Sgitheadh criomag sònraichte-locus (Slaf-seq)
Sruth-obrach
Sgeama Teicnigeach
Feartan seirbheis
● SgequeNrings air Novaseq le PE150.
● Ag ullachadh Leabharlann le barcoding dùbailte, a 'toirt cothromachaidh còrr air 1000 sampaill.
● Faodar an dòigh seo a chleachdadh le no às aonais fìor iomraidh, le diofar phìoban biopaidhicion airson gach cùis:
Le teisteanas
Gun a bhith iomraidh
● anns anann an silicoÌre Ro-dealbhaidh Cur an gnìomh Tha cothlamadh enzyme air an sealltainn gus an fheadhainn a tha a 'gineadh cuairteachadh de luchd-taic SLAF leis an fhìor sgàil a lorg.
Aig àm ro-dheuchainn, thèid deuchainn a dhèanamh air triùir chothlamadh enzyme ann an 3 sampaill gus 9 leabharlann sliam a ghineadh, agus tha am fiosrachadh seo a 'cleachdadh gus a' mheasgachadh enzyme as fheàrr a ghineadh airson a 'phròiseict.
Buannachdan Seirbheis
●Lorg comharradh mòr gnèithte: Ag aonachadh siostam barcode dùbailte àrd-thro ùbhlan Tha siostam aig an aon àm de àireamhan mòra, agus a 'dèanamh cinnteach gu bheil àireamhan tag a' coinneachadh ri riatanasan eadar-mheasgte de dhiofar cheistean rannsachaidh.
● Eisimeileachd ìosal air an genome: Faodar a chuir an sàs ann an gnèithean le no às aonais fìor neach-taic.
●Dealbhadh sgeama sùbailte: Cladh aon-enzyme, dian enzyme, dian enzyme, agus Faodaidh diofar sheòrsaichean enzymes uile a bhith air an taghadh gus frithealadh air diofar amasan no gnèithean. Anann an silicoThathas a 'dèanamh ro-dhealbhadh gus dèanamh cinnteach gu bheil dealbhadh enzyme as fheàrr ann.
● Èifeachdas àrd ann an cladhach enzymatic: Giùlan anann an silicodealbhadh ro-dhealbhadh agus dearbhadh ro-làimh le eadhon cuairteachadh tagaichean SLAF air a 'chromosome (1 SLAG / 4KB) agus lughdaich sreath ath-aithriseach (<5%).
●Eòlas farsaing: Tha an sgioba againn a 'toirt beairteas de eòlas do gach pròiseact le bhith a' dùnadh còrr air 5000 gnè, mamalan, biastagan, biastagan uisge, agus fàs-bheairtean uisge.
● Neach-obrach obrach bith-chomataidh fèin-leasaichte: Leasaich BMKGENE làrach-obrach biopynficic aonaichte airson Slaf-Seq gus dèanamh cinnteach à earbsachd agus riaghladh na sgrùdaidhean mu dheireadh.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Seòrsa mion-sgrùdaidh | Sgèile sluaigh air a mholadh | Ro-innleachd SequeNroming | |
| Doimhneachd taga nan senescing | Àireamh taga | ||
| Mapaichean ginteil | 2 Pàrantan agus> 150 de shliochd | Pàrantan: 20X WGS A 'dol bho: 10x | Meud genome: <400 MB: Tha mo mholadh <1GB: tagaichean 100K 1-2GB :: timcheall air tagaichean > 2GB: Tags 300K Tagaichean max 500K |
| Sgrùdaidhean Comann Genome (Gwas) | ≥200 sampaill | 10x | |
| Mean-fhàs ginteil | ≥30 sampaill, le> 10 sampaill bho gach fo-bhuidheann | 10x | |
Riatanasan seirbheis
Dùmhlachd ≥ 5 ng / μl
Suim iomlan ≥ 80 ng
Nanothp od260/180 = 1.6-2.5
Gel Agarose: Chan eil no cuibhrichte no truailleadh no truailleadh
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container: 2 ml offruifulge tiùb
(Airson a 'mhòr-chuid de na samples, tha sinn a' moladh gun a bhith a 'gleidheadh ann an ethanol)
Bileag sampall: Feumaidh sampaill a bhith air an comharrachadh gu soilleir agus co-ionann gus foirm fiosrachaidh sampall a chuir a-steach.
