De sheanadh genome novo fungals
Bidh BMKgene a 'tabhann fhuasglaidhean tar-tharraing airson genomes fungach, a' frithealadh feumalachdan rannsachaidh eadar-mheasgte agus iomlanachd an eanchainn. A 'cleachdadh ath-dhealbhadh soillseachaidh geàrr-ùine a tha air a leughadh leotha fhèin a' ceadachadh ginealach de dhreachd genome. Thathas a 'cur còmhla ri sreathan goirid agus leugh-ùine a tha a' cleachdadh Nanopore no Pacbios air an toirt còmhla airson genome fungach nas sine a 'rèinneas. A bharrachd air an sin, bha am falach Hi-C a 'dèanamh tuilleadh a' cur ris na comasan, a 'toirt cothromachadh air coileanadh genome àrd-ìre iomlan.
Feartan seirbheis
Le trì roghainnean a dh 'fhaodadh a bhith ann airson taghadh bho bhith a' dearbhadh a rèir an ìre a tha thu ag iarraidh iomlanachd eanchainn:
● Dreach REVE REVE RIVE RIVE: SEQUIRMHEADH GUN CHUNNTAS LE ILBUSQ ILVUSQ PE150.
● Roghainn Genome Funged:
Sgrùdadh Genome: Illumina Novask PE150.
Seanadh Genome: Pacbio Revio (Hifi Reads) no Nanopore Prodethion 48.
● Genome Fungianach àrd-ìre-ìre:
Sgrùdadh Genome: Illumina Novask PE150.
Seanadh Genome: Pacbio Revio (Hifi Reads) no Nanopore Prodethion 48.
A 'tighinn a-mach à co-chruinneachadh hi-c.
Buannachdan Seirbheis
●Iomadach ro-innleachdan rim faighinn: Airson diofar amasan rannsachaidh agus riatanasan de iomlanachd eanchainn
●Cuir crìoch air sruth-obrach bith-eòlasach:Tha seo a 'toirt a-steach co-chruinneachadh genome agus a' ro-innse iomagaire ioma-gheachd, nonotation gine obrachail, agus a 'tighinn a-steach do thùs.
●Eòlas farsaing: Le còrr air 12,000 genocmes microbial cruinnichte, bidh sinn a 'toirt a-steach deichead de eòlas, sgioba sgrùdaidh sgileil, susbaint farsaing, taic sàr-reic sàr-reic.
●Taic às dèidh reic:Tha ar dealas a 'leudachadh taobh a-muigh crìochnachaidh pròiseact le ùine seirbheis 3-mìosan. Aig an àm seo, tha sinn a 'tabhann ceuman air a' phròiseact, a 'cur-neartachadh taic, agus Q & Q & Seiseanan gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Sònrachaidhean Seirbheis
| Seirbheis | Ro-innleachd SequeNroming | Smachd Càileachd |
| Dreach Genome | Illumina pe150 100x | Q30SI85% |
| Gu math genome | Sgrùdadh Genome: Illumina PE150 50 X. Seanadh: Pacbio Hifi 30x no Nanopore 100x | concig n50 ≥1bb (pacbio unicllular) concig n50 ≥2mb (Ont Unicellular) concig n50 ≥500kb (feadhainn eile) |
| Genome àrd-ìre | Sgrùdadh Genome: Illumina PE150 50 X. Seanadh: Pacbio Hifi 30x no Nanopore 100x Co-chruinneachadh hi-C 100x | Contig Co-mheas Inchorring> 90%
|
Iarrtasan seirbheis
| Dùmhlachd (ng / μl) | Suim iomlan (μg) | Tomhas-lìonaidh (μl) | Od260 / 280 | Od260 / 230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Fungas Uniceodail: ≥3.5x1010 ceallan
Fungus macro Fungus: ≥10 g
Sruth obair seirbheis
Lìbhrigeadh sampaill
Togail leabharlainn
SequeNrings
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh a reic
A 'toirt a-steach an sgrùdadh a leanas:
Sgrùdadh Genome:
- Leigidh smachd air càileachd dàta dàta
- Taisbeanadh Genome: Meud, heterozyghosity, eileamaidean ath-aithriseach
Seanadh CEARD SIFIST:
- Leigidh smachd air càileachd dàta dàta
- De novoSeanadh
- Mion-sgrùdadh Co-phàirtne bunaiteach: ro-innse CDS agus iomadachd dealasach
- Tha notaichean gnìomh le ioma-dàta coitcheann (falbh, kegg, msaa) agus stòran-dàta adhartach (cairt, VFDB, msaa)
Co-chruinneachadh hi-c:
- Measadh leabharlann Hi-C.
- Concigs acchocting bearradh, ag òrdachadh agus a 'stiùireadh
- Measadh air co-chruinneachadh hi-C: Stèidhichte air iomradh a thoirt air teisteanas agus mapa teas
Sgrùdadh Genome: Sgaoileadh K-Mer
Seanadh Genome: Gene Homologous Arnatation (Stòr-dàta NR)
Genome Seanadh: Bottation Genect Gnìomhach (falbh)
Dèan sgrùdadh air na h-adhartasan a tha air an comasachadh le seirbheisean seanadh genome bmkgene tro chruinneachadh foillseachaidhean air an leigheas.
Hao, J. et al. (2023) 'Pròifil Omic Amalaichte a' phròifil Memuntom Fromoroom Fromouse Oonocus Onliquus fo chumhachan fon uisge ',Genomics BMC, 24 (1), dp. 1-12. doi: 10.1186 / s12864-023-09656-Z / Figearan / 3.
Lu, l. et al. (2023) 'Tha iar-sgrìobhaidhean fìor a' nochdadh na rudan a tha mean-fhàs a 'chruithneachd seallaidh seallaidh seallaidh seallaidh Sealmhachd Pathsheen Rhizoctonia, arbhair',Am Bàrr Journal, 11 (2), dp. 405-416. doi: 10.1016 / j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genome Gesome airson ceithir gnèithean Clarikeedia ag adhbhrachadh àite dolar air amannan tursan eadar-mheasgte',Galar lus, 107 (3), pp. 929-934. doi: 10.1094 / Pdis-08-22-1921-a
Zhang, SS et al. (2023) fianais ginteil agus moolecular de shiostam cumadh gluasadach Grifola a ghabhas itheIris fungasan, 9 (10), td. 959. DOI: 10.3390 / jof9100959595939593959/An.
