Seicheamh RNA nuclei singilte
Sgeama Teicnigeach
Tha iomallachd niuclas air a choileanadh le 10 × Genomics Chromium ™, anns a bheil siostam microfluidics ochd-seanail le slighean dùbailte. Anns an t-siostam seo, tha grìogagan gel le còdan-bàr agus primer, enzyman agus aon niuclas air an cuairteachadh ann an tuiteam ola meud nanoliter, a’ gineadh Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Aon uair ‘s gu bheil GEM air a chruthachadh, thèid lysis cealla agus leigeil ma sgaoil còdan-bàr a dhèanamh anns gach GEM. tha mRNA air an ath-sgrìobhadh air ais gu moileciuilean cDNA le còdan-bàr 10 × agus UMI, a tha cuideachd fo ùmhlachd togail leabharlainn sreath àbhaisteach.
Feartan
● Ag ullachadh crochaidh aon-niùclasach bho stuthan reòta
● Cruthachadh Gel Bead-in-Emulsion (GEM) air a leantainn le synthesis cDNA
● Tha gach grìogag ann an GEM air a luchdachadh le primers air a dhèanamh suas de 4 earrannan:
earball poly(dT) airson mRNA priming agus cDNA synthesis,
Aithniche Molecular Sònraichte (UMI) gus claonadh leudachaidh a cheartachadh
10x còd-barra
Sreath ceangail de phìos leughaidh 1 ann an sreath primer
Buannachdan
Tha seicheamh RNA aon-niùclasach a’ dol timcheall air crìochan sreath RNA aon-chealla, a’ comasachadh:
● Cleachdadh sampallan reòta agus chan ann a-mhàin cuingealaichte ri sampallan ùra
● Cuideam ìosal de cheallan reòta an taca ri làimhseachadh enzymatic de cheallan ùra, ri fhaicinn anns an dàta tar-sgrìobhaidh ann an cruth ghinean nach eil cho brosnachail
● Chan eil feum air ceallan fala dearga a thoirt air falbh ro-làimh
● Trast-thomhas cealla gun chrìoch
● Sreath mòr de shamhlaichean a tha ion-roghnach airson mion-sgrùdadh, a’ gabhail a-steach seòrsaichean clò iom-fhillte agus lag a tha dualtach a bhith a’ cruinneachadh cheallan no a’ sgrios nuair a bhios tu a’ ceangal clò
Eisimpleirean nach gabh an sgrùdadh le sreath RNA aon-chealla agus a tha airidh air sreath RNA nuclei singilte:
| Cealla/Meiteag | Adhbhar |
| Stuth reòta neo-ùr | Cha ghabh buidhnean ùra fhaighinn no a shàbhail o chionn fhada |
| Cell fèithe, megakaryocyte, geir… | Tha trast-thomhas cealla ro mhòr airson a dhol a-steach don ionnstramaid |
| grùthan… | Ro chugallach ri bhriseadh, chan urrainn dha ceallan singilte a chomharrachadh |
| Cealla neuron, eanchainn… | Nas mothachaile, nas fhasa cuideam a chuir air, atharraichidh e na toraidhean sreathachaidh |
| Pancreas, thyroid… | Saidhbhir ann an enzyman endogenous, a bheir buaidh air cinneasachadh crochaidh aon chealla |
Singilte niuclas vs Singilte cealla
| niuclas singilte | Aon-chealla |
| Trast-thomhas cealla gun chrìoch | Trast-thomhas cealla: 10-40 μm |
| Faodaidh an stuth a bhith na stuth reòta | Feumaidh an stuth a bhith na stuth ùr |
| Strus ìseal de cheallan reòta | Faodaidh làimhseachadh enzyme ath-bhualadh cuideam cealla adhbhrachadh |
| Chan eil feum air ceallan fola dearga a thoirt air falbh | Feumar ceallan fola dearga a thoirt air falbh |
