Fuasgladh mRNA làn-fhad PacBio 2+3
Feartan
● Dealbhadh sgrùdaidh:
Sampall cruinn air a leantainn le PacBio gus isoforms tar-sgrìobhaidh a chomharrachadh
Sampaill air leth (ath-riochdachadh agus cumhaichean ri dhearbhadh) air an leantainn leNGS gus abairt tar-sgrìobhaidh a thomhas
● Sreath PacBio ann am modh CCS, a’ gineadh leughaidhean HiFi
● Seicheamhan nan tar-sgrìobhaidhean fad-ùine
● Chan eil mion-sgrùdadh a' cur feum air genoma iomraidh; ge-tà, faodaidh e bhith air a chleachdadh
● Tha mion-sgrùdadh bith-fhiosrachail a’ toirt a-steach chan e a-mhàin faireachdainn aig ìre gine agus isoform ach cuideachd mion-sgrùdadh air lncRNA, fusions gine, poly-adenylation, agus structar gine
Buannachdan
● Àrd Cruinneas: Bidh HiFi a’ leughadh le mionaideachd> 99.9% (Q30), an coimeas ri NGS
● Mion-sgrùdadh Splicing Eile: le bhith a’ leantainn a h-uile tar-sgrìobhadh a’ comasachadh comharrachadh agus comharrachadh isoform.
● Cothlamadh de neartan PacBio agus NGS: a’ comasachadh àireamhachadh faireachdainn aig ìre isoform, a’ nochdadh atharrachadh a dh’ fhaodadh a bhith air fhalach nuair a thathar a’ dèanamh anailis air an abairt gine gu lèir
● Eòlas farsaing: le eachdraidh de bhith a’ crìochnachadh còrr air 1100 pròiseact tar-sgrìobhaidh làn-ùine PacBio agus a’ giullachd còrr air 2300 sampall, tha an sgioba againn a’ toirt beairteas de eòlas do gach pròiseact.
● Taic Post-Sales: tha ar dealas a’ leudachadh nas fhaide na crìoch a’ phròiseict le ùine seirbheis 3-mìosan às deidh reic. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann leanmhainn pròiseict, cuideachadh fuasgladh cheistean, agus seiseanan Q&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathach | Dàta air a mholadh | Smachd Càileachd |
| Leabharlann mRNA CCS beairteach aig PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A beairteachadh | Illumina airson PE 150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nucleotides
|
| Conc.(ng/μl) | Suim (μg) | Purity | Ionracas |
| Leabharlann Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pròtain cuibhrichte no gun truailleadh DNA air a nochdadh air gel. | Airson lusan: RIN≥4.0; Do bheathaichean: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuingealaichte no gun a bhith ann |
| Leabharlann PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pròtain cuibhrichte no gun truailleadh DNA air a nochdadh air gel. | Lusan: RIN≥7.5 Beathaichean: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuingealaichte no gun a bhith ann |
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container: tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Eisimpleir bileagan: Buidheann + ath-riochdachadh me A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Gluasad:
1. Tioram-deigh:Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan agus air an tiodhlacadh ann an deigh thioram.
2. Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhach RNA (me RNAstable®) agus a chuir a-steach aig teòthachd an t-seòmair.
A’ toirt a-steach an anailis a leanas:
Smachd càileachd dàta amh
Mion-sgrùdadh Polyadenylation Eile (APA)
Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhadh fusion
Mion-sgrùdadh Splicing Eile
A’ comharrachadh mion-sgrùdadh Universal Single-copy Orthologs (BUSCO).
Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh nobhail: ro-innse air sreathan còdaidh (CDS) agus notaichean gnìomh
Mion-sgrùdadh lncRNA: ro-innse lncRNA agus targaidean
Aithneachadh MicroSatelite (SSR)
Mion-sgrùdadh air tar-sgrìobhaidhean air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte (DETs).
Mion-sgrùdadh Genes air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte (DEGs).
Nota gnìomh de DEGs agus DETs
Mion-sgrùdadh BUSCO
Mion-sgrùdadh Splicing Eile
Mion-sgrùdadh Polyadenylation Eile (APA)
Ginean air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte (DEGs) agus tar-sgrìobhaidhean (mion-sgrùdadh DETs9
Lìonraidhean eadar-obrachaidh protein-protein de DETs agus DEGs
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a chaidh a dhèanamh le sreath mRNA làn-fhad BMKGene PacBio 2 + 3 tro chruinneachadh de fhoillseachaidhean curanta.
Chao, Q. et al. (2019) 'Dynamics leasachaidh an tar-sgrìobhaidh gas Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), td. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Atharrachaidhean fiùghantach ann an susbaint searbhag ascorbic rè leasachadh mheasan agus ath-bhreithneachadh Actinidia latifolia (Bàrr measan beairteach le Ascorbate) agus na Innealan Molecular Co-cheangailte’, Iris Eadar-nàiseanta nan Saidheansan Molecular, 23 (10), td. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Ro-innse èifeachdach air ginean slighe biosynthetic an sàs ann am polyphyllins bith-ghnìomhach ann am polyphylla Paris', Bith-eòlas Conaltraidh 2022 5: 1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038 / s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Mion-sgrùdadh Co-cheangailte PacBio Iso-Seq agus Illumina RNA-Seq air an Tar-sgrìobhadh Tuta absoluta (Meyrick) agus Cytochrome P450 Genes', biastagan, 14(4), td. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) ‘Sgrùdadh air iom-fhillteachd tar-sgrìobhaidh a’ cleachdadh mion-sgrùdadh fìor-ùine aon-moileciuil PacBio còmhla ri sreath Illumina RNA airson tuigse nas fheàrr air biosynthesis searbhag ricinoleic ann an Ricinus communis’, BMC Genomics, 20(1), td. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
