mRNA-seq (NGS) le genoma iomraidh

mRNA-seq (NGS) le genoma iomraidh

Tha RNA-seq na inneal àbhaisteach thar saidheansan beatha agus bàrr, a’ dùnadh a’ bheàirn eadar genomes agus proteomes. Tha neart aige ann a bhith a’ lorg tar-sgrìobhaidhean ùra agus a’ tomhas an dòigh-labhairt ann an aon assay. Tha e air a chleachdadh gu farsaing airson sgrùdaidhean tar-sgrìobhaidh coimeasach, a’ tilgeil solas air ginean co-cheangailte ri diofar fheartan no phenotypes, leithid a bhith a’ dèanamh coimeas eadar mutants agus seòrsaichean fiadhaich no a’ nochdadh faireachdainn gine fo chumhachan sònraichte. Tha BMKCloud mRNA (Iomradh) APP a’ toirt a-steach tomhas faireachdainn, mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte (DEG), agus mion-sgrùdadh structar sreath a-steach don loidhne-phìoban bioinformatics mRNA-seq (NGS) agus a ’cothlamadh neartan bathar-bog coltach ris, a’ dèanamh cinnteach à goireasachd agus càirdeas luchd-cleachdaidh. Faodaidh luchd-cleachdaidh an dàta RNA-seq aca a luchdachadh suas chun sgòth, far a bheil an App a’ tabhann fuasgladh anailis bith-fhiosrachail coileanta, aon-stad. A bharrachd air an sin, tha e a’ toirt prìomhachas do eòlas teachdaiche, a’ tabhann gnìomhachd pearsanaichte a rèir feumalachdan sònraichte luchd-cleachdaidh. Faodaidh luchd-cleachdaidh crìochan a shuidheachadh agus misean na loidhne-phìoban a chuir a-steach leotha fhèin, sgrùdadh a dhèanamh air an aithisg eadar-ghnìomhach, coimhead air dàta / diagraman agus mèinneadh dàta iomlan, leithid: taghadh gine targaid, cruinneachadh gnìomh, diagramadh, msaa.

Toraidhean demo

Mèinneadh dàta

Feum air in-mhalairt

Prìomh mion-sgrùdadh

Iomradh

Toraidhean demo

Mèinneadh dàta

Feum air in-mhalairt

Àrd-ùrlar:Illumina, MGI
Ro-innleachd:RNA-Seq
Cruth: Dàta pàighte, glan.
Seòrsa leabharlainn:fr-unstranded, fr-firststrand or fr-secondstrand
Fad leughaidh:150 bp
Seòrsa faidhle:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz or *.fq.gz. Bidh an siostampaidhir na faidhlichean .fastq gu fèin-obrachail a rèir an ainmean faidhle,me *_1.fastq air a chàradh le *._2.fastq.
Àireamh de shamhlaichean:Chan eil bacadh sam bith air an àireamhde shamhlaichean, ach meudaichidh an ùine sgrùdaidh mar an àireamh desampaill a’ fàs.
An t-suim dàta a thathar a’ moladh:6G gach sampall

Prìomh mion-sgrùdadh

Na prìomh innealan mion-sgrùdadh agus bioinformatics de mRNA-seq (Iomradh)tha loidhne-phìoban mar a leanas:

1. Smachd Càileachd Rawdata:

•Thoir air falbh sreathan de chàileachd ìosal, sreathan adapter,msaa;

•Innealan: loidhne-phìoban leasaichte a-staigh;

2. Co-thaobhadh dàta ri genoma iomraidh:

•A' co-thaobhadh leughaidhean le algairim mothachail air splice an aghaidh angenome iomraidh.

•Innealan:EACHDRAIDH, samtools

3. Leabharlann càileachd mion-sgrùdadh:

•Cuir a-steach mion-sgrùdadh faid, mion-sgrùdadh sùghaidh sreath, msaa;

•Innealan:samtools;

4. Mion-sgrùdadh structar sreath:

• Mion-sgrùdadh splicing eile, optimization structar gine,ro-innse ginealach ùr, msaa;

•Innealan:StringTie, gff coimeas, GATK,DIAMHACH, InterProScan, agusHMMER.

5. Mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte:

• Sgrionadh DEG, mion-sgrùdadh co-dhàimh, gnìomhbeairteas;

•Diofar thoraidhean lèirsinn;

•RleSEGseq, DÌ2, ggplot 2, DEXSeq

Iomradh

1. Kim, Daehwan et al. “Co-thaobhadh genoma stèidhichte air graf agusgenotyping le HISAT2 agus HISAT-genotype.”NàdarBith-theicneòlas37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron et al. “An t-Inneal Mion-sgrùdadh Genome: aMapReduce frèam airson mion-sgrùdadh DNA an ath ghinealachdàta sreathach."Rannsachadh genome20 9 (2010): 1297-303 .

3. Li, Heng et al. “An cruth Co-thaobhadh Seicheamh/Mapa agusSAMtools.”Bith-fiosrachadh25 (2009): 2078 - 2079 .

4. Perțea, Mihaela et al. “Tha StringTie a’ comasachadh leasachadhath-thogail de transcriptome bho leughaidhean RNA-seq."NàdarBith-theicneòlas33 (2015): 290-295.

5. Gràdh, Mìcheal I. et al. “Tuairmse meadhanach air atharrachadh fillte agussgapadh airson dàta RNA-seq le DESeq2.”GenomeBith-eòlas15 (2014): n. duilleag.

6. Eddy, Sean R.. “Pròifil Luathaichte Rannsachadh HMM.”PLoS Bith-eòlas coimpiutaireachd7 (2011): n. duilleag.

mRNA-seq (NGS) le genoma iomraidh

mRNA-seq (NGS) le genoma iomraidh

faigh cuòt

Cuir do theachdaireachd thugainn: