Exclusive Agency for Korea

Produtos

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Os xenes de ARNr 16S e 18S, xunto coa rexión Internal Transcribed Spacer (ITS), serven como marcadores de pegadas moleculares fundamentais debido á súa combinación de rexións altamente conservadas e hipervariables, o que os converte en ferramentas inestimables para caracterizar organismos procariotas e eucariotas. A amplificación e secuenciación destas rexións ofrecen un enfoque libre de illamento para investigar a composición e diversidade microbiana en varios ecosistemas. Aínda que a secuenciación de Illumina adoita dirixirse a rexións hipervariables curtas como V3-V4 de 16S e ITS1, demostrouse que se pode conseguir unha anotación taxonómica superior secuenciando a lonxitude total de 16S, 18S e ITS. Este enfoque integral dá lugar a maiores porcentaxes de secuencias clasificadas con precisión, conseguindo un nivel de resolución que se estende á identificación de especies. A plataforma de secuenciación en tempo real de moléculas únicas (SMRT) de PacBio destaca por ofrecer lecturas longas (HiFi) moi precisas que cobren os amplicóns de lonxitude total, rivalizando coa precisión da secuenciación de Illumina. Esta capacidade permite aos investigadores acadar unha vantaxe inigualable: unha visión panorámica da paisaxe xenética. A cobertura estendida eleva significativamente a resolución na anotación de especies, especialmente dentro das comunidades bacterianas ou fúngicas, o que permite unha comprensión máis profunda das complejidades das poboacións microbianas.

Contacta connosco

Detalles do servizo

Bioinformática

Resultados da demostración

Publicacións destacadas

Características do servizo

● Plataforma de secuenciación: PacBio Revio

● Modo de secuenciación: CCS (lecturas HiFi)

● Amplificación da rexión obxectivo seguida da conexión en tándem dos amplicóns antes da preparación da biblioteca de campás HiFi SMRT

Vantaxes do servizo

●Resolución taxonómica superior: Tsecuenciación de amplicón curto han,permitindo taxas de clasificación OTU máis altas a nivel de especie.

●Chamada base altamente precisa: secuenciación do modo PacBio CCS (lecturas HiFi).

●Libre de illamento: Identificación rápida da composición microbiana en mostras ambientais.

●Amplamente aplicable: Estudos diversos da comunidade microbiana.

●Análise bioinformática integral: O último paquete QIIME2 (información cuantitativa sobre a ecoloxía microbiana) con diversas análises en termos de base de datos, anotación, OTU/ASV.

●Amplia experiencia: Con miles de proxectos de secuenciación de amplicóns realizados anualmente, BMKGENE aporta máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido completo e excelente soporte posvenda.

Especificacións do servizo

Biblioteca	Estratexia de secuenciación	Datos recomendados
Amplicón	PacBio Revio	Etiquetas 10/30/50 K (CCS)

Requisitos de mostra

Concentración (ng/µL)	Cantidade total (µg)	Volume (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Entrega de mostra recomendada

Conxelar as mostras en nitróxeno líquido durante 3-4 horas e almacenar en nitróxeno líquido ou -80 graos para reservar a longo prazo. É necesario o envío de mostras con xeo seco.

Fluxo de traballo do servizo

Entrega da mostra

Construción da biblioteca

Secuenciación

Análise de datos

Servizos posvenda

Anterior: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Seguinte: Ensaio de cromatina accesible á transposase con secuenciación de alto rendemento (ATAC-seq)

Inclúe a seguinte análise:

●Control de calidade dos datos brutos

●Clúster de OTU/eliminación de ruído (ASV)

●Anotación OTU

●Análise da diversidade alfa: múltiples índices, incluíndo Shannon, Simpson e ACE.

●Análise da diversidade beta

●Análise intergrupal

●Análise de correlación: entre factores ambientais e composición e diversidade da OUT

●Predición do xene funcional 16S

Histograma de distribución taxonómica

Árbore filoxenética de distribución comunitaria

Análise da diversidade alfa: ACE

índice

Análise da diversidade beta: PCoA

Análise intergrupal: ANOVA

Explore os avances facilitados polos servizos de secuenciación de amplicóns de BMKGene con PacBio a través dunha colección de publicacións seleccionada.

Gao, X. e Wang, H. (2023) 'Análise comparativa dos perfís e funcións bacterianas do rumen durante a adaptación a diferentes fenoloxías (verde vs. herba) en ovellas merinas alpinas con dúas etapas de crecemento nun prado alpino', fermentación, 9( 1), páx. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) "Capturando a materia escura microbiana en solos do deserto usando metaxenómica baseada en culturómica e análise de alta resolución", npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1-14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) "Efectos dos sales de ácidos graxos sobre as características de fermentación, a diversidade bacteriana e a estabilidade aeróbica do ensilado mixto preparado con alfalfa, palla de arroz e salvado de trigo", Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) "A interacción entre os biomarcadores de estrés oxidativo e a microbiota intestinal nos efectos antioxidantes dos extractos de Sonchus brachyotus DC". en Estrés oxidativo intestinal inducido por oxazolona en peixe cebra adulto', Antioxidants 2023, vol. 12, Páxina 192, 12(1), p. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.