Genomics coimeasach
Buannachdan seirbheis
●Eòlas farsaing agus clàran foillseachaidh: le cruinneachadh, tha BMKGene air còrr air 90 pròiseact genomics coimeasach a chrìochnachadh, le feart buaidh tionalach air ruighinn 900.
●Mion-sgrùdadh bioinformatics coileanta: tha na h-ochd mion-sgrùdaidhean as cumanta anns a’ phacaid anailis, a’ toirt seachad figearan deiseil airson am foillseachadh air an deagh dhealbhadh agus a’ ceadachadh mìneachadh furasta air na toraidhean
●Sgioba bioinformatics air leth sgileil agus cearcall sgrùdaidh goirid: le eòlas math air mion-sgrùdadh genomics coimeasach, bidh sgioba BMKGene a’ coileanadh iarrtasan mion-sgrùdadh pearsanaichte eadar-mheasgte ann an ùine ghoirid
●Taic iar-reic:Tha ar dealas a’ leudachadh nas fhaide na crìoch a’ phròiseict le ùine seirbheis 3-mìosan às deidh reic. Rè na h-ùine seo, bidh sinn a’ tabhann seiseanan leanmhainn pròiseict, cuideachadh fuasgladh cheistean, agus seiseanan Q&A gus dèiligeadh ri ceistean sam bith co-cheangailte ris na toraidhean.
Sònrachaidhean seirbheis
| An ùine tionndaidh tuairmseach | Àireamh de ghnèithean | Mion-sgrùdaidhean |
| 30 latha obrach | 6-12 | Cruinneachadh teaghlach ginealaichean Leudachadh agus crìonadh teaghlaich gine Togail chraobhan phylogenetic Measadh ùine eadar-dhealachaidh (feumar calibration fosail) Ùine cuir a-steach LTR (Airson lusan) Dùblachadh genome slàn (Airson lusan) Brùthadh roghnach Mion-sgrùdadh synteny |
Mion-sgrùdadh bioinformatics
● Teaghlach gine
● Phylogenetics
● Ùine eadar-dhealachaidh
● Brùthadh roghnach
● Synteny mion-sgrùdadh
Sampall riatanasan agus lìbhrigeadh
Sampall Riatanasan:
Feusag no DNA airson seicheamh agus co-chruinneachadh genome
Airson Teine
| Gnè | Sgiath | Suirbhidh | PacBio CCS |
| beathach | Stuth visceral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3.5 g |
| Meud fèithe | |||
| ≥ 5.0 g | |||
| ≥ 5.0 mL | |||
| Fuil mamail | |||
| ≥ 0.5 mL | |||
| Eòin/Fhuil èisg | |||
| Lusan | Leaf Ùr | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 g |
| Peata/Stem | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 g | |
| Root / sìol | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| ceallan | Ceall cultarach | - | ≥ 1 x 108 |
Dàta
Faidhlichean sreath genome (.fasta) agus faidhlichean notaichean (.gff3) de ghnèithean dlùth-cheangailte
Sruth Obrach Seirbheis
Dealbhadh deuchainn
Eisimpleir lìbhrigeadh
Togalach leabharlainn
Seicheamh
Mion-sgrùdadh dàta
Seirbheisean às deidh reic
*Tha toraidhean demo a chithear an seo uile bho genomes a chaidh fhoillseachadh le Biomarker Technologies
1.LTR cuir a-steach tuairmse ùine: Sheall am figear cuairteachadh bimodal sònraichte ann an amannan cuir a-steach LTR-RTs ann an genoma seagal Weining, an coimeas ri gnèithean eile. Nochd an stùc as ùire timcheall air 0.5 millean bliadhna air ais.
Li Guang et al.,Gintinneachd Nàdair, 2021
2. Phylogeny agus mion-sgrùdadh teaghlaich gine air chayote (Sechium edule): Le bhith a 'dèanamh anailis air chayote agus na gnèithean co-cheangailte 13 eile ann an teaghlach gine, chaidh a lorg gu robh Chayote nas dlùithe co-cheangailte ri gourd nathair (Trichosanthes anguina). Chayote a thàinig bho gourd nathair ann an timcheall air 27-45 Mya agus chaidh dùblachadh genome slàn (WGD) fhaicinn ann an chayote ann an 25 ± 4 Mya, is e sin an treas tachartas WGD ann an cucuibitaceae.
