Mapa teas
Bidh an inneal Heatmap a’ gabhail ri faidhle dàta matrix mar chur-a-steach agus a’ leigeil le luchd-cleachdaidh dàta a shìoladh, a dhèanamh àbhaisteach agus a chruinneachadh. Is e a’ phrìomh chùis cleachdaidh airson mapaichean teas mion-sgrùdadh brabhsair air ìre faireachdainn gine eadar diofar shamhlaichean.
Mìneachadh gine
Bidh an inneal Gene Annotation a’ coileanadh notaichean gine stèidhichte air co-thaobhadh sreath de fhaidhlichean FASTA cuir a-steach an aghaidh diofar stòran-dàta.
Inneal Sgrùdaidh Co-thaobhadh Ionadail Bunasach (BLAST)
Tha an inneal BLAST na dhreach aonaichte BMKCloud de NCBI BLAST agus faodar a chleachdadh gus na h-aon ghnìomhan a choileanadh a’ cleachdadh dàta a chaidh a luchdachadh suas gu cunntas BMKCloud.
Ro-innse CDS_UTR
Tha an inneal ro-innse CDS_UTR air a dhealbhadh gus ro-innse roinnean còdaidh (CDS) agus roinnean neo-còdaidh (UTR) ann an sreathan tar-sgrìobhaidh sònraichte stèidhichte air toraidhean BLAST an aghaidh stòran-dàta pròtain aithnichte agus builean ro-innse ORF.
Cuilbheart Manhattan
Tha inneal Manhattan Plot a’ comasachadh deuchainnean sampall àrd a thaisbeanadh agus tha e air a chleachdadh gu cumanta ann an sgrùdaidhean comainn genome-wide (GWAS).
Sgeama Circos
Tha inneal Diagram CIRCOS a’ toirt seachad sealladh èifeachdach air mar a tha feart genomic air a chuairteachadh air feadh an genoma. Tha feartan cumanta a’ toirt a-steach loci cainneachdail, SNPn, InDels, caochlaidhean àireamh structarail agus leth-bhreac.
Saibhreachadh Gene Ontology (GO).
Tha an inneal GO Enrichment a’ toirt seachad mion-sgrùdadh beairteachaidh gnìomh. Is e am prìomh bhathar-bog san inneal seo am pasgan TopGO-Bioconductor, a tha a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte, mion-sgrùdadh beairteachaidh GO agus fradharc nan toraidhean.
Mion-sgrùdadh Lìonra Co-labhairt Gine le Cuideam (WGCNA)
Tha WGCNA na dhòigh mèinnearachd dàta air a chleachdadh gu farsaing airson modalan co-labhairt gine a lorg. Tha e buntainneach ri diofar sheata dàta faireachdainn a’ toirt a-steach microarray agus dàta faireachdainn gine NGS.
InterProScan
Tha an inneal InterProScan a’ toirt seachad mion-sgrùdadh agus seòrsachadh sreath pròtain InterPro.
GO KEGG Saibhreas
Tha an inneal beairteas GO KEGG air a dhealbhadh gus histogram beairteas GO a ghineadh, histogram beairteas KEGG agus slighe beairteachaidh KEGG stèidhichte air seata gine a chaidh a thoirt seachad agus nota co-fhreagarrach.