-
Seicheamh metagenomic -NGS
Tha metagenome na chruinneachadh de stuth ginteil iomlan de choimhearsnachd mheasgaichte de fhàs-bheairtean, leithid metagenomes àrainneachd agus daonna. Tha genomes ann de meanbh-fhàs-bheairtean àiteach agus neo-àiteach. Tha seicheamh metagenomic gunna-gunna le NGS a’ comasachadh sgrùdadh a dhèanamh air na cruthan-tìre genomic toinnte sin a tha freumhaichte ann an sampallan àrainneachd le bhith a’ toirt seachad barrachd air pròifil tacsonomaigeach, a’ toirt seachad seallaidhean granular cuideachd air iomadachd gnè, daineamaigs pailteas, agus structaran sluaigh iom-fhillte. A bharrachd air sgrùdaidhean tacsonomaigeach, tha metagenomics gunna-gunna cuideachd a’ tabhann sealladh genomics gnìomh, a’ comasachadh sgrùdadh a dhèanamh air ginean còdaichte agus na dreuchdan tomadach aca ann am pròiseasan eag-eòlasach. Mu dheireadh, tha stèidheachadh lìonraidhean co-dhàimh eadar eileamaidean ginteil agus factaran àrainneachd a’ cur ri tuigse iomlan air an eadar-chluich toinnte eadar coimhearsnachdan microbial agus an cùl-raon eag-eòlasach. Ann an co-dhùnadh, tha seicheamh metagenomic a’ seasamh mar inneal fìor chudromach airson a bhith a’ faighinn a-mach iom-fhillteachd genomic choimhearsnachdan microbial eadar-mheasgte, a’ soilleireachadh nan dàimhean ioma-thaobhach eadar gintinneachd agus eag-eòlas taobh a-staigh nan eag-shiostaman iom-fhillte sin.
Àrd-ùrlaran: Illumina NovaSeq agus DNBSEQ-T7
-
Seicheamh metagenomic-TGS
Tha metagenome na chruinneachadh de stuth ginteil coimhearsnachd mheasgaichte de fhàs-bheairtean, leithid metagenomes àrainneachd agus daonna. Tha genomes ann de meanbh-fhàs-bheairtean àiteach agus neo-àiteach. Tha seicheamh metagenomic a’ comasachadh sgrùdadh a dhèanamh air na cruthan-tìre genomic toinnte sin a tha freumhaichte ann an sampallan eag-eòlasach le bhith a’ toirt seachad barrachd air ìomhaigh tacsonomaigeach. Bidh e cuideachd a’ tabhann sealladh genomics gnìomh le bhith a’ sgrùdadh nan ginean còdaichte agus na dreuchdan tomadach aca ann am pròiseasan àrainneachd. Ged a chaidh dòighean-obrach gunna-gunna traidiseanta le seicheamh Illumina a chleachdadh gu farsaing ann an sgrùdaidhean metagenomic, tha teachd an t-sreath fhada Nanopore agus PacBio air an raon atharrachadh. Bidh teicneòlas Nanopore agus PacBio ag adhartachadh mion-sgrùdaidhean bith-fiosrachaidh sìos an abhainn, gu sònraichte co-chruinneachadh metagenome, a’ dèanamh cinnteach à co-chruinneachaidhean nas leantainneach. Tha aithisgean a’ nochdadh gu bheil metagenomics stèidhichte ann an Nanopore agus PacBio air genomes bactaraidh coileanta agus dùinte a chruthachadh bho meanbh-chuileagan iom-fhillte (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Tha a bhith ag amalachadh leughaidhean Nanopore le Illumina a’ toirt seachad dòigh-obrach ro-innleachdail airson ceartachadh mhearachdan, a’ lughdachadh neo-mhearachdachd gnèitheach Nanopore. Bidh an cothlamadh synergistic seo a’ luathachadh neartan gach àrd-ùrlar sreathachaidh, a’ tabhann fuasgladh làidir gus faighinn thairis air crìochan a dh’ fhaodadh a bhith ann agus ag adhartachadh mionaideachd agus earbsachd mion-sgrùdaidhean metagenomic.
