BMKManu S3000_Spatial Transcriptoma
Esquema técnico do transcriptoma espacial BMKManu S3000
Características
- Resolución: 3,5 µm
- Diámetro da mancha: 2,5 µm
- Número de manchas: aproximadamente 4 millóns
- 3 formatos de área de captura posibles: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ou 15 mm * 20 mm
- Cada perla con código de barras está cargada con cebadores compostos por 4 seccións:
• cola poli (dt) para a cebada de ARNm e a síntese de ADNc,
• Identificador molecular único (UMI) para corrixir o sesgo de amplificación
• Código de barras espacial
• Secuencia de vinculación de Ler parcial 1 Primador de secuenciación
- H&E e tinción fluorescente de seccións
- Posibilidade de empregar a tecnoloxía de segmentación celular: integración da tinción de H&E, tinción fluorescente e secuenciación de ARN para determinar os límites de cada célula e asignar correctamente a expresión xénica a cada célula. Procesando a análise de perfiles espaciais descendentes baseada na papeleira celular.
- Posible para conseguir unha análise de resolución a varios niveis: análise flexible de varios niveis que oscilan entre 100um a 3,5 um para resolver diversas características de tecido cunha resolución óptima.
Vantaxes de Bmkmanu S3000
-Dobling de puntos de captura a 4 millóns: cunha mellor resolución de 3,5 um, que conduce a unha detección de xenes e umi superior por célula. Isto dá como resultado unha mellora da agrupación de células baseadas en perfís transcripcionais, con detalles máis finos que coinciden coa estrutura dos tecidos.
- Resolución subcelular:Cada área de captura contiña> 2 millóns de manchas codificadas de barras espaciais cun diámetro de 2,5 µm e un espazo entre 5 µm entre centros spot, permitindo a análise do transcriptoma espacial con resolución sub-celular (5 µm).
-Análise de resolución de varios niveis:Análise flexible de varios niveis que oscilan entre 100 μm e 5 μm para resolver diversas características de tecido a unha resolución óptima.
-Posibilidade de usar a tecnoloxía de segmentación de células "tres nunha diapositiva":Combinando a tinción de fluorescencia, a tinción de H&E e a secuenciación de ARN nunha única diapositiva, o noso algoritmo de análise "tres en un" habilita a identificación de límites celulares para transcriptómicas baseadas en células posteriores.
-Compatible con múltiples plataformas de secuenciación: Tanto NGS como secuenciación de lectura longa dispoñibles.
-Deseño flexible de 1-8 área de captura activa: O tamaño da área de captura é flexible, sendo posible usar 3 formatos (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm e 15 mm * 20 mm)
-Servizo único: Integra toda a experiencia e os pasos baseados en habilidades, incluíndo sección de crio, tinción, optimización de tecidos, codificación espacial, preparación da biblioteca, secuenciación e bioinformática.
-Bioinformática completa e visualización fácil de usar:O paquete inclúe 29 análises e 100+ figuras de alta calidade, combinadas co uso de software desenvolvido inhouse para visualizar e personalizar a división de células e a agrupación de puntos.
-Análise e visualización de datos personalizados: Dispoñible para diferentes solicitudes de investigación
-Equipo técnico altamente cualificado: con experiencia en máis de 250 tipos de tecidos e máis de 100 especies, incluíndo humanos, ratos, mamíferos, peixes e plantas.
-Actualizacións en tempo real sobre todo o proxecto: con control total do progreso experimental.
