BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Sgeama Teicnigeach Transcriptome Spàsail BMKMANU S3000
Feartan
- Fuasgladh: 3.5 µM
- Trast-thomhas spot: 2.5 µM
- Àireamh de spotan: timcheall air 4 millean
- 3 cruthan àite glacaidh comasach: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm no 15 mm * 20 mm
- Tha gach grìogag le còd-barra air a luchdachadh le primers air a dhèanamh suas de 4 earrannan:
• earball poly(dT) airson prìomhadh mRNA agus synthesis cDNA,
• Aithneadair Molecular Sònraichte (UMI) gus claonadh leudachaidh a cheartachadh
• Còd-bàr spàsail
• Sreath ceangail de primer sreath 1 air a leughadh gu ìre
- H&E agus staining fluorescent de earrannan
- Comasach air teicneòlas sgaradh cealla a chleachdadh: amalachadh staining H&E, staining fluorescent, agus sreath RNA gus crìochan gach cealla a dhearbhadh agus faireachdainn gine a shònrachadh gu ceart do gach cealla. A’ giullachd mion-sgrùdadh pròifil spàsail sìos an abhainn stèidhichte air biona cealla.
- Comasach air mion-sgrùdadh rùn ioma-ìre a choileanadh: Mion-sgrùdadh ioma-ìre sùbailte eadar 100um agus 3.5 um gus feartan clò eadar-mheasgte fhuasgladh aig an rùn as fheàrr.
Buannachdan BMKMANU S3000
-A’ dùblachadh àiteachan glacaidh gu 4 millean: le rùn nas fheàrr de 3.5 uM, a’ leantainn gu lorg gine nas àirde agus UMI gach cealla. Tha seo a’ leantainn gu cruinneachadh nas fheàrr de cheallan stèidhichte air pròifilean tar-sgrìobhaidh, le mion-fhiosrachadh nas mionaidiche a tha a rèir structar an fhighe.
- Fuasgladh fo-chealla:Anns gach raon glacaidh bha> 2 mhillean spotan còd-barra spàsail le trast-thomhas de 2.5 µm agus beàrn de 5 µm eadar ionadan spot, a’ comasachadh mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh spàsail le rùn fo-cheallach (5 µm).
-Mion-sgrùdadh rùn ioma-ìre:Mion-sgrùdadh sùbailte ioma-ìre eadar 100 μm gu 5 μm gus feartan eadar-mheasgte fhuasgladh aig an rùn as fheàrr.
-Comasach air teicneòlas sgaradh cealla “Trì ann an aon sleamhnag” a chleachdadh:a’ cothlamadh staining fluorescence, staining H&E, agus sreath RNA air aon shleamhnag, tha an algairim sgrùdaidh “trì-ann-aon” againn a’ toirt cumhachd do chomharrachadh crìochan cealla airson tar-sgrìobhaidhean stèidhichte air cealla às deidh sin.
-Co-chòrdail ri iomadh àrd-ùrlar sreathachaidh: an dà chuid NGS agus sreath fhada-leughaidh ri fhaighinn.
-Dealbhadh sùbailte de raon glacaidh gnìomhach 1-8: tha meud an àite glacaidh sùbailte, comasach air 3 chruthan a chleachdadh (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm agus 15 mm * 20 mm)
-Seirbheis aon-stad: a’ fighe a-steach a h-uile eòlas agus ceum stèidhichte air sgil, a’ gabhail a-steach cryo-section, staining, optimization maothraidh, còd-barra spàsail, ullachadh leabharlainn, sreath, agus bioinformatics.
-Bioinformatics coileanta agus sealladh furasta a chleachdadh air toraidhean:Tha am pasgan a’ toirt a-steach 29 mion-sgrùdaidhean agus 100+ figearan àrd-inbhe, còmhla ri cleachdadh bathar-bog leasaichte a-staigh gus sgoltadh cealla agus cruinneachadh spot fhaicinn agus a ghnàthachadh.
-Mion-sgrùdadh dàta gnàthaichte agus fradharc: ri fhaotainn airson diofar iarrtasan rannsachaidh
-Sgioba teignigeach air leth sgileil: le eòlas ann an còrr air 250 seòrsa clò agus 100+ gnè a’ toirt a-steach daoine, luchag, mamalan, iasg agus lusan.
-Ùrachaidhean fìor-ùine air a’ phròiseact gu lèir: le làn smachd air adhartas deuchainneach.
-Mion-sgrùdadh co-roghnach le sreath mRNA aon-chealla
Sònrachaidhean seirbheis
| Sampall Riatanasan | Leabharlann | Ro-innleachd sreathachaidh | Dàta air a mholadh | Smachd Càileachd |
| Sampall cryo freumhaichte le OCT (Trast-thomhas as fheàrr: approx. 6 × 6 × 6 mm³) 2 bhloc airson gach sampall 1 airson deuchainn, 1 airson cùl-taic | S3000 cDNA Leabharlann | Illumina airson PE 150 | 160K PE a’ leughadh gach 100υM (250 Gb) | RIN> 7 |
Airson tuilleadh fiosrachaidh mu stiùireadh ullachaidh sampall agus sruth-obrach seirbheis, faodaidh tu bruidhinn ri aeòlaiche BMKGENE
Sruth Obrach Seirbheis
Anns an ìre ullachaidh sampall, thèid deuchainn às-tharraing RNA tùsail a dhèanamh gus dèanamh cinnteach gum faighear RNA de chàileachd àrd. Anns an ìre optimization clò tha na h-earrannan air an dath agus air am fradharc agus tha na suidheachaidhean permeabilization airson leigeil ma sgaoil mRNA bho clò air an ùrachadh. Tha am protocol làn-leasaichte an uairsin air a chuir an sàs aig àm togail leabharlainn, air a leantainn le òrdugh agus mion-sgrùdadh dàta.
