-
Seicheamh RNA nuclei singilte
Tha leasachadh dòighean glacaidh aon-chealla agus togail leabharlainn àbhaisteach, an cois seicheamh àrd-thoradh, air ath-nuadhachadh a dhèanamh air sgrùdaidhean faireachdainn gine aig ìre cealla. Tha an t-adhartas seo a’ ceadachadh mion-sgrùdadh nas doimhne agus nas coileanta a dhèanamh air àireamhan cealla iom-fhillte, a’ faighinn thairis air na crìochan co-cheangailte ri bhith a’ toirt a-steach abairt gine cuibheasach thar gach cealla agus a’ gleidheadh fìor ioma-ghnèitheachd taobh a-staigh nan àireamhan sin. Ged a tha buannachdan do-chreidsinneach aig seicheamh RNA aon-chealla (scRNA-seq), bidh e a’ tighinn tarsainn air dùbhlain ann an cuid de fhigheagan far a bheil e duilich a bhith a’ cruthachadh casg aon-chealla agus feumach air sampallan ùra. Aig BMKGene, bidh sinn a’ dèiligeadh ris a’ chnap-starra seo le bhith a’ tabhann sreath aon-niùclasach RNA (snRNA-seq) a’ cleachdadh an teicneòlas 10X Genomics Chromium as ùire. Tha an dòigh-obrach seo a’ leudachadh an speactram de shamhlaichean a tha comasach air mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh aig ìre aon-chealla.
Tha iomallachd niùclas air a choileanadh tron chip ùr-ghnàthach 10X Genomics Chromium, anns a bheil siostam microfluidics ochd-seanail le slighean dùbailte. Taobh a-staigh an t-siostam seo, tha grìogagan gel a’ toirt a-steach còdan-bàr, primers, enzymes, agus aon niuclas air an cuairteachadh ann an boinneagan ola meud nanoliter, a’ cruthachadh Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Às deidh cruthachadh GEM, bidh lysis cealla agus sgaoileadh còd-barra a’ tachairt taobh a-staigh gach GEM. Mar thoradh air an sin, bidh moileciuilean mRNA a’ faighinn ath-sgrìobhadh air ais gu cDNAn, a’ toirt a-steach còdan-bàr 10X agus Comharran Molecular Sònraichte (UMIs). Bidh na cDNAn sin an uairsin fo smachd togail leabharlainn sreath àbhaisteach, a’ comasachadh sgrùdadh làidir agus farsaing air pròifilean faireachdainn gine aig ìre aon-chealla.
Àrd-ùrlar: 10 × Genomics Chromium agus Illumina NovaSeq Platform
-
Tar-sgrìobhadh Spàsail Genomics Visium 10x
Is e teicneòlas ùr-nodha a th’ ann an transcriptomics spàsail a leigeas le luchd-rannsachaidh sgrùdadh a dhèanamh air pàtrain faireachdainn gine taobh a-staigh figheagan fhad ‘s a tha iad a’ gleidheadh an co-theacsa spàsail aca. Is e aon àrd-ùrlar cumhachdach san raon seo 10x Genomics Visium còmhla ri sreath Illumina. Tha prionnsapal 10X Visium na laighe air sliseag sònraichte le àite glacaidh ainmichte far a bheil earrannan clò air an cur. Anns an raon glacaidh seo tha spotan le còd-barra, gach fear a rèir àite sònraichte taobh a-staigh an stuth. Tha na moileciuilean RNA a chaidh a ghlacadh bhon stuth an uairsin air an ainmeachadh le aithnichearan moileciuil gun samhail (UMIs) tron phròiseas tar-sgrìobhaidh cùil. Tha na spotan còd-barra seo agus UMIan a’ comasachadh mapadh spàsail mionaideach agus tomhas abairt gine aig rùn aon-chealla. Bidh an cothlamadh de shamhlaichean le còd-barra spàsail agus UMIan a’ dèanamh cinnteach gu bheil an dàta a chaidh a chruthachadh ceart agus sònraichte. Le bhith a’ cleachdadh an teicneòlas Spatial Transcriptomics seo, faodaidh luchd-rannsachaidh tuigse nas doimhne fhaighinn air eagrachadh spàsail cheallan agus na h-eadar-obrachaidhean moileciuil iom-fhillte a tha a’ tachairt taobh a-staigh nèapraigean, a’ tabhann seallaidhean luachmhor air na h-innealan a tha mar bhunait air pròiseasan bith-eòlasach ann an grunn raointean, a’ gabhail a-steach oncology, neur-saidheans, bith-eòlas leasachaidh, imdhun-eòlas. , agus sgrùdaidhean luibh-eòlais.
Àrd-ùrlar: 10X Genomics Visium agus Illumina NovaSeq
-
Seicheamh mRNA làn-fhad-Nanopore
Fhad ‘s a tha seicheamh mRNA stèidhichte air NGS na inneal ioma-ghnìomhach airson a bhith a’ tomhas faireachdainn gine, tha a bhith an urra ri leughaidhean goirid a ’cuingealachadh cho èifeachdach sa tha e ann an mion-sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh iom-fhillte. Air an làimh eile, tha seicheamh nanopore a’ cleachdadh teicneòlas fad-leughaidh, a’ comasachadh tar-sgrìobhaidhean mRNA làn-ùine a leantainn. Tha an dòigh-obrach seo a’ comasachadh sgrùdadh coileanta air splicing eile, fusions gine, poly-adenylation, agus tomhas isoforms mRNA.
Tha sreath nanopore, dòigh a tha an urra ri comharran dealain fìor-ùine nanopore aon-moileciuil, a’ toirt seachad toraidhean ann an àm fìor. Air a threòrachadh le pròtanan motair, bidh DNA dà-shreath a’ ceangal ri pròtanan nanopore freumhaichte ann am biofilm, a’ leigeil às fhad ‘s a tha e a’ dol tron t-sianal nanopore fo eadar-dhealachadh bholtachd. Tha na comharran dealain sònraichte air an cruthachadh le diofar bhunaitean air an t-sreath DNA air an lorg agus air an seòrsachadh ann an àm fìor, a’ comasachadh sreath nucleotide neo-mhearachdach agus leantainneach. Tha an dòigh ùr-ghnàthach seo a’ faighinn thairis air crìochan le leughadh goirid agus a’ toirt seachad àrd-ùrlar fiùghantach airson mion-sgrùdadh genomic toinnte, a’ toirt a-steach sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh iom-fhillte, le toraidhean sa bhad.
Àrd-ùrlar: Nanopore PromethION 48
-
Seicheamh mRNA làn-fhad -PacBio
Fhad ‘s a tha seicheamh mRNA stèidhichte air NGS na inneal ioma-ghnìomhach airson a bhith a’ tomhas faireachdainn gine, tha a bhith an urra ri leughaidhean goirid a ’cuingealachadh a bhith ga chleachdadh ann an mion-sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh iom-fhillte. Air an làimh eile, tha sreath PacBio (Iso-Seq) a’ cleachdadh teicneòlas fad-leughaidh, a’ comasachadh tar-sgrìobhaidhean mRNA làn-ùine a leantainn. Tha an dòigh-obrach seo a’ comasachadh sgrùdadh farsaing air splicing eile, fusions gine, agus poly-adenylation. Ach, tha roghainnean eile ann airson tomhas ginealachd mar thoradh air an ìre àrd de dhàta a tha a dhìth. Tha teicneòlas sreathachaidh PacBio an urra ri seicheamh aon-molecule, fìor-ùine (SMRT), a’ toirt buannachd shònraichte ann a bhith a’ glacadh tar-sgrìobhaidhean mRNA làn-ùine. Tha an dòigh ùr-ghnàthach seo a’ toirt a-steach a bhith a’ cleachdadh stuadhan-tonn modh neoni (ZMWs) agus tobraichean microfabricated a leigeas le bhith a’ coimhead ann an àm fìor air gnìomhachd DNA polymerase aig àm an t-sreath. Taobh a-staigh na ZMWn sin, bidh DNA polymerase PacBio a’ co-chur sreathan co-phàirteach de DNA, a’ gineadh leughaidhean fada a tha a’ cuairteachadh tar-sgrìobhaidhean mRNA gu h-iomlan. Bidh gnìomhachd PacBio ann am modh sreathachaidh Co-aonta Cearcallach (CCS) ag àrdachadh cruinneas le bhith a’ leantainn an aon mholacile a-rithist. Tha cruinneas aig na leughaidhean HiFi a chaidh a chruthachadh an coimeas ri NGS, a’ cur tuilleadh ri mion-sgrùdadh coileanta agus earbsach air feartan tar-sgrìobhaidh iom-fhillte.
