-
Eadar-obrachadh Chromatin stèidhichte air Hi-C
Is e dòigh a th’ ann an Hi-C a chaidh a dhealbhadh gus rèiteachadh genomic a ghlacadh le bhith a’ cothlamadh eadar-obrachaidhean stèidhichte air faisg air làimh agus sreath àrd-threabhaidh. Tha an dòigh-obrach stèidhichte air chromatin crosslinking le formaldehyde, air a leantainn le cnàmhadh agus ath-ligation ann an dòigh nach bi ach pìosan a tha ceangailte gu covalent a chruthachadh stuthan ligation. Le bhith a’ leantainn nan toraidhean ligation sin, tha e comasach sgrùdadh a dhèanamh air eagrachadh 3D an genoma. Tha Hi-C a’ comasachadh sgrùdadh a dhèanamh air cuairteachadh earrannan den genoma a tha air am pacadh gu aotrom (roinnean A, euchromatin) agus nas dualtaiche a bhith gnìomhach ann an tar-sgrìobhadh, agus na roinnean a tha air am pacadh nas teann (roinnean B, Heterochromatin). Faodar Hi-C a chleachdadh cuideachd gus Fearann Topologically Co-cheangailte (TADs) a chomharrachadh, roinnean den genoma aig a bheil structaran fillte agus a tha dualtach pàtrain faireachdainn co-chosmhail a bhith aca, agus gus lùban chromatin, roinnean DNA a tha air acair còmhla le pròtanan agus a tha. gu tric beairteach ann an eileamaidean riaghlaidh. Tha seirbheis seicheamhachaidh Hi-C BMKGene a’ toirt cumhachd do luchd-rannsachaidh sgrùdadh a dhèanamh air meudan spàsail genomics, a’ fosgladh slighean ùra gus riaghladh genome a thuigsinn agus a’ bhuaidh a th’ aige air slàinte is galair.
-
Sequence Immunoprecipitation Chromatin (ChIP-seq)
Tha Immunoprecipitation Chromatin (CHIP) na dhòigh-obrach a bhios a’ luathachadh antibodies gus beairteachadh pròtainean ceangailte ri DNA agus na targaidean genomics co-fhreagarrach aca. Tha an aonachadh le NGS a’ comasachadh cunntas a thoirt air feadh genome air targaidean DNA co-cheangailte ri atharrachadh histone, factaran tar-sgrìobhaidh, agus pròtanan eile a tha ceangailte ri DNA. Tha an dòigh-obrach fiùghantach seo a’ comasachadh coimeas a dhèanamh eadar làraich ceangail thar diofar sheòrsaichean cealla, maothran, no suidheachaidhean. Tha tagraidhean ChIP-Seq a’ dol bho bhith a’ sgrùdadh riaghladh tar-sgrìobhaidh agus slighean leasachaidh gu bhith a’ soilleireachadh uidheamachdan galair, ga fhàgail na inneal riatanach airson cruthan-tìre riaghlaidh genomic a thuigsinn agus seallaidhean teirpeach adhartachadh.
Àrd-ùrlar: Illumina NovaSeq
-
Sreath làn genome bisulfite (WGBS)
Tha Seicheamhachadh Genome Bisulfite Iomlan (WGBS) na sheasamh mar dhòigh-obrach inbhe òir airson sgrùdadh domhainn air methylation DNA, gu sònraichte an còigeamh suidheachadh ann an cytosine (5-mC), riaghlaiche bunaiteach air faireachdainn gine agus gnìomhachd cealla. Tha am prionnsapal a tha mar bhunait air WGBS a’ toirt a-steach làimhseachadh bisulfite, a’ toirt a-steach tionndadh cytosines neo-mhìnichte gu uracil (C gu U), agus aig an aon àm a’ fàgail cytosines methylated gun atharrachadh. Tha an dòigh seo a’ tabhann rùn aon-bhunait, a’ leigeil le luchd-rannsachaidh sgrùdadh coileanta a dhèanamh air methylome agus faighinn a-mach pàtrain methylation neo-àbhaisteach co-cheangailte ri diofar shuidheachaidhean, gu sònraichte aillse. Le bhith a’ cleachdadh WGBS, faodaidh luchd-saidheans seallaidhean gun choimeas fhaighinn air cruthan-tìre methylation air feadh genome, a’ toirt seachad tuigse adhartach air na h-innealan epigenetic a tha mar bhunait air pròiseasan agus galairean bith-eòlasach eadar-mheasgte.