Fu A et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021
Mion-sgrùdadh 3.Synteny: Chaidh cuid de ghinean co-cheangailte ri phytohormones ann an leasachadh mheasan a lorg ann an chayote, gourd nathair agus squash. Tha an dàimh eadar chayote agus squash beagan nas àirde na an dàimh eadar chayote agus gourd nathair.
Fu A et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021
Mion-sgrùdadh teaghlaich 4.Gene: sheall beairteas KEGG air leudachadh teaghlaich gine agus giorrachadh ann an genomes G.thurberi agus G.davidsonii gun deach biosynthesis steroid agus ginean co-cheangailte ri biosynthesis brassinosteroid a leudachadh.
Yang Z et al.,Bith-eòlas BMC, 2021
Mion-sgrùdadh dùblachadh genome 5.Whole: sheall mion-sgrùdadh sgaoilidh 4DTV agus Ks tachartas dùblachadh genome slàn. Bha stùcan intraspecies a’ sealltainn tachartasan dùblachaidh. Bha stùcan eadar-ghnèithean a’ sealltainn tachartasan sònraichte. Sheall an anailis gun deach coimeas a dhèanamh eadar O. europaea agus na trì gnèithean eile a tha dlùth cheangailte riutha, tro dhùblachadh gine air sgèile mhòr o chionn ghoirid.
Rao G et al.,Rannsachadh Gàrradaireachd, 2021
Cùis BMK
Ròs gun priobadh: seallaidhean genomic co-cheangailte ri atharrachadh taiseachd
Foillsichte: Lèirmheas Nàiseanta Saidheans, 2021
Ro-innleachd sreathachaidh:
'Tha BasyeGun tamh' (R.Wichurainan) genome:
Mu thuairmeas. 93 X PacBio + mu thuairmeas. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Prìomh thoraidhean
1.Chaidh genoma R.wichuraiana de chàileachd àrd a thogail a’ cleachdadh dòighean seicheamhachaidh fad-leughaidh, a bheir a-mach co-chruinneachadh de 530.07 Mb (Bha meud genoma tuairmseach timcheall air 525.9 Mb a rèir sruthadh cytometry agus 525.5 le suirbhidh genome; Bha heterozygosity timcheall air 1.03%). Bha sgòr measta BUSCO aig 93.9%. An coimeas ri “Old blush” (haploOB), chaidh càileachd agus iomlanachd an genoma seo a dhearbhadh le mionaideachd aon-bhunait bunaiteach agus clàr-amais cruinneachaidh LTR (LAI = 20.03). Ann an genoma R.wichuraiana tha 32,674 ginean còdaidh pròtain.
2.Multi-omics co-sgrùdadh, a 'gabhail a-steach genomics coimeasach, transcriptomics, QTL mion-sgrùdadh air àireamh-sluaigh ginteil, nochd an t-eadar-dhealachadh deatamach eadar R. wichuraiana agus Rosa chinensis. Cuideachd, bha coltas ann gum biodh eadar-dhealachadh abairtean de ghinean co-cheangailte ann an QTL co-cheangailte ri pàtrain prickle gas.
Nochd mion-sgrùdadh genomics coimeasach eadar Basye; s Thornless agus Rosa chinensis a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh synteny, cruinneachadh teaghlaich gine, leudachadh agus mion-sgrùdadh giorrachadh, àireamh mhòr de dh’ atharrachaidhean, a bha co-cheangailte ri feartan deatamach ann an ròsan. Bha coltas ann gu robh an leudachadh sònraichte ann an teaghlach gine NAC agus FAR1 / FRS co-cheangailte ri strì an aghaidh spot dubh.
Mion-sgrùdadh genomics coimeasach eadar genomes BT agus haploOB.
Zhong, M., et al. “Rose without prickle: seallaidhean genomic co-cheangailte ri atharrachadh taiseachd”Lèirmheas Nàiseanta Saidheans,, 2021;, nisb092.
