Secuenciación de amplicóns (16S/18S/ITS)

A secuenciación de Amplicon (16S/18S/ITS) con Illumina é un método para analizar a diversidade microbiana mediante a identificación de perfís microbianos segundo as súas secuencias e despois tentando descifrar a riqueza e a diversidade da comunidade dentro de cada mostra e entre mostras. O gasoduto BMKCloud Amplicon (NGS) permite a análise de 16S, 18S, ITS e múltiples xenes funcionais. Comeza co recorte de lecturas, a montaxe de lecturas pareadas e a avaliación da calidade, seguido do agrupamento de lecturas similares para xerar unidades taxonómicas operativas (OTU) utilizadas en seis seccións de análise diferentes. A anotación taxonómica proporciona información sobre a abundancia relativa e a composición de cada mostra, mentres que as análises de diversidade alfa e beta céntranse na diversidade microbiana dentro e entre mostras, respectivamente. A análise diferencial entre grupos atopa OTU que difieren utilizando probas tanto paramétricas como non paramétricas, mentres que a análise de correlación relaciona estas diferenzas con factores ambientais. Finalmente, prevese a abundancia de xenes funcionais en función da abundancia de xenes marcadores, proporcionando información sobre a función e a ecoloxía en cada mostra.