EVOLUTION GENOME, PANGENOME
Dè a th’ ann am Pan-genome?
Tha fianais cruinnichte a’ sealltainn gum faod eadar-dhealachadh mòr eadar diofar sheòrsan de ghnè. Tha aon genoma fada bho bhith gu leòr airson an dealbh iomlan fhaighinn de fhiosrachadh ginteil aon ghnè. Is e adhbhar sgrùdadh Pan-genome graf genomic nas coileanta fhaighinn de ghnè agus na dàimhean eadar feartan agus còdan ginteil a dhì-chòdachadh le bhith a’ dèanamh co-chruinneachadh genome de novo de ghrunn shreathan, a leigeas le mèinneadh nas doimhne agus nas fharsainge de na caochlaidhean.
Claonaidhean de Sgrùdadh Pan-genome
Figear 1 Na gluasadan ann am pàipearan rannsachaidh foillsichte de Pan-genome.
Nota: Tha am figear a’ sealltainn toradh bho bhith a’ gabhail “pan-genome” mar am prìomh fhacal airson tiotalan artaigilean a chaidh fhoillseachadh ann an irisean sreath Nature, Cell and Science a sgrùdadh
a. Tha leughaidhean bho ioma-shampall air an aon rèir ri iomradh agus tha feadhainn neo-cheangailte air an cruinneachadh ann an contigs ùra. Le bhith a’ cur nan contigs nobhail sin ris an t-sreath iomraidh thùsail, faodar iomradh pangenome a thogail. Tha roinnean so-ruigsinneach air an co-dhùnadh stèidhichte air mapadh a h-uile leughadh air ais chun pangenome.
b. Tha co-chruinneachadh de novo de genomes ioma-inntrigidh a’ ceadachadh dòighean-obrach co-thaobhadh genome slàn gus roinnean genomic so-ruigsinneach a chomharrachadh.
c. Faodar graf pan-genome a thogail bho cho-thaobhadh genome slàn no le co-chruinneachadh graf de novo, a bhios gu h-èifeachdach a’ stòradh fiosrachadh caochlaideach mu roinnean so-ruigsinneach mar shlighean gun samhail tron ghraf.
Ciamar a thogail Pan-genome?
Figear 2 Coimeas de dhòighean-obrach pan-genome1
a. Tha leughaidhean bho ioma-shampall air an aon rèir ri iomradh agus tha feadhainn neo-cheangailte air an cruinneachadh ann an contigs ùra. Le bhith a’ cur nan contigs nobhail sin ris an t-sreath iomraidh thùsail, faodar iomradh pangenome a thogail. Tha roinnean so-ruigsinneach air an co-dhùnadh stèidhichte air mapadh a h-uile leughadh air ais chun pangenome.
b. Tha co-chruinneachadh de novo de genomes ioma-inntrigidh a’ ceadachadh dòighean-obrach co-thaobhadh genome slàn gus roinnean genomic so-ruigsinneach a chomharrachadh.
c. Faodar graf pan-genome a thogail bho cho-thaobhadh genome slàn no le co-chruinneachadh graf de novo, a bhios gu h-èifeachdach a’ stòradh fiosrachadh caochlaideach mu roinnean so-ruigsinneach mar shlighean gun samhail tron ghraf.
Pan-genomes a chaidh fhoillseachadh o chionn ghoirid
● èigneachadh pan-genomes2
● Pan-genomes tomato 3
● Rice Pan -genome4
● Pan-genome lus na grèine5
● Soybean Pan-genome 6
● Rice Pan-genome7
● Pan-genome eòrna8
● Cruithneachd Pan-genome9
● Sorghum Pan-genome10
● Phytoplancton Pan-genome11
Iomradh
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Is e pan-genomes lusan an t-iomradh ùr. Lusan Nat. 2020; 6(8):914-920. doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Òran JM, Guan Z, Hu J, et al. Tha ochd genomes àrd-inbhe a’ nochdadh ailtireachd pan-genome agus eadar-dhealachadh ecotype de Brassica napus. Lusan Nat. 2020; 6(1):34-45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al. Bidh am pan-genome tomato a’ lorg ginean ùra agus allele tearc a bhios a’ riaghladh blas mheasan. Nat Genet. 2019;51(6):1044-1051. doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al. Tha mion-sgrùdadh pan-genome a’ soilleireachadh ìre an eadar-dhealachaidh genomic ann an rus àitich agus fiadhaich [ceartachadh foillsichte a’ nochdadh ann an Nat Genet. 2018 Lùnastal; 50(8):1196]. Nat Genet. 2018; 50(2): 278-284. doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al. Tha mion-sgrùdadh pan-genome lus na grèine a’ sealltainn gun do dh’ atharraich tar-chur susbaint gine agus strì an aghaidh ghalaran. Lusan Nat. 2019; 5(1):54-62. doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al. Pan-genome de phònairean soighe fiadhaich agus àiteach. cill. 2020; 182(1): 162-176.e13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al. Tha mion-sgrùdadh pan-genome de 33 inntrigidhean rus eadar-mheasgte gu ginteil a’ nochdadh atharrachaidhean genomic falaichte [foillsichte air-loidhne ron chlò, 2021 May 25]. cill. 2021;S0092-8674(21)00581-X. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al. Tha pan-genome an eòrna a’ nochdadh dìleab falaichte gintinn mùthaidh. Nàdar. 2020; 588(7837): 284-289. doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al. Tha ioma genome cruithneachd a’ nochdadh atharrachadh cruinneil ann am briodadh an latha an-diugh. Nàdar. 2020; 588(7837): 277-283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al. Atharrachadh mòr taobh a-staigh an genoma sorghum àitich agus fiadhaich [foillsichte air-loidhne ro chlò-bhualadh, 2021 Cèitean 20]. Lusan Nat. 2021; 10.1038 / s41477-021-00925-x. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, et al. Tha pangenome phytoplankton a’ nochdadh gluasad gine còmhnard prokaryotic farsaing de ghnìomhan eadar-mheasgte. Sci Adv. 2020; 6(18):eaba0111. Air fhoillseachadh 2020 Giblean 29. doi: 10.1126/sciadv.aba0111
Ùine puist: Faoilleach-04-2022