Tha an sruth-obrach seirbheis iomlan a’ toirt a-steach ùrachaidhean fìor-ùine agus dearbhaidhean teachdaiche gus lùb fios-air-ais freagairteach a chumail suas, a’ dèanamh cinnteach gun tèid pròiseict a chuir an gnìomh gu rèidh.
Tha an dàta a chaidh a chruthachadh le BMKMANU S3000 air a sgrùdadh a’ cleachdadh am bathar-bog “BSTMatrix”, a tha air a dhealbhadh gu neo-eisimeileach le BMKGENE, a’ gineadh ìre cealla agus rùn ioma-ìre Gene Expression Matrix. Às an sin, thèid aithisg àbhaisteach a chruthachadh a tha a’ toirt a-steach smachd càileachd dàta, mion-sgrùdadh sampall a-staigh agus mion-sgrùdadh eadar-bhuidhnean.
- Smachd càileachd dàta:
- Toradh dàta agus cuairteachadh sgòr càileachd
- Dearbhadh gine gach spot
- còmhdach fìnealta
- Mion-sgrùdadh sampall a-staigh:
— Saibhreas gine
- Cruinneachadh spot, a’ toirt a-steach mion-sgrùdadh meud nas lugha
- Mion-sgrùdadh faireachdainn eadar-dhealaichte eadar cruinneachaidhean: comharrachadh ginean comharrachaidh
- Mìneachadh gnìomh agus beairteas de ghinean comharrachaidh
- Mion-sgrùdadh eadar-buidhne
- Ath-mheasgadh spotan bhon dà shampall (me galair agus smachd) agus ath-chruinneachadh
- Comharrachadh ghinean comharrachaidh airson gach buidheann
- Mìneachadh gnìomh agus beairteas de ghinean comharrachaidh
- Cur an cèill eadar-dhealaichte den aon bhuidheann eadar buidhnean
A bharrachd air an sin, leasaich am BMKGene “BSTViewer” na inneal a tha furasta a chleachdadh a leigeas leis an neach-cleachdaidh sealladh gine fhaicinn agus cnuasachadh fhaicinn aig diofar rùintean.
Bidh BMKGene a’ tabhann seirbheisean pròifil spàsail aig rùn aon-chealla mionaideach (stèidhichte air biona cealla no biona ceàrnagach ioma-ìre bho 100um gu 3.5um).
Rinn dàta pròifil spàsail bho earrannan clò air sleamhnag S3000 gu math mar a tha gu h-ìosal.
Sgrùdadh cùise 1: eanchainn lucha
Mar thoradh air mion-sgrùdadh air roinn eanchainn luchag le S3000 chaidh ~ 94 000 cealla a chomharrachadh, le sreath meadhanach de ~ 2000 gine gach cealla. Mar thoradh air an rùn leasaichte de 3.5 uM chaidh cruinneachadh gu math mionaideach de na ceallan stèidhichte air pàtrain tar-sgrìobhaidh, leis na cruinneachaidhean de cheallan a’ dèanamh atharrais air structaran eadar-dhealaichte eanchainn. Tha seo furasta fhaicinn le bhith a’ faicinn cuairteachadh cheallan air an cruinneachadh mar cheallan oligodendrocytes agus microglia, a tha cha mhòr a-mhàin suidhichte ann an stuth liath is geal, fa leth.
Sgrùdadh cùise 2: embryo na luchaige
Mar thoradh air mion-sgrùdadh air roinn embryo luchag le S3000 chaidh ~ 2200 000 cealla a chomharrachadh, le sreath meadhanach de ~ 1600 gine gach cealla. Mar thoradh air an rùn leasaichte de 3.5 uM chaidh cruinneachadh gu math mionaideach de na ceallan stèidhichte air pàtrain tar-sgrìobhaidh, le cruinneachaidhean 12 ann an raon na sùla agus 28 cruinneachaidhean ann an raon na h-eanchainn.
Mion-sgrùdadh sampall a-staigh cruinneachadh cealla:
Comharrachadh ghinean comharrachaidh agus cuairteachadh spàsail:
- rùn fo-cheallach nas àirde: An coimeas ri sleamhnag S1000, bha> 4 millean spotan còd-barra spàsail anns gach raon glacaidh de S3000 le trast-thomhas de 2.5 µm agus astar 3.5 µm eadar ionadan spot, a’ comasachadh mion-sgrùdadh tar-sgrìobhaidh spàsail le rùn fo-chealla nas àirde (biona ceàrnagach: 3.5 µm).
- Èifeachdas glacaidh nas àirde: an coimeas ri sleamhnag S1000, àrdachadh Median_UMI bho 30% gu 70%, àrdachadh Median_Gene bho 30% gu 60%
Sgeama de chip S1000:
Sgeama de chip S3000:
