Sequencing-NGS mRNA neo-iomradh
Feartan
● Glacadh poly mRNA ro ullachadh leabharlainn
● Neo-eisimeileach bho genoma iomraidh sam bith: stèidhichte air co-chruinneachadh de novo de ath-sgrìobhaidhean, a’ gineadh liosta de unigenes a tha air an comharrachadh le grunn stòran-dàta (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Mion-sgrùdadh bioinformatics coileanta air faireachdainn gine agus structar tar-sgrìobhaidh
Buannachdan seirbheis
●Eòlas farsaing: le eachdraidh air a bhith a’ giullachd còrr air 600,000 sampall aig BMKGENE, a’ spangachadh diofar sheòrsaichean sampall leithid cultaran cealla, maothran, agus lionntan bodhaig, tha an sgioba againn a’ toirt beairteas de eòlas do gach pròiseact. Tha sinn air còrr air 100,000 pròiseact mRNA-Seq a dhùnadh gu soirbheachail ann an grunn raointean rannsachaidh.
●Smachd càileachd teann: bidh sinn a’ cur an gnìomh prìomh phuingean-smachd thar gach ìre, bho ullachadh sampall is leabharlainn gu sreathachadh agus bith-fhiosrachadh. Tha an sgrùdadh mionaideach seo a’ dèanamh cinnteach gun tèid toraidhean àrd-inbhe a lìbhrigeadh gu cunbhalach.
● Annotation coileanta: bidh sinn a’ cleachdadh grunn stòran-dàta gus na Ginean a tha air an cur an cèill gu h-eadar-dhealaichte (DEGn) a chomharrachadh agus an sgrùdadh beairteachaidh co-fhreagarrach a dhèanamh, a’ toirt seachad seallaidhean air na pròiseasan ceallach is moileciuil a tha mar bhunait don fhreagairt tar-sgrìobhaidh.
●Taic Post-reic: tha ar dealas a’ leudachadh nas fhaide na crìoch a’ phròiseict le ùine seirbheis 3-mìosan às deidh reic. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann seiseanan leanmhainn pròiseict, cuideachadh fuasgladh cheistean, agus seiseanan Q&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
| Leabharlann | Ro-innleachd sreathach | Dàta air a mholadh | Smachd Càileachd |
| Poly A beairteachadh | Illumina airson PE 150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Sampall Riatanasan:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Suim (μg) | Purity | Ionracas |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Pròtain cuibhrichte no gun truailleadh DNA air a nochdadh air gel. | Airson lusan: RIN≥4.0; Do bheathaichean: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; àrdachadh bun-loidhne cuingealaichte no gun a bhith ann |
● Lusan:
Root, gas no peatal: 450 mg
Duilleag no sìol: 300 mg
Toradh: 1,2 g
● beathach:
HEart no intestinal: 300 mg
Viscera no Brain: 240 mg
Meud: 450 mg
Cnàmhan, falt no craiceann: 1g
● Artrapod:
biastagan: 6g
Crustacea: 300 mg
● Fuil slàn: 1 tiùb
● ceallan: 106 ceallan
Lìbhrigeadh sampall air a mholadh
Container: tiùb centrifuge 2 ml (chan eilear a’ moladh foil staoin)
Bileag sampaill: Buidheann + ath-riochdachadh me A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Gluasad:
1. Dry-deigh: Feumaidh sampaill a bhith air am pacadh ann am pocannan agus air an tiodhlacadh ann an deigh tioram.
2. Tiùban RNAstable: Faodar sampallan RNA a thiormachadh ann an tiùb seasmhach RNA (me RNAstable®) agus a chuir a-steach aig teòthachd an t-seòmair.
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Eisimpleir lìbhrigeadh
às-tharraing RNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
Bith-fiosrachadh
Co-chruinneachadh tar-sgrìobhaidh agus taghadh unigene
Iomradh gun samhail
Sampall co-dhàimh agus measadh air mac-samhail bith-eòlasach
Ginean air an cur an cèill gu eadar-dhealaichte (DEGs)
Mìneachadh gnìomh de DEGs
Meudachadh gnìomh de DEGs
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a tha air an cuideachadh le seirbheisean seicheamh mRNA eukaryotic NGS BMKGene tro chruinneachadh de fhoillseachaidhean curanta.
Shen, F. et al. (2020) ‘Co-chruinneachadh de novo transcriptome agus faireachdainn gine gnè-leònach ann an gonads Amur catfish (Silurus asotus)’, Genomics, 112(3), td. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh air metabolism sucrose rè sèid nam bulbaichean agus leasachadh ann an uinneanan (Allium cepa L.)', Crìochan ann an Saidheans Lusan, 7 (Sultain), td. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo Co-chruinneachadh, caractar agus nota airson an tar-sgrìobhadh de Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Tha mion-sgrùdadh de novo transcriptome a' toirt sealladh dhuinn air fulangas salainn Podocarpus macrophyllus fo chuideam saillteachd', BMC Plant Biology, 21(1), td. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
