-
Genomics coimeasach
Tha genomics coimeasach a’ toirt a-steach sgrùdadh agus coimeas air na sreathan agus na structaran genome gu lèir am measg diofar ghnèithean. Tha an raon seo a’ feuchainn ri mean-fhàs gnèithean fhoillseachadh, gnìomhan gine a dhì-chòdachadh, agus dòighean riaghlaidh ginteil a shoilleireachadh le bhith a’ comharrachadh structaran agus eileamaidean sreath glèidhte no eugsamhail thar diofar fhàs-bheairtean. Tha sgrùdadh genomics coimeasach farsaing a’ toirt a-steach mion-sgrùdaidhean leithid teaghlaichean gine, leasachadh mean-fhàs, tachartasan dùblachadh làn-genome, agus buaidh cuideaman roghnach.
-
Gintinneachd mean-fhàs
Tha àrd-ùrlar anailis ginteil sluaigh agus mean-fhàs air a stèidheachadh air bunait eòlas mòr a chruinnich taobh a-staigh sgioba R&D BMK airson bhliadhnaichean. Tha e na inneal furasta a chleachdadh gu sònraichte dha luchd-rannsachaidh nach eil gu mòr an sàs ann am bioinformatics. Tha an àrd-ùrlar seo a’ comasachadh mion-sgrùdadh bunaiteach co-cheangailte ri gintinneachd mean-fhàsach a’ toirt a-steach togail chraobhan phylogenetic, mion-sgrùdadh eas-chothromachd ceangail, measadh iomadachd ginteil, mion-sgrùdadh sguab roghnach, mion-sgrùdadh dàimh, PCA, mion-sgrùdadh structar sluaigh, msaa.
-
Seanadh Genome Stèidhichte Hi-C
Is e dòigh a th’ ann an Hi-C a chaidh a dhealbhadh gus rèiteachadh chromosome a ghlacadh le bhith a’ cothlamadh eadar-obrachaidhean stèidhichte air faisg air làimh agus sreath àrd-threabhaidh. Thathas a’ creidsinn gu bheil dian nan eadar-obrachaidhean sin co-cheangailte gu h-àicheil ri astar fiosaigeach air cromosoman. Mar sin, thathas a’ cleachdadh dàta Hi-C gus cruinneachadh, òrdachadh agus stiùireadh sreathan cruinnichte ann an dreach genome a stiùireadh agus an fheadhainn sin a cheangal air àireamh sònraichte de chromosomes. Tha an teicneòlas seo a’ toirt cumhachd do cho-chruinneachadh genoma aig ìre chromosome às aonais mapa ginteil stèidhichte air àireamh-sluaigh. Feumaidh gach genoma Hi-C.
-
Seicheamh Genome Lusan / Ainmhidhean De Novo
De Novotha seicheamhachadh a’ toirt iomradh air togail genoma gnè iomlan a’ cleachdadh teicneòlasan sreathachaidh às aonais genoma iomraidh. Tha toirt a-steach agus gabhail farsaing de shreath treas ginealach, le leughaidhean nas fhaide, air cur gu mòr ri co-chruinneachadh genome le bhith a’ meudachadh an tar-tharraing eadar leughaidhean. Tha an àrdachadh seo gu sònraichte iomchaidh nuair a thathar a’ dèiligeadh ri genomes dùbhlanach, leithid an fheadhainn a tha a’ nochdadh heterozygosity àrd, co-mheas àrd de roinnean ath-aithris, polyploids, agus roinnean le eileamaidean ath-aithris, susbaint GC neo-àbhaisteach, no iom-fhillteachd àrd a tha mar as trice air an cruinneachadh gu dona le bhith a’ cleachdadh sreathan le leughadh goirid. aonar.
Tha am fuasgladh aon-stad againn a’ toirt seachad seirbheisean sreathachaidh amalaichte agus mion-sgrùdadh bith-fiosrachaidh a lìbhrigeas genoma àrd-inbhe de novo cruinnichte. Tha sgrùdadh genome tùsail le Illumina a’ toirt seachad tuairmsean air meud agus iom-fhillteachd genome, agus tha am fiosrachadh seo air a chleachdadh gus an ath cheum de shreath fhada-leughaidh a stiùireadh le PacBio HiFi, air a leantainn lean-diughco-chruinneachadh contigs. Tha cleachdadh co-chruinneachadh HiC às deidh sin a’ comasachadh na contigs a cheangal ris an genoma, a’ faighinn co-chruinneachadh ìre chromosome. Mu dheireadh, tha an genoma air a chomharrachadh le ro-innse gine agus le bhith a’ leantainn ghinean air an cur an cèill, a’ cleachdadh tar-sgrìobhaidhean le leughaidhean goirid is fada.