Àrd-ùrlar: Nanopore PromethION 48, Illumia agus PacBio Refio
-
Sreath làn genome bisulfite (WGBS)
Tha Seicheamhachadh Genome Bisulfite Iomlan (WGBS) na sheasamh mar dhòigh-obrach inbhe òir airson sgrùdadh domhainn air methylation DNA, gu sònraichte an còigeamh suidheachadh ann an cytosine (5-mC), riaghlaiche bunaiteach air faireachdainn gine agus gnìomhachd cealla. Tha am prionnsapal a tha mar bhunait air WGBS a’ toirt a-steach làimhseachadh bisulfite, a’ toirt a-steach tionndadh cytosines neo-mhìnichte gu uracil (C gu U), agus aig an aon àm a’ fàgail cytosines methylated gun atharrachadh. Tha an dòigh seo a’ tabhann rùn aon-bhunait, a’ leigeil le luchd-rannsachaidh sgrùdadh coileanta a dhèanamh air methylome agus faighinn a-mach pàtrain methylation neo-àbhaisteach co-cheangailte ri diofar shuidheachaidhean, gu sònraichte aillse. Le bhith a’ cleachdadh WGBS, faodaidh luchd-saidheans seallaidhean gun choimeas fhaighinn air cruthan-tìre methylation air feadh genome, a’ toirt seachad tuigse adhartach air na h-innealan epigenetic a tha mar bhunait air pròiseasan agus galairean bith-eòlasach eadar-mheasgte.
-
Assay airson Chromatin Transposase-ruigsinneach le Seicheamh Àrd Trochur (ATAC-seq)
Tha ATAC-seq na dhòigh sreathachaidh àrd-toraidh a thathar a’ cleachdadh airson mion-sgrùdadh ruigsinneachd chromatin air feadh genome. Tha cleachdadh a’ toirt seachad tuigse nas doimhne air na dòighean iom-fhillte a th’ aig smachd epigenetic cruinneil air faireachdainn gine. Bidh an dòigh a’ cleachdadh transposase Tn5 hyperactive gus roinnean chromatin fosgailte a bhriseadh agus a tagadh le bhith a’ cuir a-steach innealan-atharrachaidh seicheamh. Mar thoradh air leudachadh PCR às deidh sin cruthaichear leabharlann seicheamhan, a leigeas le bhith a’ comharrachadh roinnean chromatin fosgailte gu farsaing fo chumhachan sònraichte ùine-fànais. Tha ATAC-seq a’ toirt sealladh coileanta de chruthan-tìre chromatin ruigsinneach, eu-coltach ri modhan a tha a’ cuimseachadh gu sònraichte air làraich ceangail factar tar-sgrìobhaidh no roinnean sònraichte air an atharrachadh le histone. Le bhith a’ cur nan roinnean chromatin fosgailte sin ann an òrdugh, tha ATAC-seq a’ nochdadh roinnean a tha nas dualtaich sreathan riaghlaidh gnìomhach agus làraich ceangail factar tar-sgrìobhaidh a dh’fhaodadh a bhith ann, a’ tabhann seallaidhean luachmhor air atharrachadh fiùghantach abairt gine thar an genoma.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Tha na ginean rRNA 16S agus 18S, còmhla ris an roinn In-Transcribed Spacer (ITS), a’ frithealadh mar chomharran lorgan-meòir moileciuil deatamach mar thoradh air a’ chothlamadh aca de roinnean làn-ghlèidhte agus hyper-caochlaideach, gan dèanamh nan innealan luachmhor airson a bhith a’ comharrachadh fàs-bheairtean prokaryotic agus eukaryotic. Tha leudachadh agus òrdugh nan roinnean sin a’ tabhann dòigh-obrach gun aonaranachd airson a bhith a’ sgrùdadh co-dhèanamh microbial agus iomadachd thar diofar eag-shiostaman. Ged a tha sreath Illumina mar as trice ag amas air roinnean goirid ioma-chaochlaideach leithid V3-V4 de 16S agus ITS1, chaidh a dhearbhadh gu bheil e comasach an comharrachadh tacsonomaigeach adhartach a choileanadh le bhith a’ cur an òrdugh fad 16S, 18S, agus ITS. Tha an dòigh-obrach fharsaing seo a’ ciallachadh gu bheil ceudadan nas àirde de shreathan air an seòrsachadh gu ceart, a’ coileanadh ìre de rùn a tha a’ leudachadh gu comharrachadh ghnèithean. Tha an àrd-ùrlar sreathachaidh Real-Time Molecule Single-Molecule (SMRT) aig PacBio a’ seasamh a-mach le bhith a’ toirt seachad leughaidhean fada fìor cheart (HiFi) a tha a’ còmhdach na h-amplicons làn-fhaid, a’ farpais ri mionaideachd sreath Illumina. Leigidh an comas seo le luchd-rannsachaidh buannachd gun samhail fhaighinn - sealladh farsaing den chruth-tìre ginteil. Tha an còmhdach leudaichte gu mòr ag àrdachadh an rùn ann an comharrachadh gnè, gu sònraichte taobh a-staigh coimhearsnachdan bacteriach no fungach, a’ toirt cothrom do thuigse nas doimhne fhaighinn air iom-fhillteachd àireamhan microbial.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Tha sreathadh Amplicon le teicneòlas Illumina, gu sònraichte ag amas air comharran ginteil 16S, 18S, agus ITS, na dhòigh chumhachdach airson a bhith a’ faighinn a-mach am phylogeny, tacsonamaidh, agus pailteas ghnèithean taobh a-staigh coimhearsnachdan microbial. Tha an dòigh-obrach seo a’ toirt a-steach a bhith a’ cumail rian air na roinnean hypervariable de chomharran ginteil cumail-taighe. Air a thoirt a-steach an toiseach mar lorgan-meòir moileciuil leWoeses et alann an 1977, tha an dòigh seo air pròifil microbiome ath-nuadhachadh le bhith a’ comasachadh mion-sgrùdaidhean gun aonaranachd. Tro òrdugh 16S (bacteria), 18S (fungas), agus In-Transcribed Spacer (ITS, fungasan), faodaidh luchd-rannsachaidh chan e a-mhàin gnèithean pailt a chomharrachadh ach cuideachd gnèithean tearc agus neo-aithnichte. Air a chleachdadh gu farsaing mar inneal cudthromach, tha seicheamh amplicon air a thighinn gu bhith na mheadhan air a bhith ag aithneachadh cumaidhean microbial eadar-dhealaichte thar àrainneachdan eadar-mheasgte, a’ toirt a-steach beul an duine, caolan, stòl, agus nas fhaide air falbh.