| Tha niuclasach a 'cur an cèill bioinformation | Bidh an cealla gu lèir a’ cur an cèill bith-fhiosrachadh |
Sònrachaidhean
| Sampall Riatanasan | Leabharlann | Ro-innleachd sreathach | Dàta air a mholadh | Smachd Càileachd |
| Stuth beathach ≥ 200 mg Measg lusan ≥ 400 mg | Leabharlann 10x Genomics sn cDNA | Illumina airson PE 150 | Leughadh 100K PE gach cealla (100-200 Gb) | 700-1200 nuclei / μl agus ionracas niuclasan air am faicinn fo mhiocroscop |
Airson tuilleadh fiosrachaidh mu stiùireadh ullachaidh sampall agus sruth-obrach seirbheis, faodaidh tu bruidhinn ri aeòlaiche BMKGENE
Sruth Obrach Seirbheis
A’ toirt a-steach an anailis a leanas:
● Smachd Càileachd: àireamh cheallan, lorg gine, comharrachadh cealla gu ceart, moileciuilean RNA agus tomhas faireachdainn
● Mion-sgrùdadh sampall a-staigh:
Cruinneachadh cheallan agus comharrachadh cnuasachaidh
Mion-sgrùdadh Eadar-dhealaichte: comharrachadh DEG ann an cruinneachaidhean
Mìneachadh gnìomh agus beairteachadh DEGan brabhsair
● Mion-sgrùdadh Eadar-buidhne:
Cothlamadh dàta
Mion-sgrùdadh Eadar-dhealachaidh Eadar-dhealaichte: comharrachadh DEG ann am buidhnean
Mìneachadh gnìomh agus beairteas de bhuidheann DEG
● Mion-sgrùdadh Adhartach:
Mion-sgrùdadh cearcall cealla
Mion-sgrùdadh pseudotime
Mion-sgrùdadh conaltraidh cealla (CellPhoneDB)
Mion-sgrùdadh Saibhreas Seata Gine (GSEA)
Mion-sgrùdadh sampall a-staigh
Cruinneachadh cealla:
Mion-sgrùdadh Eadar-dhealachaidh Eadar-dhealaichte: buidhnean DEG
Mion-sgrùdadh eadar-buidhne
Mion-sgrùdadh eadar-dhealaichte air abairt: DEG buidhne
Mion-sgrùdadh adhartach:
Mion-sgrùdadh pseudotime:
Mion-sgrùdadh cearcall cealla:
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a chaidh a dhèanamh le seirbheisean seicheamh RNA aon-niùclasach BMKGene le 10X Chromium anns na foillseachaidhean sònraichte seo:
Wang, L. et al. (2021) 'Tha mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh aon-chealla a' nochdadh cruth-tìre dìonach na sgamhain ann an dian-dhroch chuing steroid',Gnìomhan Acadamaidh Nàiseanta nan Saidheansan anns na Stàitean Aonaichte, 118(2), td. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng, H. et al. (2022) 'Lìonra Riaghlaidh Cruinneil airson Cur an cèill gine mì-riaghlaichte agus comharran meatabolach neo-àbhaisteach ann an ceallan dìonachd ann am meanbh-àrainneachd Galar Uaighean agus Thyroiditis Hashimoto',Crìochan ann an Immunology, 13, p. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian, H. et al. (2023) ‘Tha tar-sgrìobhadh aon-chealla a’ nochdadh ioma-ghnèitheachd agus freagairtean dìonachd leukocytes às deidh banachdach le Edwardsiella tarda neo-ghnìomhach ann an leòmhann (Paralichthys olivaceus)’,Tuathanas-uisge, 566, p. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
Yu, Y. et al. (2023) ‘Tha photodynamic therapy a’ leasachadh toradh luchd-dìon puing-dìon tro bhith ag ath-dhealbhadh dìonachd an-aghaidh tumhair ann an euslaintich le aillse gastric’,Aillse gastric, 26(5), td. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
