FIONUME GENE BISUDE FITON (WGBS)
Tha squeninging balgsfite iomlan (WGBs) na modh-obrach àbhaisteach òir ann air sgrùdadh domhainn air DNA Cytosine (riaghaltas pivoteal de fheòil no gnìomhachd cealla. Tha am prionnsapal bunaiteach a 'toirt a-steach làimhseachadh balmadair, a' toirt a-steach tionndadh cytossines gun urail (c gu u), agus a dh 'fhàgas cytossoings methylage. Tha an innleachd seo a 'tabhann rùn aon-bhonn, a' toirt cothrom do luchd-rannsachaidh a bhith a 'sgrùdadh a dhèanamh air an methylome agus a' faighinn a-mach pàtrain methylation neo-àbhaisteach co-cheangailte ri diofar shuidheachaidhean, gu sònraichte aillse. Le bhith a 'fastadh WGBS, faodaidh luchd-saidheans lèirsinn gun choimeas a-steach do chruthan-tìre othertation, a' toirt tuigse do choileanadh air na dòighean togail epigenetic a bhios fo phròiseasan e bith-eòlasach agus galaran bith-eòlasach.
Feartan seirbheis
● feumaidh iad teisteanas a thoirt do fhìor.
● Tha Lambd DNA air a chur ris gus sùil a chumail air èifeachdas tionndaidh Bisulfite.
● SgequeNrings air illumina novaseq.
Buannachdan Seirbheis
●Inbhe Òle airson rannsachadh DNA Mesyylation: Tha cruinneas àrd aig an teicneòlas giullachd mealladh aibidh seo agus ath-riochdachadh math.
●Còmhdach fharsaing agus fuasgladh aon-ri-ionad:lorg làraichean methylation aig an ìre as àirde san fhìor.
●Àrd-ùrlar iomlan:Thoir seachad seirbheis sgoinneil bho ghiullachd sampaill, togail leabharlainn, leth-dhuilleag gu sgrùdadh bioinaicidhs.
●Eòlas farsaing: Le taic bho WHCSS WHSERAIDHEAN AIR ATHARRACHADH AIR ATHARRACHADH FIOSRACHADH DÌON PÀRRAINN, tha sgioba-sgrùdaidh air leth sgileil, susbaint coileanta, agus taic às dèidh na fuigheall.
●Comas a dhol còmhla ri Mional Transcriptomics: A 'ceadachadh airson an sgrùdadh aonaichte de WGBS le dàta omics eile leithid Rna-seq.
Sònrachaidhean sampall
| Leabharlann | Ro-innleachd SequeNroming | Toradh dàta a thathar a 'moladh | Smachd Càileachd |
| Làimhseachadh baiostach | Illumina PE150 | Doimhneachd 30x | Q30 ≥ 85% Tionndadh baistlite> 99% |
Riatanasan sampaill
| Dùmhlachd (ng / μl) | Suim iomlan (μg) | Riatanasan a bharrachd | |
| DNA Genomic DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Àireamhan cuibhrichte no truailleadh |
Sruth obair seirbheis
Lìbhrigeadh sampaill
DNA às-tharraing
Togail leabharlainn
SequeNrings
Mion-sgrùdadh dàta
Lìbhrigeadh dàta
A 'toirt a-steach an sgrùdadh a leanas:
● Raw smachd càileachd a 'cumail smachd;
● Mapadh gus iomradh a thoirt air fìor;
● Lùghdaich 5MC methylated Hases;
• a 'sgrùdadh cuairteachadh agus nonotation a sgaoileadh;
• Mion-sgrùdadh air roinnean methylated (DMRS);
● Dealbh gnìomh de ghinean co-cheangailte ri DMRS.
Lùghdachadh methylation 5mc: Seòrsan de làraich methylated
Mapa methylation. 5mc Cendylation Cencession-O chionn ghoirid
Nota a thoirt air roinnean mòra methylated
Roinnean methyleed eadar-dhealaichte: ginean co-cheangailte
Roinnean methyleed eadar-dhealaichte: notaichean de ghearan co-cheangailte (ontology gnè)
Rannsaich na h-adhartachadh rannsachaidh a tha air an comasachadh gun spionnadh iomlan tro chruinneachadh foillseachaidhean le BMKgene.
Fan, Y. et al. (2020) 'a' dèanamh sgrùdadh air Pròifilean DNA Methylation rè leasachadh fèithean cnàimhneach chaorach a 'cleachdadh sreathan baistfite iomlan',Genomics BMC, 21 (1), dp. 1-15. doi: 10.1186 / s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Novel DeoxeBonItralic aturbations searbhagach ann an luchd-obrach a tha fosgailte do Vinyl Cloride',ToxicologyLoology agus Slàinte Gnìomhachais, 38 (7), pp. 377-388. doi: 10.1177 / 074823372210986600
Zuo, J. et al. (2020) dàimhean eadar methylation genome, ìrean neo-choimhse rnas, mrnas agus metabolites ann am measan tomato a 'togail toradh tomato a' rùsgadh ',An neach-naidheachd planntrais, 103 (3), pp. 980-994. doi: 10.1111 / TPJ.14778.