-
Ath-sheicheamh genoma slàn bacteriach is fungas
Tha pròiseactan ath-sheicheamh genome slàn bacteriach agus fungach air leth cudromach airson a bhith ag adhartachadh genomaigs microbial le bhith a’ comasachadh genomes microbial a chrìochnachadh agus a choimeas. Bidh seo a’ comasachadh innleadaireachd coipeadh, optimachadh phròiseasan gnìomhachais, agus sgrùdadh air slighean metabolism àrd-sgoile. A bharrachd air an sin, tha ath-rianachd fungasan is bacterial deatamach airson a bhith a’ tuigsinn atharrachadh àrainneachd, a’ dèanamh an fheum as fheàrr de shreathan, agus a’ nochdadh daineamaigs mean-fhàs ginteil, le builean farsaing ann an leigheas, àiteachas agus saidheans àrainneachd.
-
PacBio-Làn-fhaid 16S/18S/ITS Amplicon sreath
Tha àrd-ùrlar Amplicon (16S / 18S / ITS) air a leasachadh le bliadhnaichean de eòlas ann am mion-sgrùdadh pròiseact iomadachd microbial, anns a bheil mion-sgrùdadh bunaiteach àbhaisteach agus mion-sgrùdadh pearsanaichte: tha mion-sgrùdadh bunaiteach a’ còmhdach susbaint mion-sgrùdadh prìomh-shruthach de sgrùdadh microbial gnàthach, tha susbaint an anailis beairteach agus farsaing, agus tha toraidhean anailis air an taisbeanadh ann an cruth aithisgean pròiseict; Tha susbaint mion-sgrùdadh pearsanaichte eadar-dhealaichte. Faodar sampaill a thaghadh agus faodar paramadairean a shuidheachadh gu sùbailte a rèir an aithisg sgrùdaidh bunaiteach agus adhbhar an rannsachaidh, gus riatanasan pearsanaichte a thoirt gu buil. Siostam-obrachaidh Windows, sìmplidh agus luath.
-
Tar-sgrìobhadh Làn-fhaid PacBio (Gun iomradh)
A’ gabhail dàta seicheachaidh Isoform Pacific Biosciences (PacBio) mar chur-a-steach, bidh an App seo comasach air sreathan tar-sgrìobhaidh làn-fhaid a chomharrachadh (às aonais co-chruinneachadh). Le bhith a’ mapadh sreathan làn-fhaid an aghaidh genoma iomraidh, faodar tar-sgrìobhaidhean a bharrachadh le ginean aithnichte, tar-sgrìobhaidhean, roinnean còdaidh, msaa. Anns a’ chùis seo, faodar comharrachadh nas cinntiche de structaran mRNA, leithid splicing eile, msaa. Tha co-sgrùdadh le dàta sreathaidh tar-sgrìobhaidh NGS a’ comasachadh comharrachadh nas coileanta agus tomhas nas cruinne ann an abairt aig ìre tar-sgrìobhaidh, a tha gu ìre mhòr na bhuannachd do mhìneachadh eadar-dhealaichte sìos an abhainn agus mion-sgrùdadh gnìomh.