Àrd-ùrlar: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Seicheamh mRNA eukaryotic-NGS
Tha òrdugh mRNA, teicneòlas ioma-ghnìomhach, a’ toirt cumhachd do phròifil coileanta a dhèanamh air a h-uile tar-sgrìobhadh mRNA taobh a-staigh cheallan fo chumhachan sònraichte. Leis na tagraidhean farsaing aige, tha an inneal ùr-nodha seo a’ nochdadh pròifilean faireachdainn gine toinnte, structaran gine, agus uidheamachdan moileciuil co-cheangailte ri pròiseasan bith-eòlasach eadar-mheasgte. Air a chleachdadh gu farsaing ann an rannsachadh bunaiteach, breithneachadh clionaigeach, agus leasachadh dhrogaichean, tha sreath mRNA a’ toirt sealladh dhuinn air iom-fhillteachd daineamaigs cealla agus riaghladh ginteil, a’ togail feòrachas mu a chomas ann an grunn raointean.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Sequencing-NGS mRNA neo-iomradh
Tha òrdugh mRNA a’ toirt cumhachd do phròifil coileanta a dhèanamh air a h-uile tar-sgrìobhadh mRNA taobh a-staigh cheallan fo chumhachan sònraichte. Tha an teicneòlas ùr-nodha seo a’ frithealadh mar inneal làidir, a’ nochdadh pròifilean faireachdainn gine toinnte, structaran gine, agus uidheamachdan moileciuil co-cheangailte ri pròiseasan bith-eòlasach eadar-mheasgte. Air a chleachdadh gu farsaing ann an rannsachadh bunaiteach, breithneachadh clionaigeach, agus leasachadh dhrogaichean, tha sreath mRNA a’ toirt sealladh dhuinn air iom-fhillteachd daineamaigs cealla agus riaghladh ginteil.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Long Neo-chòdachadh Sequencing-Illumina
Tha RNAn neo-chòdachadh fada (lncRNAn) nas fhaide na 200 nucleotides aig a bheil glè bheag de chomas còdaidh agus a tha nam prìomh eileamaidean taobh a-staigh RNA neo-chòdachadh. Air a lorg anns a’ niuclas agus an cytoplasm, tha pàirt deatamach aig na RNAn sin ann an riaghladh epigenetic, tar-sgrìobhaidh, agus iar-tar-sgrìobhaidh, a’ daingneachadh cho cudromach sa tha iad ann a bhith a’ cumadh phròiseasan ceallach is moileciuil. Tha seicheamh LncRNA na inneal cumhachdach ann an eadar-dhealachadh cealla, Ontogenesis, agus galairean daonna.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq
-
Seicheamh RNA beag-Illumina
Tha moileciuilean beaga RNA (sRNA), a’ toirt a-steach microRNAs (miRNAn), RNAn eadar-theachd beaga (siRNAs), agus RNAn eadar-ghnìomhach piwi (piRNAs). Nam measg sin, tha miRNAn, timcheall air 18-25 nucleotides fada, gu sònraichte sònraichte airson na prìomh dhleastanasan riaghlaidh aca ann an grunn phròiseasan cealla. Le pàtrain faireachdainn sònraichte agus ìre-ìre, tha miRNAn a’ taisbeanadh glèidhteachas àrd thar diofar ghnèithean.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq
-
CircRNA Sequencing-Illumina
Is e seicheamh cearcallach RNA (circRNA-seq) ìomhaigh agus sgrùdadh a dhèanamh air RNAn cruinn, clas de mholacilean RNA a bhios a’ cruthachadh lùban dùinte mar thoradh air tachartasan splicing neo-chananach, a’ toirt barrachd seasmhachd don RNA seo. Fhad ‘s a chaidh sealltainn gu bheil cuid de circRNAn mar spongan microRNA, a’ leantainn microRNAn agus gan casg bho bhith a ’riaghladh na mRNAn targaid aca, faodaidh circRNAn eile eadar-obrachadh le pròtanan, atharrachadh faireachdainn gine, no dreuchdan a bhith aca ann am pròiseasan cealla. Tha mion-sgrùdadh abairt circRNA a’ toirt seachad seallaidhean air dreuchdan riaghlaidh nam moileciuilean sin agus an cudromachd ann an grunn phròiseasan cealla, ìrean leasachaidh, agus suidheachaidhean galair, a’ cur ri tuigse nas doimhne air iom-fhillteachd riaghladh RNA ann an co-theacsa abairt gine.
-
Seicheamh tar-sgrìobhaidh slàn - Illumina
Tha sreath tar-sgrìobhaidh slàn a’ tabhann dòigh-obrach coileanta airson a bhith a’ dèanamh ìomhaigh de mholacilean RNA eadar-mheasgte, a’ gabhail a-steach còdadh (mRNA) agus RNAn neo-chòdadh (lncRNA, circRNA, agus miRNA). Bidh an dòigh seo a’ glacadh an tar-sgrìobhaidh iomlan de cheallan sònraichte aig àm sònraichte, a’ toirt cothrom airson tuigse iomlan air pròiseasan cealla. Canar cuideachd “sreath iomlan RNA,” tha e ag amas air lìonraidhean riaghlaidh toinnte fhoillseachadh aig ìre tar-sgrìobhaidh, a’ comasachadh mion-sgrùdadh domhainn leithid RNA endogenous farpaiseach (ceRNA) agus mion-sgrùdadh RNA còmhla. Tha seo a’ comharrachadh a’ chiad cheum a dh’ionnsaigh caractar gnìomh, gu sònraichte ann a bhith a’ fuasgladh nan lìonraidhean riaghlaidh anns a bheil eadar-obrachaidhean ceRNA stèidhichte air circRNA-miRNA-mRNA.
