Mion-sgrùdadh Comann Genome-wide
Sruth-obrach
Buannachdan seirbheis
●Eòlas farsaing agus clàran foillseachaidh: le eòlas cruinnichte ann an GWAS, tha BMKGene air na ceudan de phròiseactan gnè a chrìochnachadh ann an rannsachadh GWAS àireamh-sluaigh, air luchd-rannsachaidh a chuideachadh gus barrachd air artaigilean 100 fhoillseachadh, agus tha am feart buaidh tionalach air ruighinn 500.
● Mion-sgrùdadh bioinformatics coileanta: tha sruth-obrach a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh comainn SNP-trait, a’ lìbhrigeadh seata de ghinean tagraiche agus an nota gnìomh co-fhreagarrach aca.
●Sgioba bioinformatics air leth sgileil agus cearcall sgrùdaidh goirid: le eòlas math air mion-sgrùdadh genomics adhartach, bidh sgioba BMKGene a’ lìbhrigeadh mion-sgrùdaidhean coileanta le ùine tionndaidh luath.
●Taic iar-reic:Tha ar dealas a’ leudachadh nas fhaide na crìoch a’ phròiseict le ùine seirbheis 3-mìosan às deidh reic. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann seiseanan leanmhainn pròiseict, cuideachadh fuasgladh cheistean, agus seiseanan Q&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Sònrachaidhean seirbheis agus riatanasan
| Seòrsa de shreath | Ìre sluaigh air a mholadh | Ro-innleachd sreathach | Riatanasan niuclasach |
| Seicheamh Genome slàn | 200 eisimpleirean | 10x | Meudachadh: ≥ 1 ng/ µL Suim iomlan ≥ 30ng Cuingichte no gun truailleadh no truailleadh |
| Criomag Meudaichte Sònraichte-Locus (SLAF) | Doimhneachd tag: 10x Àireamh nan tagaichean: < 400 Mb: Tha WGS air a mholadh < 1Gb: tagaichean 100K 1 Gb > 2Gb: tagaichean 300K Tagaichean 500k as àirde | dùmhlachd ≥ 5 ng/µL Suim iomlan ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: gun mhilleadh no truailleadh cuingealaichte
|
Taghadh Stuth
Diofar sheòrsan, fo-ghnè, raointean-fearainn/banc-gine/teaghlaich mheasgaichte/goireasan fiadhaich
Diofar sheòrsan, fo-ghnè, raointean-tìre
Teaghlach leth-sib/teaghlach làn-sib/goireasan fiadhaich
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Eisimpleir lìbhrigeadh
às-tharraing RNA
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
A’ toirt a-steach an anailis a leanas:
- Mion-sgrùdadh comann air feadh genome: modal LM, LMM, EMMAX, FATLMM
- Mìneachadh gnìomh de ghinean tagraiche
Mion-sgrùdadh comann SNP-trait - cuilbheart Manhattan
Mion-sgrùdadh comann SNP-trait - cuilbheart QQ
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a tha seirbheisean de GWAS BMKGene air an comasachadh tro chruinneachadh de fhoillseachaidhean curanta:
Lv, L. et al. (2023) ‘Sealladh air bunait ginteil fulangas ammonia ann an clam ràsair Sinonovacula constricta le sgrùdadh comainn air feadh genome’,Tuathanas-uisge, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) ‘Tha mion-sgrùdaidhean ioma-omics de 398 inntrigidhean muilt foxtail a’ nochdadh roinnean genomic co-cheangailte ri dachaigheachd, feartan metabolite, agus buaidhean anti-inflammatory ’,Lusan moileciuil, 15(8), td. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Mapadh Comann Genome-Wide de Phenotypes Hulless gann ann an Àrainneachd Tioram',Crìochan ann an Saidheans Lusan, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, a tha a' còdachadh sulfotransferase, a 'cur an aghaidh sreathan bhìoras breac-dhualach soybean G2 agus G3',Lusan, Cell & Àrainneachd, 44(8), td. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
