Seanadh genome stèidhichte hi-C.
Tha Hi-C na dhòigh air a dhealbhadh gus rèiteachadh chromomosome a ghlacadh le bhith a 'cothlamadh eadar-obrachadh stèidhichte air probing agus sequencing troimhe-chèile. Thathas a 'creidsinn gu bheil dian nan eadar-obrachaidhean sin àicheil le astar corporra air chromosoman. Mar sin, thèid dàta Hi-C a chleachdadh gus an cruinneachadh, òrdachadh, agus a bhith a 'stiùireadh sreathan cruinnichte ann an dreachd deenome agus a' toirt barraireachd dhaibhsan air grunn chromosoman. Bidh an teicneòlas seo a 'toirt buaidh air co-chruinneachadh genome àrd-ìre às aonais mapa gineatach stèidhichte air sluagh. Feumaidh a h-uile genome hi-c.
Feartan seirbheis
● SgequeNrings air illumina novaseq le PE150.
● Feumaidh seirbheis sampaill stuth a thoirt a-mach, an àite a bhith air an toirt a-mach, gu tar-cheangal le Formaldhydy agus a ghleidheadh eadar-obrachadh DNA-pròbaill.
● Bidh an deuchainn hi-C a 'toirt a-steach càradh na h-àrsaidh steigeach le biotin, air a leantainn le cuairteachadh a' bhlàth a thàinig às a dhèidh agus a 'gleidheadh na h-eadar-obrachadh. Tha an DNA an uairsin air a shlaodadh sìos le grìogagan Streptavidin agus air an glanadh airson ullachadh Leabharlann às deidh sin.
Buannachdan Seirbheis
Sealladh farsaing air Hi-C.
(Lyberman-Aiden e et al.,Saidheans, 2009)
●A 'cur às don fheum air dàta sluaigh gineadach:Hi-C Woodsitutes Am fiosrachadh riatanach a dh 'fheumar airson atchinging a' tighinn.
●Dùmhlachd àrd:Tha a bhith a 'leantainn gu co-mheas àrd-chruinne a' cumail a-mach os cionn 90%.
●Clàran farsaing agus clàran foillseachaidh:Tha eòlas mòr aig BMKgene le barrachd air 2000 cùis de sheanadh genome Hi-C bho 1000 gnè eadar 1000 diofar ghnè agus grunn pheutantan. Tha e cudromach do chuid de chùisean foillsichte còrr air 2000 cùis fhoillseachadh.
●Sgioba biopaicications fìor sgileil:Le buidhnean-dearbhaidh a-staigh agus leth-bhreac-loidhne airson deuchainnean Hi-C agus Mion-sgrùdadh Dàta, tha am bathar-bog deuchainn fèin-leasaichte a 'toirt comas do bhloc làimhe a thacadh, ath-thionndadh, a thionndadh, a dhaingneachadh.
●Taic às dèidh reic:Tha ar dealas a 'leudachadh taobh a-muigh crìochnachaidh pròiseact le ùine seirbheis 3-mìosan. Aig an àm seo, tha sinn a 'tabhann ceuman air a' phròiseact, a 'cur-neartachadh taic, agus Q & Q & Seiseanan gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
●Bonotation coileanta: Bidh sinn a 'cleachdadh grunn stòran-dàta gus na ginean le atharrachaidhean ainmichte a tha a' cur ris agus dèan an mion-sgrùdadh as beairtiche co-ionann, a 'toirt seachad seallaidhean air grunn phròiseactan rannsachaidh.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Ullachadh leabharlainn | Ro-innleachd SequeNroming | Toradh dàta a thathar a 'moladh | Smachd Càileachd |
| Leabharlann Hi-C. | Illumina novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Riatanasan sampaill
| Clò | An t-suim riatanach |
| Viscera bheathaichean | ≥ 2 g |
| Fèith bheathaichean | |
| Fuil mamalan | ≥ 2 ml |
| Fala cearcan / èisg | |
| Duilleag-planntrais ùr | ≥ 3 g |
| Ceallan cultarach | ≥ 1x107 |
| Biastag | ≥ 2 g |
Sruth obair seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Lìbhrigeadh sampaill
Togail leabharlainn
SequeNrings
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh a reic
1) dàta amh QC
2) Leabharlann Hi-C QC: A 'tuairmse de dh' eadar-obrachadh dligheach Hi-C dligheach
3) Hi-C Seansaidheachd: Tha cruinneachadh de chruinneachaidhean ann am buidhnean, air a leantainn le condig òrdugh taobh a-staigh gach buidheann agus a 'sònrachadh stiùireadh contig
4) A 'luachadh Hi-C.
Leabharlann Hi-C QC - A 'dèanamh tuairmse de phaidhrichean eadar-dhealachaidh dligheach Hi-C
Co-chruinneachadh hi-c - staitistig
Measadh iar-chruinneachadh - Heart of Messity of Messity eadar bionaichean
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean cruinneachaidh Hi-C Hibagene tro chruinneachadh foillseachaidhean le brosnachadh BMKgene.
Tian, T. et al. (2023) 'genome co-chruinneachadh agus mì-thoileachas ginte de ghermplasm dìonach air mac-ciùil 2023 55: 3, 55-506. doi: 10.1038 / S41588-023-012971297-y.
Wang, zl et al. (2020) 'co-chruinneachadh sgèile na h-aingidh Àisianach Apis Crena Cenome', crìochan gu gintinneachd, 11, td. 524140. DOI: 10.3389 / fgene.2020.00279 / bibtex.
Zhang, F. et al. (2023) 'A' toirt sealladh air mean-fhàs aig Tropone Alsalong Alkaloid ann an Teaghlaich Solanaceace ', Conaltradh Nàdar 2023 14: 1, 14 (1), PP. 1-18. doi: 10.1038 / S41467-023-3713-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomes of the Flay Craer and Pallinator Rep a-steach do Fig-Wash Dewolututtion', Cell, 183 (4), pp. 875-88-. doi: 10.1016 / j.cell.2020.09.043