-
Seicheamh Duine Iomlan Exome
Thathas ag aithneachadh gu farsaing gu bheil seicheamhachadh daonna slàn (hWES) mar dhòigh seicheamhan cosg-èifeachdach agus cumhachdach airson a bhith a’ comharrachadh mùthaidhean a dh’ adhbhraicheas galair. A dh 'aindeoin nach eil ann ach mu 1.7% den genoma gu lèir, tha àite deatamach aig exons le bhith a' nochdadh gu dìreach ìomhaigh gnìomhan pròtain iomlan. Gu sònraichte, anns an genoma daonna, tha còrr air 85% de mhùthaidhean co-cheangailte ri galairean a’ nochdadh taobh a-staigh roinnean còdaidh pròtain. Tha BMKGENE a’ tabhann seirbheis sreath coileanta agus sùbailte daonna iomlan le dà ro-innleachd glacaidh exon eadar-dhealaichte rim faighinn gus diofar amasan rannsachaidh a choileanadh.
-
Seicheamh bloigh Meudaichte le Locus Sònraichte (SLAF-Seq)
Tha genotyping àrd-thoradh, gu sònraichte air àireamhan mòra, na cheum bunaiteach ann an sgrùdaidhean co-cheangail ginteil agus a’ toirt bunait ginteil airson lorg gine gnìomh, mion-sgrùdadh mean-fhàs, msaa.Sreath Genome Riochdachaidh Lùghdaichte (RRGS)gu tric air a chleachdadh anns na sgrùdaidhean sin gus cosgais sreathachaidh gach sampall a lughdachadh fhad ‘s a chumas e èifeachdas reusanta ann an lorg comharran ginteil. Bidh RRGS a’ coileanadh seo le bhith a’ cnàmh DNA le enzyman cuibhreachaidh agus a’ cuimseachadh air raon meud criomag sònraichte, mar sin a’ leantainn dìreach bloigh den genoma. Am measg nan diofar dhòighean-obrach RRGS, tha Seicheamh Fragment Meudaichte Sònraichte-Locus (SLAF) na dhòigh-obrach gnàthaichte agus àrd-inbhe. Tha an dòigh seo, air a leasachadh gu neo-eisimeileach le BMKGene, a’ dèanamh an fheum as fheàrr den enzyme cuibhreachaidh a chaidh a shuidheachadh airson a h-uile pròiseact. Bidh seo a’ dèanamh cinnteach gun tèid àireamh shusbainteach de tagaichean SLAF a ghineadh (400-500 bps roinnean den genome air an òrdugh) a tha air an sgaoileadh gu co-ionnan air feadh an genoma fhad ‘s a tha iad gu h-èifeachdach a’ seachnadh roinnean ath-aithris, agus mar sin a’ dearbhadh an lorg comharran ginteil as fheàrr.
-
Leabharlannan Illumina a chaidh a dhèanamh ro-làimh
Tha teicneòlas sreath Illumina, stèidhichte air Sequencing by Synthesis (SBS), na ùr-ghnàthachadh NGS air a ghabhail a-steach air feadh na cruinne, le uallach airson còrr air 90% de dhàta seicheamhan an t-saoghail a ghineadh. Tha prionnsapal SBS a’ toirt a-steach a bhith a’ dèanamh ìomhaigh de luchd-crìochnachaidh reversible le bileagan flùraiseach mar a thèid gach dNTP a chur ris, agus an uairsin air a ghlanadh gus leigeil leis an ath bhunait a thoirt a-steach. Leis na ceithir dNTPan ceangailte ri ceann-uidhe a ghabhas tionndadh an làthair anns gach cearcall sreathachaidh, bidh farpais nàdurrach a’ lughdachadh claonadh corprachaidh. Tha an teicneòlas ioma-ghnìomhach seo a’ toirt taic do leabharlannan aon-leughaidh agus càraid, a’ frithealadh air raon de thagraidhean genomic. Tha comasan àrd-thrèanaidh Illumina agus mionaideachd ga shuidheachadh mar chlach-oisinn ann an rannsachadh genomics, a’ toirt cumhachd do luchd-saidheans faighinn a-mach iom-fhillteachd genomes le mion-fhiosrachadh agus èifeachdas gun choimeas.
Tha an t-seirbheis sreathachaidh leabharlainn ro-rinn againn a’ toirt comas do luchd-ceannach leabharlannan sreath ullachadh bho dhiofar thùsan (mRNA, genome slàn, amplicon, leabharlannan 10x, am measg feadhainn eile). Às deidh sin, faodar na leabharlannan sin a chuir gu na h-ionadan sreathachaidh againn airson smachd càileachd agus sreath ann an àrd-ùrlaran Illumina.