Gluasad: Deigh tioram: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan an toiseach agus air an tiodhlacadh ann an deigh tioram.
Neach-obrach seirbheis
Sampall QC
Deuchainn Pìleat
Deuchainn Slaf
Ullachadh leabharlainn
SequeNrings
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh a reic
A 'toirt a-steach an sgrùdadh a leanas:
- Dàtaan senercing QC
- Leasachadh Tag SLAF SLAF
Mapadh gu teisteanas
Às aonais fìor-thagradh: brabhtach
- Mion-sgrùdadh air tagaichean SLAF .: Staitistig, sgaoileadh thairis air an fhìor
- A 'lorg ro-innse: SNP, INDEL, SNV, CV A' gairm agus anotation
Sgaoileadh tagaichean SLAF air cromosoman:
Sgaoileadh SNPS air chromosoman:
Annot anot
| Bliadhna | Iris | IF | Tiotal | Tagraidhean |
| 2022 | Conaltradh nàdair | 17.694 | Bunait genomic na giga-chromosoman agus giga-genome of cracan Paueonia Ostii | Slaf-Gwas |
| 2015 | Phytologist ùr | 7.433 | Lorgan-coise dachaigheil agus roinnean fìor de cho cudromach sa tha e soybeans | Slaf-Gwas |
| 2022 | Iris Rannsachadh Adhartach | 12.822 | In-ghabhail fuadain air feadh na h-aibhnes fuadain gossypium borb òger a-steach do G. Hallonnum nochdaidh locui siùbhlach airson leasachadh aig an aon àm de chàileachd fiber cotan agus toradh comharran | Gintinneachd slaf-deagh |
| 2019 | Lus molecular | 10.81 | Tha mion-sgrùdadh fìor-sluaigh agus de bhith a 'nochdadh gu cuirm novo mar thùs Luig Rus mar gheama mean-fhàsach | Gintinneachd slaf-deagh |
| 2019 | Gintinn nàdur | 31.616 | Sreath genome agus iomadachd ginte na carp cumanta, Cyprinus Carpio | Mapa Slaf-Ceangal |
| 2014 | Gintinn nàdur | 25.455 | Tha an genome peann àiteach a 'toirt sealladh air èideadh èideadh kandoyopes, polyploid mean-fhàs agus càirdeas bàrr. | Mapa Slaf-Ceangal |
| 2022 | Iris bith-eòlas planntrais | 9.803 | Aithneachadh ST1 a 'nochdadh taghadh a' toirt a-steach a bhith a 'nochdadh morphology sìol agus susbaint ola ann an dòigh-beatha Soybean | Leasachadh Slaf-Comharradh Slaf |
| 2022 | Iris Eadar-nàiseanta Saidheansan Molecular | 6.208 | Leasachadh aithneachaidh agus DNA Leasachadh airson crith-leeymus Mollis 29NS (2D) Ionadachadh cromomesome Disomic | Leasachadh Slaf-Comharradh Slaf |
| Bliadhna | Iris | IF | Tiotal | Tagraidhean |
| 2023 | Crìochan ann an saidheans planntrais | 6.735 | Mionadh qtl mapadh agus ath-sgrìobhadh de sgrùdadh siùcair rè toradh measan de Pyrifolia pyrifolia | Mapa ginteil |
| 2022 | Iris bith-eòlas planntrais | 8.154 | Comharrachadh ST1 a 'nochdadh taghadh anns a bheil tagradh sìol agus susbaint ola aig àm Deepication Soybean
| Gairm SNP |
| 2022 | Crìochan ann an saidheans planntrais | 6.623 | Mapadh Comann Dealachaidh Ginceome de phonotypes gann huly ann an àrainneachd staoltaidh.
| Gwas |
