Algúns xenes relacionados coas fitohormonas no desenvolvemento de froitas atopáronse en chayote, calabaza de serpe e cabaza. A correlación entre chayote e cabaza é lixeiramente maior que a de cabaza de chayote e serpe.
Fu A et al.,Investigación en horticultura, 2021
4. Análise da familia Xene: o enriquecemento de KEGG na expansión e contracción da familia de xenes en G.Thurberi e G.Davidsonii Os xenomas demostraron que os xenes relacionados coa biosíntese de esteroides e os xenes relacionados coa biosíntese de Brassinosteroides foron ampliados.
Yang Z et al.,BIOLOXÍA BMC, 2021
5. Análise de duplicación do xenoma de Shole: a análise de distribución 4DTV e KS mostrou un evento de duplicación do xenoma enteiro. Os picos de intraspecies mostraron eventos de duplicación. Os picos de interspecies mostraron eventos de especiación. A análise indicou que comparar coas outras tres especies estreitamente relacionadas, O. europaea pasou por unha duplicación do xene a gran escala máis recentemente.
Rao G et al.,Investigación en horticultura, 2021
Caso BMK
Rosa sen picadura: ideas xenómicas ligadas á adaptación da humidade
Publicado: National Science Review, 2021
Estratexia de secuenciación:
'BasyeEspiñento'(R.Wichurainan) Xenoma:
Aprox. 93 X Pacbio + Aprox. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Resultados clave
1. O xenoma de alta calidade R.Wichuraiana construíuse mediante técnicas de secuenciación de lectura longa, que producen unha montaxe de 530,07 MB (o tamaño do xenoma estimado foi de aproximadamente 525,9 MB por citometría de fluxo e 525,5 por enquisa de xenoma ； Heterozygosidade foi arredor do 1,03%). A puntuación estimada por BusCo foi do 93,9%. Comparando con "Old Blush" (haploob), a calidade e a exhaustividade deste xenoma confirmouse por precisión base-base de base e índice de montaxe LTR (LAI = 20.03). O xenoma R.Wichuraiana contén 32.674 xenes de codificación de proteínas.
2. A análise conxunta de Multi -omics, composta por xenómica comparativa, transcriptómica, análise QTL da poboación xenética, revelou a especiación crucial entre R. Wichuraiana e Rosa chinensis. Ademais, a variación da expresión dos xenes relacionados en QTL podería estar asociada ao patrón de tallo.
A anáysis de xenómica comparativa entre Basye; S Thornless e Rosa chinensis, incluíndo análise de sintenia, clúster familiar de xenes, análise de expansión e contracción, revelou un gran número de variacións, relacionadas con trazos cruciais en rosas. A expansión única en NAC e a familia de xenes FAR1/FRS era moi probable que se asociase á resistencia ao punto negro.
Análise de xenómica comparativa entre xenomas BT e haploob.
Zhong, M., et al. "Rose sen picar: ideas xenómicas ligadas á adaptación da humidade"National Science Review, 2021 ;, NWAB092.