-
Assay airson Chromatin Transposase-ruigsinneach le Seicheamh Àrd Trochur (ATAC-seq)
Tha ATAC-seq na dhòigh sreathachaidh àrd-toraidh a thathar a’ cleachdadh airson mion-sgrùdadh ruigsinneachd chromatin air feadh genome. Tha cleachdadh a’ toirt seachad tuigse nas doimhne air na dòighean iom-fhillte a th’ aig smachd epigenetic cruinneil air faireachdainn gine. Bidh an dòigh a’ cleachdadh transposase Tn5 hyperactive gus roinnean chromatin fosgailte a bhriseadh agus a tagadh le bhith a’ cuir a-steach innealan-atharrachaidh seicheamh. Mar thoradh air leudachadh PCR às deidh sin cruthaichear leabharlann seicheamhan, a leigeas le bhith a’ comharrachadh roinnean chromatin fosgailte gu farsaing fo chumhachan sònraichte ùine-fànais. Tha ATAC-seq a’ toirt sealladh coileanta de chruthan-tìre chromatin ruigsinneach, eu-coltach ri modhan a tha a’ cuimseachadh gu sònraichte air làraich ceangail factar tar-sgrìobhaidh no roinnean sònraichte air an atharrachadh le histone. Le bhith a’ cur nan roinnean chromatin fosgailte sin ann an òrdugh, tha ATAC-seq a’ nochdadh roinnean a tha nas dualtaich sreathan riaghlaidh gnìomhach agus làraich ceangail factar tar-sgrìobhaidh a dh’fhaodadh a bhith ann, a’ tabhann seallaidhean luachmhor air atharrachadh fiùghantach abairt gine thar an genoma.
-
Seicheamhachadh Bisulfite Riochdachaidh Lùghdaichte (RRBS)
Tha Seicheamhachadh Bisulfite Riochdachaidh Lùghdaichte (RRBS) air nochdadh mar roghainn cosg-èifeachdach agus èifeachdach an àite Seicheamhachadh Bisulfite Genome Iomlan (WGBS) ann an rannsachadh methylation DNA. Fhad ‘s a tha WGBS a’ toirt seachad seallaidhean farsaing le bhith a ’sgrùdadh an genoma gu lèir aig rùn aon bhunait, faodaidh a chosgais àrd a bhith na fheart cuibhrichte. Bidh RRBS gu ro-innleachdail a’ lasachadh an dùbhlain seo le bhith a’ dèanamh anailis roghnach air cuibhreann riochdachail den genoma. Tha am modh-obrach seo an urra ri bhith a’ beairteachadh roinnean beairteach eileanach CpG le sgoltadh MspI agus an uairsin taghadh meud de chriomagan 200-500/600 bps. Mar thoradh air an sin, chan eil ach roinnean a tha faisg air eileanan CpG ann an òrdugh, agus tha an fheadhainn le eileanan CpG fad às air an dùnadh a-mach às an anailis. Tha am pròiseas seo, còmhla ri seicheamh bisulfite, a’ ceadachadh lorg àrd-rèiteachaidh air DNA methylation, agus tha an dòigh sreathachaidh, PE150, ag amas gu sònraichte air cinn nan cuir a-steach seach a’ mheadhan, ag àrdachadh èifeachdas pròifil methylation. Tha an RRBS na inneal luachmhor a bheir comas do sgrùdadh methylation DNA a tha èifeachdach a thaobh cosgais agus a bheir air adhart eòlas air uidheamachdan epigenetic.