-
Seicheamhachadh Bisulfite Riochdachaidh Lùghdaichte (RRBS)
Tha Seicheamhachadh Bisulfite Riochdachaidh Lùghdaichte (RRBS) air nochdadh mar roghainn cosg-èifeachdach agus èifeachdach an àite Seicheamhachadh Bisulfite Genome Iomlan (WGBS) ann an rannsachadh methylation DNA. Fhad ‘s a tha WGBS a’ toirt seachad seallaidhean farsaing le bhith a ’sgrùdadh an genoma gu lèir aig rùn aon bhunait, faodaidh a chosgais àrd a bhith na fheart cuibhrichte. Bidh RRBS gu ro-innleachdail a’ lasachadh an dùbhlain seo le bhith a’ dèanamh anailis roghnach air cuibhreann riochdachail den genoma. Tha am modh-obrach seo an urra ri bhith a’ beairteachadh roinnean beairteach eileanach CpG le sgoltadh MspI agus an uairsin taghadh meud de chriomagan 200-500/600 bps. Mar thoradh air an sin, chan eil ach roinnean a tha faisg air eileanan CpG ann an òrdugh, agus tha an fheadhainn le eileanan CpG fad às air an dùnadh a-mach às an anailis. Tha am pròiseas seo, còmhla ri seicheamh bisulfite, a’ ceadachadh lorg àrd-rèiteachaidh air DNA methylation, agus tha an dòigh sreathachaidh, PE150, ag amas gu sònraichte air cinn nan cuir a-steach seach a’ mheadhan, ag àrdachadh èifeachdas pròifil methylation. Tha an RRBS na inneal luachmhor a bheir comas do sgrùdadh methylation DNA a tha èifeachdach a thaobh cosgais agus a bheir air adhart eòlas air uidheamachdan epigenetic.
-
Seicheamh RNA prokaryotic
Tha seicheamh RNA a’ toirt cumhachd do phròifil coileanta a dhèanamh air a h-uile tar-sgrìobhadh RNA taobh a-staigh cheallan fo chumhachan sònraichte. Tha an teicneòlas ùr-nodha seo a’ frithealadh mar inneal làidir, a’ nochdadh pròifilean faireachdainn gine toinnte, structaran gine, agus uidheamachdan moileciuil co-cheangailte ri pròiseasan bith-eòlasach eadar-mheasgte. Air a chleachdadh gu farsaing ann an rannsachadh bunaiteach, breithneachadh clionaigeach, agus leasachadh dhrogaichean, tha sreath RNA a’ toirt sealladh dhuinn air iom-fhillteachd daineamaigs cealla agus riaghladh ginteil. Tha ar giullachd sampall RNA prokaryotic air a dhealbhadh gu sònraichte airson tar-sgrìobhaidhean prokaryotic, a’ toirt a-steach ìsleachadh rRNA agus ullachadh leabharlainn stiùiridh.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq
-
Seicheamh metatranscriptome
Le bhith a’ cleachdadh teicneòlas seicheamhachaidh Illumina, tha seirbheis seicheamh metatranscriptome BMKGENE a’ nochdadh an abairt ginealachd fiùghantach de raon farsaing de mhicroban, a’ spangachadh eukaryotes gu prokaryotes agus bhìorasan, taobh a-staigh àrainneachdan nàdarra leithid ùir, uisge, muir, stòl, agus an gut. Tha an t-seirbheis coileanta againn a’ toirt cumhachd do luchd-rannsachaidh sgrùdadh a dhèanamh air pròifilean faireachdainn ginealach iomlan choimhearsnachdan microbial. A bharrachd air mion-sgrùdadh tacsonomaigeach, tha an t-seirbheis seicheamh metatranscriptome againn a’ comasachadh sgrùdadh air beairteas gnìomh, a’ tilgeil solas air ginean a tha air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte agus na dreuchdan aca. Faigh a-mach beairteas de lèirsinnean bith-eòlasach fhad ‘s a bhios tu a’ seòladh na cruthan-tìre iom-fhillte de mhìneachadh gine, iomadachd tacsonomaigeach, agus daineamaigs gnìomh taobh a-staigh nan raointean àrainneachd eadar-mheasgte sin.
-
Co-chruinneachadh Genome Fungal ùr
Tha BMKGENE a’ tabhann fhuasglaidhean ioma-ghnìomhach airson genomes fungach, a’ frithealadh air feumalachdan rannsachaidh eadar-mheasgte agus iomlanachd genome a tha thu ag iarraidh. Le bhith a’ cleachdadh sreathan Illumina le leughadh goirid leis fhèin leigidh sin dreach genome a chruthachadh. Tha leughaidhean goirid agus sreathan le leughadh fada a’ cleachdadh Nanopore no Pacbio air an cur còmhla airson genoma fungas nas grinne le contigs nas fhaide. A bharrachd air an sin, le bhith ag amalachadh sreath Hi-C ag àrdachadh na comasan, a’ comasachadh genoma iomlan aig ìre chromosome a choileanadh.