-Análise de articulacións opcionais con secuenciación de ARNm de células monocelulares
Especificacións de servizo
| Requisitos da mostra | Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Mostras de crio incrustadas en OCT (Diámetro óptimo: aprox. 6 × 6 × 6 mm³) 2 bloques por mostra 1 para o experimento, 1 para facer copia de seguridade | Biblioteca S3000 ADNc | Illumina PE150 | 160K PE Reads por 100υm (250 GB) | Rin> 7 |
Para obter máis detalles sobre a preparación da mostra e o fluxo de traballo do servizo, non dubide en falar cunBMKGENE Expert
Fluxo de traballo de servizo
Na fase de preparación da mostra, realízase un ensaio inicial de extracción de ARN a granel para garantir que se poida obter un ARN de alta calidade. Na fase de optimización de tecidos as seccións son manchadas e visualizadas e optimízanse as condicións de permeabilización para a liberación de ARNm do tecido. A continuación, aplícase o protocolo optimizado durante a construción da biblioteca, seguido de secuenciación e análise de datos.
O fluxo de traballo completo de servizo implica actualizacións en tempo real e confirmacións do cliente para manter un bucle de retroalimentación sensible, garantindo unha boa execución do proxecto.
Os datos xerados por BMKManu S3000 analízanse mediante o software "BSTMatrix", que é deseñado de forma independente por BMKGene, xerando un nivel de célula e matriz de expresión xénica a varios niveis. A partir de aí, xérase un informe estándar que inclúe control de calidade de datos, análise de mostras interiores e análise entre grupos.
- Control de calidade de datos:
- Saída de datos e distribución de puntuación de calidade
- Detección de xenes por punto
- Cobertura de tecidos
- Análise de mostras interiores:
- riqueza xénica
- Clustering spot, incluída a análise de dimensións reducidas
- Análise de expresión diferencial entre clústers: identificación de xenes marcadores
- anotación funcional e enriquecemento dos xenes marcadores
- Análise entre grupos
-Re-combinación de manchas de ambas mostras (por exemplo, enfermo e control) e re-cluster
- Identificación de xenes marcadores para cada clúster
- anotación funcional e enriquecemento dos xenes marcadores
- Expresión diferencial do mesmo clúster entre grupos
Ademais, o BMKGene desenvolvido "BSTViewer" é unha ferramenta fácil de usar que permite ao usuario visualizar a expresión xénica e o clustering Spot en diferentes resolucións.
BMKGene ofrece servizos de perfiles espaciais con resolución precisa de células precisas (baseada na papeleira ou na papeleira cadrada a varios niveis de 100um a 3,5um).
Os datos de perfiles espaciais das seccións de tecidos na diapositiva S3000 realizados moi abaixo.
Estudo de caso 1: cerebro do rato
A análise dunha sección cerebral do rato con S3000 deu lugar á identificación de ~ 94 000 células, cunha secuenciación mediana de xenes ~ 2000 por célula. A mellor resolución de 3,5 um deu lugar a unha agrupación moi detallada das células baseadas en patróns transcripcionais, cos clústers de células imitando as estruturas diferenciadas do cerebro. Isto obsérvase facilmente visualizando a distribución de células agrupadas como oligodendrocitos e células de microglia, que se atopan case exclusivamente en materia gris e branca, respectivamente.
Estudo de caso 2: embrión do rato
A análise dunha sección de embrión do rato con S3000 deu lugar á identificación de ~ 2200 000 células, cunha secuenciación mediana de ~ 1600 xenes por célula. A mellor resolución de 3,5 um deu lugar a unha agrupación moi detallada das células baseadas en patróns transcripcionais, con 12 clusters na zona do ollo e 28 clústers na zona do cerebro.
Análise de mostras interiores agrupación de células:
Identificación de xenes marcadores e distribución espacial:
-Resolución subcelular superior: en comparación coa diapositiva S1000, cada área de captura de S3000 contiña> 4 millóns de manchas espaciais con un diámetro de 2,5 µm e unha distancia de 3,5 µm entre centros spot, permitindo a análise de transcriptoma espacial con maior resolución subcelular. (papeleira cadrada: 3,5 µm).
- maior eficiencia de captura: en comparación coa diapositiva S1000, o aumento da mediana_umi do 30% ao 70%, aumenta a mediana_gene do 30% ao 60%
Esquema de chip S1000:
Esquema de chip S3000:
