Gintinneachd mean-fhàs
Buannachdan seirbheis
Takagi et al.,Leabhar-latha lusan, 2013
●Mion-sgrùdadh bith-fhiosrachaidh coileanta:a’ comasachadh tuairmse air iomadachd ginteil, a tha a’ nochdadh comas mean-fhàs gnèithean, agus a’ nochdadh dàimh phylogenetic earbsach eadar gnèithean le nas lugha de bhuaidh air mean-fhàs co-thaobhach agus mean-fhàs co-shìnte
●Mion-sgrùdadh gnàthaichte roghainneil: leithid tuairmse air ùine eadar-dhealachaidh agus astar stèidhichte air atharrachaidhean aig ìre nucleotide agus amino-aigéid.
●Eòlas farsaing agus clàran foillseachaidh: Tha BMKGene air eòlas mòr a chruinneachadh ann am pròiseactan gintinneachd sluaigh agus mean-fhàs airson còrr air 15 bliadhna, a’ còmhdach mìltean de ghnèithean, msaa agus air cur ri còrr air 1000 pròiseact àrd-ìre a chaidh fhoillseachadh ann an Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, msaa.
● Sgioba bioinformatics air leth sgileil agus cearcall sgrùdaidh goirid: le eòlas math air mion-sgrùdadh genomics adhartach, bidh sgioba BMKGene a’ lìbhrigeadh mion-sgrùdaidhean coileanta le ùine tionndaidh luath.
● Taic Post-reic:Tha ar dealas a’ leudachadh nas fhaide na crìoch a’ phròiseict le ùine seirbheis 3-mìosan às deidh reic. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann seiseanan leanmhainn pròiseict, cuideachadh fuasgladh cheistean, agus seiseanan Q&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Sònrachaidhean seirbheis agus riatanasan
| Seòrsa de shreath | Ìre sluaigh air a mholadh | Ro-innleachd sreathach | Riatanasan niuclasach |
| Seicheamh Genome slàn | ≥ 30 neach, le ≥ 10 neach bho gach fo-bhuidheann
| 10x | Meudachadh: ≥ 1 ng/ µL Suim iomlan ≥ 30ng Cuingichte no gun truailleadh no truailleadh |
| Criomag Meudaichte Sònraichte-Locus (SLAF) | Doimhneachd tag: 10x Àireamh nan tagaichean: <400 Mb: Tha WGS air a mholadh <1Gb: tagaichean 100K 1 Gb > 2Gb: tagaichean 300K Tagaichean 500k as àirde | dùmhlachd ≥ 5 ng/µL Suim iomlan ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: gun mhilleadh no truailleadh cuingealaichte
|
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Eisimpleir lìbhrigeadh
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
Tha seirbheis a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh air structar sluaigh (craobh phylogenetic, PCA, clàr srath sluaigh), iomadachd sluaigh, agus taghadh sluaigh (mì-chothromachd ceangail, taghadh sguabaidh roghnach de làraich buannachdail). Faodaidh an t-seirbheis cuideachd mion-sgrùdadh gnàthaichte a thoirt a-steach (me ùine eadar-dhealachaidh, sruthadh gine).
*Tha na toraidhean demo a chithear an seo uile bho genomes a chaidh fhoillseachadh le BMKGENE
Tha mion-sgrùdadh 1.Evolution a’ toirt a-steach togail craobh phylogenetic, structar sluaigh agus PCA stèidhichte air caochlaidhean ginteil.
Tha craobh phylogenetic a 'riochdachadh dàimhean tacsonomaigeach agus mean-fhàs am measg gnèithean le sinnsear cumanta.
Tha PCA ag amas air dlùth-chàirdeas eadar fo-àireamhan fhaicinn.
Tha structar sluaigh a’ sealltainn làthaireachd fo-shluagh a tha sònraichte gu ginteil a thaobh tricead alleles.
Chean, et. al.,PNAS, 2020
2.Selective sweep
Tha sguabadh roghnach a 'toirt iomradh air pròiseas far a bheil làrach buannachdail air a thaghadh agus gu bheil tricead làraichean neo-phàirteach ceangailte air an àrdachadh agus làraichean neo-cheangailte air an lùghdachadh, a' ciallachadh gu bheil lùghdachadh ann an sgìre.
Bithear a’ giullachd lorg air feadh genome air roinnean sguabaidh roghnach le bhith a’ tomhas clàr-amais ginteil àireamh-sluaigh （π，Fst, Tajima's D) de gach SNP taobh a-staigh uinneag sleamhnachaidh (100 Kb) aig ceum sònraichte (10 Kb).
Iomadachd nucleotide (π）
Tha Tajima D
Clàr-amais rèiteachaidh (Fst)
Wu, et. al.,Lusan moileciuil, 2018
Sruth 3.Gene
Wu, et. al.,Lusan moileciuil, 2018
4.Demographic eachdraidh
Zhang, et. al.,Eag-eòlas nàdair & mean-fhàs, 2021
5.Divergence ùine
Zhang, et. al.,Eag-eòlas nàdair & mean-fhàs, 2021
Rannsaich na h-adhartasan a tha air an cuideachadh le seirbheisean ginteil mean-fhàs BMKGene tro chruinneachadh de fhoillseachaidhean curanta:
Hassanyar, AK et al. (2023) ‘A’ lorg comharran moileciuil SNP agus ginean tagraiche co-cheangailte ri strì an aghaidh bhìoras Sacbrood ann an Apis cerana cerana Larbha le ath-sheicheamh làn-genome’,Iris eadar-nàiseanta nan saidheansan moileciuil, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) ‘Tha lorg salamander mòr Sìneach fiadhaich, fìor-ghlan a’ cruthachadh chothroman glèidhteachais ùra’,Rannsachadh Ainmh-eòlach, 2022, Vol. 43, Iris 3, Duilleagan: 469-480, 43(3), td. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Pàtran Phylogeographical agus Evolution Sluagh Eachdraidh Elymus sibiricus L. dùthchasach air àrd-ùrlar Qinghai-Tibetan',Crìochan ann an Saidheans Lusan, 13, p. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) ‘Seallaidhean genomic air mean-fhàs longan bho cho-chruinneachadh genoma aig ìre chromosome agus genomics àireamh-sluaigh de dh’ aontaidhean longan’,Rannsachadh Gàrradaireachd, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
