Seicheamh genoma slàn planntrais / ainmhidhean
Feartan seirbheis
● Faodaidh ullachadh leabharlainn a bhith àbhaisteach no gun PCR
● Ri fhaighinn ann an 4 àrd-ùrlaran sreathachaidh: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, no PacBio Refio.
● Mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail le fòcas air lorg caochlaidhean: SNP, InDel, SV agus CNV
Buannachdan seirbheis
●Eòlas farsaing agus clàran foillseachaidh: Tha eòlas cruinnichte ann an sreath genome airson còrr air 1000 gnè air leantainn gu còrr air 1000 cùis foillsichte le feart buaidh tionalach de chòrr air 5000.
●Mion-sgrùdadh Bioinformatics coileanta: A’ toirt a-steach gairm atharrachaidh agus nota gnìomh.
● Taic Post-reic:Tha ar dealas a’ leudachadh nas fhaide na crìoch a’ phròiseict le ùine seirbheis 3-mìosan às deidh reic. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann seiseanan leanmhainn pròiseict, cuideachadh fuasgladh cheistean, agus seiseanan Q&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
●Annotation coileanta: Bidh sinn a’ cleachdadh grunn stòran-dàta gus na ginean a chomharrachadh le caochlaidhean comharraichte agus an sgrùdadh beairteachaidh co-fhreagarrach a dhèanamh, a’ toirt seachad seallaidhean air ioma-phròiseactan rannsachaidh.
Sònrachaidhean seirbheis
| Caochlaidhean ri chomharrachadh | Ro-innleachd sreathach | Doimhneachd air a mholadh |
| SNP agus InDel | Illumina NovaSeq PE150 no MGI T7 | 10x |
| SV agus CNV (nach eil cho ceart) | 30x | |
| SV agus CNV (nas cruinne) | Prom Nanopore P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV agus CNV | PacBio Revio | 10x |
Sampall Riatanasan
| Snàthaid no aigéid nucleic air an toirt a-mach | Illumina / MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Viscera bheathaichean | 0,5-1 g | ≥ 3.5 g
| ≥ 3.5 g
| ||
| Muscle ainmhidh | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Fuil Mamaidh | 1.5 mL | ≥ 0.5 mL
| ≥ 5 mL
| ||
| Eòin/Fhuil èisg | ≥ 0.1 mL
| ≥ 0.5 mL
| |||
| Lusan - Fresh Leaf | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Ceallan Cultarach |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Stuth bog biastag / neach fa leth | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA air a thoirt a-mach
| Meudachadh: ≥ 1 ng/ µL Meud: ≥ 30 ng Cuingichte no gun truailleadh no truailleadh
| dùmhlachd Suim
OD260/280
OD260/230
Cuingichte no gun truailleadh no truailleadh
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg / cealla sruthadh / sampall
1.7-2.2
≥1.5 | dùmhlachd Suim
OD260/280
OD260/230
Cuingichte no gun truailleadh no truailleadh | ≥ 50 ng/ µL 10 µg / cealla sruthadh / sampall
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Ag ullachadh leabharlainn gun PCR: dùmhlachd ≥ 40 ng/ µL Meud ≥ 500 ng | |||||
Sruth Obrach Seirbheis
Eisimpleir lìbhrigeadh
às-tharraing DNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Lìbhrigeadh dàta
A’ toirt a-steach an anailis a leanas:
- Smachd càileachd dàta amh
- Staitistig co-thaobhadh ri genome iomraidh
- Aithneachadh caochladair: SNP, InDel, SV agus CNV
- Mìneachadh gnìomh air caochlaidhean
Staitistigean co-thaobhadh ri genoma iomraidh - cuairteachadh doimhneachd sreath
SNP a’ gairm am measg iomadh sampall
Comharrachadh InDel - staitistig air an fhad InDel ann an roinn CDS agus an roinn genome air feadh
Sgaoileadh caochlaideach air feadh an genoma - cuilbheart Circos
Mìneachadh gnìomh de ghinean le caochlaidhean comharraichte - Gene Ontology
Chai, Q. et al. (2023) ‘A glutathione S-transferase GhTT19 a’ dearbhadh pigmentation petal fhlùraichean tro bhith a’ riaghladh cruinneachadh anthocyanin ann an cotan’, Plant Biotechnology Journal, 21 (2), td. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Tha genome fiadhaich Hevea brasiliensis aig ìre chromosome a' toirt seachad innealan ùra airson briodadh le taic genomic agus loci luachmhor gus toradh rubair àrdachadh', Plant Biotechnology Journal, 21(5), td. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) ‘Genome of the inbhir eisirean a’ toirt sealladh dhuinn air buaidh gnàth-shìde agus plastachd atharrachail’, Biology Conaltraidh 2021 4: 1, 4(1), td. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Tha mion-sgrùdadh air atharrachaidhean genome agus methylation ann an cearcan dùthchasach Sìneach thar ùine a' toirt sealladh air glèidhteachas gnè', Biology Conaltraidh, 5(1), td. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
