16S/18S/A súa secuenciación de amplicón-NGs
Características do servizo
● Plataforma de secuenciación: Illumina Novaseq.
● Amplificación de rexións curtas de 16S, 18S e ITS, entre outros obxectivos de amplificación.
● Opcións flexibles de amplicón.
● Experiencia previa do proxecto con múltiples obxectivos de amplificación.
Vantaxes do servizo
●Sen illamento:Identificación rápida da composición microbiana en mostras ambientais.
●Alta resolución: En compoñentes abundantes en mostras ambientais.
●Amplamente aplicable: Diversos estudos da comunidade microbiana.
●Análise bioinformática completa: O último paquete QIIME2 (visión cuantitativa da ecoloxía microbiana) con diversas análises en termos de base de datos, anotación, OTU/ASV.
●Ampla experiencia: Con 150 mil proxectos de secuenciación de amplicón realizados anualmente, BMKGene trae máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido integral e un excelente soporte post-vendas.
Especificacións de servizo
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados |
| Amplicón | Illumina PE250 | Etiquetas 50/100/300K (parellas de lectura) |
Requisitos de servizo
| Concentración (ng/µl) | Cantidade total (ng) | Volume (µl) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Sol/lodos: 1-2g
● Contido intestinal-Animal: 0,5-2g
● Contidos intestinais-insecto: 0,1-0,25g
● Superficie da planta (sedimento enriquecido): 0,1-0,5g
● sedimento enriquecido en caldo de fermentación): 0,1-0,5g
● Feces (animais grandes): 0,5-2g
● Feces (rato): 3-5GRAINS
● Fluído de lavado alveolar pulmonar: papel de filtro
● Fonco vaxinal: 5-6 tampóns
● pel/tampón xenital/saliva/tecido brando oral/hisopo farínxico/hisopo rectal: 2-3 tampóns
● Microorganismos superficiais: papel de filtro
● Waterbody/Air/Biofilm: papel de filtro
● Endófitos: 1-2g
● Placa dental: 0,5-1g
Fluxo de traballo de servizo
Entrega de mostra
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos despois da venda
Inclúe a seguinte análise:
- Control de calidade de datos en bruto
- Clustering /de-ruído OTU (ASV)
- Anotación OTU
- Análise da diversidade alfa: múltiples índices, incluíndo Shannon, Simpson e ACE.
- Análise da diversidade beta
- Análise entre grupos
- Análise de correlación: entre factores ambientais e composición e diversidade
- Predición de xenes funcional 16S
Histograma da distribución taxonómica
Mapa de calor de agrupación de abundancia taxonómica
Análise da diversidade alfa: curva de rarefacción
Análise da diversidade beta: NMDS
Análise de intergrupos: descubrimento de Biomarker Lefse
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de amplicon de BMKGene con Illumina a través dunha colección curada de publicacións.
Dong, C. et al. (2022) 'Montaxe, microbiota núcleo e función do solo e da cortiza da rizosfera microbiota en eucommias ulmoides', fronteiras en microbioloxía, 13. doi: 10.3389/fmicb.2022.855317/Full.
Li, Y. et al. (2023) 'Transplante de consorcios bacterianos sintéticos para o tratamento da vaginose bacteriana inducida por Gardnerella vaginalis en ratos', microbioma, 11 (1), pp. 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. e Liu, H. (2022) 'Microbiomas de po de aire recollidos durante o experimento de soporte de vida biorenerativo pechado baseado no chan "Palacio Lunar 365", microbiomas ambientais, 17 (1), pp. 1-20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/figuras/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Abundancia dependente de materias primas de xenes funcionais relacionados coa transformación de nitróxeno controlada por nitróxeno na compostaxe', Bioresource Technology, 361, p. 127678. DOI: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
